愧耻辱的事情，却是小人的寻常行径。此外，各城邑沦陷于叛军之手，有的是在等待朝廷大军的救援，将士们为了求取功劳，都说是自己率军攻克的，臣担心这样会出现滥行赏赐的情况，也恐怕会有百姓无辜获罪。因为这些地方曾经落入叛军手中，就被视为险恶之地，以至于出现污辱当地百姓的妻子儿女、劫掠财物的事情，士兵们明明知道这样做是不仁义的，而士大夫也无法避免祸患，这实在是叛军平定之后，造成的祸患更加深重啊。况且叛军致力于招抚怀柔百姓，秋毫无犯，如今这些百姓归附朝廷，就是安分守己的平民，反而遭受摧残伤害，怎能不让人悲痛！百姓就像水一样，堵塞它就会成为泉水，疏导它就会成为河流，通畅与阻塞都顺着水流的趋势，哪里有固定不变的本性呢！如今这些获罪的百姓，必定不在家中，而是露宿荒野，在草莽中奔走，潜藏逃窜在山林河泽之中，赦免他们，他们就会走出躲藏之地，不赦免他们，他们就会铤而走险，崤山以东地区的众多盗贼，就是因此而聚集起来的。臣认为边境的战事暂时兴起，不值得忧虑，而中原地区不安定，才是大事。治罪他们，就会使民心恐惧，宽恕他们，那些心怀不安的人就会安定下来。恳请太后特赦黄河以北各州的百姓，一律不予追究。”太后下诏采纳了他的建议。狄仁杰于是安抚慰问百姓，将被突厥掳掠的人，全部遣送回原籍。发放粮食救济贫困的百姓，修整驿站，以便利撤军的将士。他担心各位将领以及使者胡乱索要供给，于是自己吃粗茶淡饭，下令手下不得侵扰百姓，有违犯的人，必定斩首。黄河以北地区于是恢复了安定。
朝廷任命夏官侍郎姚元崇、秘书少监李峤同为同平章事。
突厥默啜撤离赵州后，才释放阎知微，让他返回朝廷。太后下令将阎知微绑在天津桥南，处以车裂之刑，让文武百官一起向他射箭，随后又将他的肉割下吃掉，将骨头剁碎，诛灭他的三族，就连远亲中有的从未相识的人，也一同被处死。
褒公段瓒，是段志玄的儿子，先前就陷落在突厥。突厥军队在赵州的时候，段瓒邀请杨齐庄和自己一同逃跑，杨齐庄胆小怯懦，不敢动身。段瓒独自先行逃回，太后赏赐了他。杨齐庄不久之后也逃回朝廷，太后下令让河内王武懿宗审讯他；武懿宗认为杨齐庄心怀犹豫，于是将他和阎知微一同处死。处刑时，杨齐庄被射得像刺猬一样，气息奄奄还没有断气，行刑的人于是剖开他的腹部，割下他的心脏扔在地上，心脏还在不停地跳动。朝廷提拔田归道为夏官侍郎，十分亲近信任他，委以重任。
蜀州每年都派遣五百名士兵戍守姚州，路途艰险遥远，士兵死亡的人数很多。蜀州刺史张柬之上言认为：“姚州原本是哀牢国的土地，地处边远蛮荒之地，山高水深。国家开辟此地设置州郡，不曾得到当地的盐布赋税，也没有得到可用的士兵，反而耗尽了府库的积蓄，驱使平民百姓，到蛮荒之地服徭役，致使他们肝脑涂地，臣私下里为国家感到惋惜。恳请废除姚州，将其隶属于巂州，让当地首领每年按时入朝觐见，如同藩国一样。泸水以南的各个军镇也都予以废除，在泸水以北设置关卡，百姓如果不是奉命出使，不得与泸水以南的人相互往来。”奏疏呈上后，太后没有采纳。
圣历二年，公元699年，正月丁卯朔日，太后在通天宫举行宣读朔日政令的仪式。壬戌日，朝廷封皇嗣李旦为相王，兼任太子右卫率。
甲子日，朝廷设置控鹤监丞、主簿等官职，任职的大多是太后的亲信宠臣，也选拔了一些有才能、有文才的人参与其中。任命司卫卿张易之为控鹤监，银青光禄大夫张昌宗、左台中丞吉顼、殿中监田归道、夏官侍郎李迥秀、凤阁舍人薛稷、正谏大夫临汾人员半千都担任控鹤监内供奉。薛稷，是薛元超的侄子。员半千认为古代没有控鹤监这样的官职，而且聚集在这里的人大多是轻浮浅薄之徒，于是上疏请求废除这个机构；因此违背了太后的旨意，被贬为水部郎中。
腊月戊子日，朝廷任命左台中丞吉顼为天官侍郎，右台中丞魏元忠为凤阁侍郎，二人一同担任同平章事。
文昌左丞宗楚客和他的弟弟司农卿宗晋卿，因贪赃受贿数额超过一万缗，且府第规模过度奢华而获罪，宗楚客被贬为播州司马，宗晋卿被流放峰州。太平公主参观他们的府邸后，感叹道：“看到他们的住处，我们这些人简直是白活了！”
辛亥日，太后赐太子李显姓武氏；大赦天下。太后长出了两道重叠的眉毛，呈八字形，文武百官都前来祝贺。朝廷在黄河南北设置武骑团，以防备突厥进犯。
春季，一月庚申日，夏官尚书、同凤阁鸾台三品武攸宁被罢免，改任冬官尚书。
二月己丑日，太后前往嵩山，途经缑氏县，拜谒升仙太子庙。壬辰日，太后身体不适，派遣给事中栾城人阎朝隐到少室山祈祷。阎朝隐自己充当祭品，沐浴后趴在祭祀用的礼器上，请求代替太后承受病痛。太后的病情稍有好转，便重重赏赐了他。丁酉日，太后从缑氏县返回都城。
起初，吐蕃赞普器弩悉弄年纪还小，论钦陵兄弟执掌朝政，他们都有勇有谋，周边各少数民族都畏惧他们。论钦陵在朝中主持政务，他的弟弟