86年春季正月，太后下诏将朝政大权归还给皇帝。睿宗李旦知道太后并非真心实意，于是上表坚决推辞；太后再次临朝，行使皇帝的权力。辛酉日，朝廷大赦天下。
二月，辛未朔日，出现日食。右卫大将军李孝逸平定徐敬业叛乱后，声望极高；武承嗣等人十分忌恨他，多次在太后面前诬陷他，李孝逸被贬为施州刺史。
三月戊申日，太后下令铸造铜制的意见箱，放置在朝堂上，用来接收天下人的奏疏。铜匦的东面刻着“延恩”，进献赋颂文章、谋求官职的人可以将奏疏投入其中；南面刻着“招谏”，议论朝政得失的人可以将奏疏投入其中；西面刻着“伸冤”，有冤屈的人可以将奏疏投入其中；北面刻着“通玄”，谈论天象灾变以及军机秘计的人可以将奏疏投入其中。太后命令正谏大夫、补阙、拾遗各一人负责管理铜匦，投奏疏的人必须先经过官员验证身份，才能将奏疏投入。
徐敬业叛乱时，侍御史鱼承晔的儿子鱼保家教徐敬业制造刀车和弩箭，徐敬业战败后，鱼保家侥幸逃脱。太后想要全面了解民间的情况，鱼保家于是上书，请求铸造铜匦来接收天下人的秘密奏报。这个铜匦整体是一个大箱子，内部有四个隔层，每个隔层的上面都有一个开口，用来接收奏疏，奏疏一旦投入就无法取出。太后很赞赏这个主意。没过多久，鱼保家的仇人向铜匦投递奏疏，告发鱼保家曾为徐敬业制造兵器，导致官军伤亡惨重，鱼保家最终被处死。
太后自从徐敬业叛乱后，怀疑天下人大多图谋反对自己，又因为自己长期独揽朝政，而且私生活不端，知道宗室大臣心怀怨恨，内心不服，就打算大规模诛杀异己来威慑他们。于是太后大开告密之门，有前来告密的人，大臣们不得过问，都供给他们驿马，按照五品官的标准供应饮食，让他们前往太后的行宫。即使是农夫、樵夫，都可以得到太后的召见，在客馆里供给食宿，只要所奏之事符合太后的心意，就可以破格提拔任用，即使所言不实，也不追究责任。于是四面八方的告密者蜂拥而起，人们都吓得双脚并拢站立，连呼吸都不敢大声。
有个名叫索元礼的胡人，知道太后的心思，趁机前来告密，得到太后的召见，被提拔为游击将军，奉命审理钦犯监狱的案件。索元礼生性残忍，审讯一个人必定会让他牵连出几十上百人，太后多次召见并赏赐他，来扩大他的权势。于是尚书都事长安人周兴、万年人来俊臣之流纷纷效仿，一时间酷吏层出不穷。周兴接连升官至秋官侍郎，来俊臣接连升官至御史中丞，他们私下豢养了几百名无赖之徒，专门从事告密活动；想要诬陷某个人，就命令手下在多个地方同时告密，而且所告的内容完全相同。来俊臣和司刑评事洛阳人万国俊共同编撰了几千字的《罗织经》，教他们的门徒如何罗织无辜之人的罪名，编造谋反的罪状，编排布置得有板有眼，各种细节一应俱全。太后得到告密的奏疏后，就命令索元礼等人审理，这些人争相发明残酷的刑讯逼供手段，制作了各种大枷，有“定百脉”“突地吼”“死猪愁”“求破家”“反是实”等名目，有的用木椽锁住犯人的手脚再转动，称之为“凤凰晒翅”；有的用东西绊住犯人的腰部，牵拉着枷锁向前，称之为“驴驹拔撅”；有的让犯人跪着捧起枷锁，在上面堆叠瓦片，称之为“仙人献果”；有的让犯人站在高高的木杆上，牵拉着枷锁的尾部向后，称之为“玉女登梯”；有的把犯人倒吊起来，在头上悬挂石头，有的用醋灌犯人的鼻子，有的用铁圈箍住犯人的脑袋再往里面加木楔，甚至有人被折磨得脑浆迸裂。每次抓到囚犯，就先把这些刑具展示给他们看，囚犯们都吓得浑身发抖、汗流浃背，不等审讯就屈打成招。每当朝廷颁布大赦令，来俊臣就会命令狱卒先杀死罪重的囚犯，然后再宣读赦令。太后认为他们忠心耿耿，越发宠信重用他们。朝廷内外的官员百姓都畏惧这几个人，比畏惧虎狼还要厉害。
麟台正字陈子昂上奏疏，认为：“主事者痛恨徐敬业带头作乱、煽动祸患，想要根除奸邪的根源，追究他的党羽，于是让陛下大开监狱，加重刑罚，只要行为稍有嫌疑、言辞相互牵连的人，无不被彻底逮捕、拷问审查。以至于有奸邪小人趁机蛊惑人心，凭借险恶用心诬陷他人，检举告发疑似之人，企图谋求爵位赏赐，这恐怕不符合讨伐罪人、抚慰百姓的本意。臣私下观察当今天下，百姓盼望安定已经很久了，所以扬州的叛乱持续了将近五十天，而天下依然安然无恙，没有丝毫动荡，陛下不致力于清静无为来安抚疲惫的百姓，反而滥用严刑峻法，让百姓失望，臣愚昧无知，对此深感困惑。臣看到各地前来告密的案件，被囚禁的人多达上千，然而追查到底，一百件中没有一件是属实的。陛下仁慈宽厚，又放宽法律容忍这些诬告之人，于是让奸恶之徒肆意报复仇怨，即使是微不足道的小仇怨，也声称有秘密要告发，一个人被控告，就会有上百人被关进监狱，奉命抓捕犯人的使者络绎不绝，官服车马挤满了街市。有人说陛下为了安抚一个告密的人，却害了上百个无辜之人，天下百姓都翘首以盼，却不知道哪里才有安宁的地方。臣听说隋朝末年，天下尚且太平，杨玄感发动叛乱，不到一个月就失败了。当时天下