忌获罪流放巂州。许敬宗怕赵持满生事，便诬告他与长孙无忌同反，用驿马召他到京师下狱，严刑拷打，赵持满始终不改供词：“身可杀，供词不可改！”官吏无奈，便替他写供词上奏。戊戌日，赵持满被处死，尸体弃于城西，亲戚无人敢收。友人王方翼叹道：“栾布哭彭越，是义；周文王葬枯骨，是仁。在下不失义，在上不失仁，不行吗？”于是收尸安葬。皇帝听说后，没有治他的罪。王方翼是废后王氏的堂兄。长孙铨到流放地后，县令迎合旨意将他杖杀。
六月丁卯日，下诏改《氏族志》为《姓氏录》。
当初太宗命高士廉等修《氏族志》，升降取舍当时被认为恰当。如今许敬宗等因书中未记载武氏门第，奏请修改，于是命礼部郎中礼志约等分类升降，以武氏家族为第一等，其余全按在唐朝的官品高低排序，共九等。于是士卒因军功升为五品官的，也能列入士族，当时人称“勋格”。
己巳日，许敬宗商议封禅礼仪，奏请：“以高祖、太宗同配昊天上帝，太穆、文德二皇后同配皇地只。”皇帝批准。
七月，命御史到高州追捕长孙恩，象州追捕柳奭，振州追捕韩瑗，枷锁押回京师，同时命州县登记他们的家产。长孙恩是无忌的族弟。
壬寅日，命李积、许敬宗、辛茂将与任雅相、卢承庆再次审查长孙无忌案。许敬宗又派中书舍人袁公瑜等去黔州，再审长孙无忌谋反罪状，到后逼迫长孙无忌自缢。下诏将柳奭、韩瑗就地斩首，使者在象州杀了柳奭；韩瑗已死，开棺验尸后返回。三家都被抄家，近亲都流放岭南为奴婢。常州刺史长孙祥因与长孙无忌通信，被处绞刑；长孙恩流放檀州。
八月壬子日，任命普州刺史李义府兼任吏部尚书、同中书门下三品。李义府显贵后，自称出身赵郡李氏，与诸李论辈分；无赖之徒借他的权势，拜他为兄叔的很多。给事中李崇德起初与他同入族谱，等李义府外放普州，就把他从族谱中删去。李义府得知后怀恨在心，复位后派人诬告李崇德有罪，下狱后李崇德自杀。
乙卯日，长孙氏、柳氏因长孙无忌、柳奭获罪被贬的有十三人；高履行被贬为永州刺史；于志宁被贬为荣州刺史，于氏被贬的有九人。从此政权归武后。
九月，下诏在石、米、史等国设置州县府一百二十七处。
十月丙午日，太子行加冠礼，大赦天下。当初太宗厌恶山东士人自矜门第，婚嫁多索财物，命修《氏族志》时将其降一等；王妃、公主的夫婿都选勋臣家，不考虑山东士族。但魏征、房玄龄、李积家都常与山东士族通婚，加以扶持，所以旧士族声望不减，有的一姓中又分某房某眷，高低悬殊。李义府为儿子求亲被拒，心生怨恨，便借先帝旨意，劝皇帝纠正此弊。壬戌日，下诏后魏陇西李宝、太原王琼等家族的子孙，不得自行通婚；同时规定天下嫁女收财的数额，不得收“陪门财”（门第不对等时，贫家向富家所出的补偿财礼）。但士族声望为世俗崇尚，终究无法禁止，有的偷偷把女儿送到夫家，有的女儿到老不嫁，也不愿与异姓（非士族）通婚；那些衰落的家族，连宗族都看不起的，往往反而自称“禁婚家”，抬高身价。
闰月戊寅日，皇帝从京师出发，命太子监国。太子思念皇帝不已，皇帝听说后，立即召他到行宫。戊戌日，皇帝抵达东都。
十一月丙午日，任命许圉师为散骑常侍、检校侍中。戊午日，侍中兼左庶子辛茂将去世。
思结俟斤都曼率领疏勒、朱俱波、谒般陀三国反叛，攻破于阗。癸亥日，任命左骁卫大将军苏定方为安抚大使讨伐。
任命卢承庆为同中书门下三品。
右领军中郎将薛仁贵等与高丽将领温沙门在横山交战，击败敌军。
苏定方军到业叶水，思结据守马头川。定方选精兵一万、骑兵三千奔袭，一日一夜行三百里，清晨抵达城下，都曼大惊。双方在城外交战，都曼战败，退守城中。到傍晚，各军陆续赶到，包围城池，都曼恐惧出降。
显庆五年，公元660年，春季正月，苏定方在乾阳殿献俘，司法部门请求处死都曼，苏定方求情：“我许诺不杀他，他才出降，愿留他性命。”皇帝说：“我枉法成全你的信用。”于是赦免都曼。
甲子日，皇帝从东都出发；二月辛巳日，抵达并州。三月丙午日，皇后在朝堂宴请亲戚故旧邻里，妇人在内殿宴请，赏赐不等。下诏：“并州八十岁以上的妇人，都授予郡君称号。”
百济依仗高丽援助，多次侵扰新罗；新罗王春秋上表求救。辛亥日，任命左武卫大将军苏定方为神丘道行军大总管，率领左骁卫将军刘伯英等水陆十万讨伐百济；任命春秋为嵎夷道行军总管，率新罗兵协同作战。
夏季四月戊寅日，皇帝从并州出发；癸巳日，抵达东都。五月，修建合璧宫。壬戌日，皇帝前往合璧宫。
戊辰日，任命定襄都督阿史德枢宾等为冷岍道行军总管，讨伐叛奚，又命尚书右丞崔馀庆总领三军，奚不久遣使投降。改任枢宾等为沙砖道行军总管，讨伐契丹，擒获契丹松漠都督阿卜固，送到东都。
六月庚午朔日，发生日食。
房州刺史梁王李忠，年纪渐长