垂拱元年，公元685年春季正月，丁未朔日，朝廷大赦天下，更改年号为垂拱。
太后认为徐思文对朝廷忠诚，特地免除了他因受徐敬业牵连而被治罪的惩罚，任命他为司仆少卿。太后对他说：“徐敬业曾改你的姓氏为武，朕如今不再剥夺这个姓氏。”
戊辰日，文昌左相、同凤阁鸾台三品乐城文献公刘仁轨去世。
二月癸未日，太后下制书：“朝堂上设置的登闻鼓和肺石，不需要派人看守，有击鼓或站在石上鸣冤的人，命令御史接收诉状并上报。”乙巳日，朝廷任命春官尚书武承嗣、秋官尚书裴居道、右肃政大夫韦思谦同为同凤阁鸾台三品。
突厥阿史那骨笃禄等人多次侵犯边境；朝廷任命左玉钤卫中郎将淳于处平为阳曲道行军总管，率军攻打突厥。正谏大夫、同平章事沈君谅被罢免职务。
三月，正谏大夫、同平章事崔詧被罢免职务。丙辰日，朝廷将庐陵王李显迁移到房州。辛酉日，武承嗣被罢免职务。辛未日，朝廷颁布《垂拱格》。
朝廷中有官员被贬职后到宰相那里申诉，内史骞味道说：“这是太后的决定。”同中书门下三品刘祎之说：“因牵连而改任官职，是由臣下奏请的。”太后听说这件事后，夏季四月，丙子日，将骞味道贬为青州刺史，晋升刘祎之为太中大夫。太后对身边的大臣说：“君臣本为一体，怎能把过错推给君主，把功劳归于自己呢！”
癸未日，突厥军队侵犯代州；淳于处平率军援救，行军到忻州时，被突厥军队打败，阵亡的士兵有五千多人。
五月丙午日，朝廷任命裴居道为内史。纳言王德真被流放到象州。己酉日，朝廷任命冬官尚书苏良嗣为纳言。壬戌日，太后下制书，命令朝廷内外九品以上的官员以及百姓，都可以自我举荐求官。壬申日，韦方质被任命为同凤阁鸾台三品。
六月，天官尚书韦待价被任命为同凤阁鸾台三品。韦待价是韦万石的兄长。
同罗、仆固等部族发动叛乱；朝廷派遣左豹韬卫将军刘敬同征调河西的骑兵从居延海出兵讨伐他们，同罗、仆固等部族全部溃败逃散。朝廷下令将安北都护府侨设在同城，用来接纳投降的部族。
秋季七月，己酉日，朝廷任命文昌左丞魏玄同为鸾台侍郎、同凤阁鸾台三品。太后下诏，从今以后祭祀天地时，都要以高祖、太宗、高宗三位皇帝配享；这是采纳了凤阁舍人元万顷等人的建议。
九月丁卯日，广州都督王果率军讨伐反叛的獠人，平定了叛乱。
冬季十一月，癸卯日，朝廷任命天官尚书韦待价为燕然道行军大总管，率军讨伐突厥。当初，西突厥的兴昔亡、继往绝可汗去世后，十姓部族没有首领，部落大多离散逃亡，太后于是提拔兴昔亡可汗的儿子左豹韬卫翊府中郎将元庆为左玉钤卫将军，兼任崐陵都护，承袭兴昔亡可汗的爵位，统辖咄陆部落。
麟台正字射洪人陈子昂上奏疏，认为：“朝廷派遣使者巡察四方，不能任用不称职的人，刺史、县令的人选也必须严格挑选。近年来百姓因连年征战而疲惫不堪，必须让他们休养生息。”奏疏的大致内容是：“如果派遣的使者人选不当，就会导致官员的升降奖惩不公正，刑罚处置失当，结党营私的人得到提拔，忠贞正直的人遭到贬斥；只会让百姓忙着修整道路，迎来送往，毫无益处。谚语说：‘要了解君主的贤明与否，就看他所派遣的使者。’选派使者不能不慎重啊。”奏疏又说：“宰相是陛下的心腹重臣；刺史、县令是陛下的手足；没有心腹手足，君主是无法独自治理天下的。”又说：“天下存在着危机，祸福就由此产生，局势安定就会有福，局势动荡就会有祸，而百姓的安定与否正是决定局势的关键。百姓安居乐业，就会珍惜生命；百姓生活困苦，就会轻视死亡，一旦轻视死亡，就会无所顾忌，邪恶叛逆之徒就会趁机作乱，天下就会陷入混乱！”又说：“隋炀帝不知道天下存在危机，却信任贪婪奸佞的大臣，希望获取征服夷狄的利益，最终导致国家灭亡，这个惨痛的教训难道还不够深刻吗！”
太后重修原来的白马寺，任命僧人怀义为寺主。怀义是鄠县人，原本姓冯，名叫小宝，在洛阳街市上靠卖药为生，通过千金公主的引荐，得到了太后的宠幸；太后想让他能够自由出入皇宫，就把他剃度为僧，取名怀义。又因为他出身贫寒低贱，就下令让他和驸马都尉薛绍合为一族，命令薛绍把他当作叔父来侍奉。怀义出入皇宫时乘坐皇帝专用的马匹，有十几名宦官侍从，百姓遇到他都纷纷躲避，有谁敢靠近他，就会被他的随从殴打，打得头破血流，然后被丢弃在路边，任凭其生死。怀义见到道士就肆意殴打，还把道士的头发剃光才罢休。朝中的权贵都趴在地上向他行礼参拜，武承嗣、武三思都像奴仆一样侍奉他，亲自为他牵马，怀义却对他们视而不见。他聚集了很多无赖少年，把他们剃度为僧，这些人横行霸道，触犯法律，却没有人敢过问。右台御史冯思勖多次依法惩治他们，怀义在路上遇到冯思勖，就命令随从殴打他，差点把他打死。
垂拱二年，公元6