。”太宗于是赦免了他的妻子和儿子，将他们迁徙到岭南。查抄侯君集家产时，发现两名美女，她们从小只喝人乳而不吃粮食。
起初，太宗让李靖教授侯君集兵法，侯君集对太宗说：“李靖要谋反了。”太宗问他原因，侯君集回答说：“李靖只教我粗浅的兵法，却隐藏了精髓，由此可知他要谋反。”太宗以此询问李靖，李靖回答说：“这是侯君集想要谋反罢了。如今中原已经平定，我所教的兵法，足够制服四方夷狄，而侯君集执意要求学到我全部的兵法，不是谋反又是什么！”江夏王李道宗曾经从容地对太宗说：“侯君集志向远大但智谋不足，自负微小的功劳，以位居房玄龄、李靖之下为耻，虽然担任吏部尚书，仍不能满足他的野心。依我看来，他必将作乱。”太宗说：“侯君集的才能，做什么不行！我难道舍不得高官厚禄，只是晋升的次序还没到罢了，怎么能凭空猜测，随意产生猜疑呢！”等到侯君集谋反被诛，太宗才向李道宗道歉说：“果然如你所说！”
李安俨的父亲已经九十多岁，太宗怜悯他，赏赐奴婢来赡养他。
太子李承乾获罪后，魏王李泰每天入宫侍奉太宗，太宗当面答应立他为太子，岑文本、刘洎也劝说太宗立李泰；长孙无忌坚决请求立晋王李治。太宗对身边大臣说：“昨天青雀（李泰的小名）扑到我怀里说：‘我今天才得以真正成为陛下的儿子，这是重生之日啊。我有一个儿子，等我死的时候，一定为陛下杀了他，传位给晋王。’谁不疼爱自己的儿子，我看到他这样，非常怜悯他。”谏议大夫褚遂良说：“陛下说的话大错特错。希望陛下慎重思考，不要犯错！哪有陛下驾崩后，魏王占据天下，还肯杀死自己的爱子，传位给晋王的道理！陛下以前已经立李承乾为太子，又宠爱魏王，给他的礼仪等级超过了太子，才酿成今天的灾祸。前事不远，足以作为借鉴。陛下如今要立魏王，希望先妥善安置晋王，才能保证他的安全。”太宗流泪说：“我做不到啊！”于是起身入宫。魏王李泰担心太宗立晋王李治为太子，便对李治说：“你和李元昌关系很好，李元昌现在败亡了，你能不担忧吗？”李治因此面带忧虑之色，太宗感到奇怪，多次询问他原因，李治才把情况告诉太宗；太宗怅然若失，开始后悔答应立李泰为太子的话。太宗当面责备李承乾，李承乾说：“我身为太子，还有什么可追求的！只是被李泰图谋，时常与朝中大臣商议自保的办法，那些心怀不轨的人就趁机教唆我做了不法之事。如今如果李泰成为太子，那正是落入了他的圈套。”
李承乾被废黜后，太宗驾临两仪殿，群臣都退下了，只留下长孙无忌、房玄龄、李世积、褚遂良，对他们说：“我三个儿子一个弟弟，做出这样的事情，我心里实在烦闷无聊！”于是扑倒在床上，长孙无忌等人急忙上前搀扶；太宗又抽出佩刀想要自杀，褚遂良夺下佩刀交给晋王李治。长孙无忌等人请求太宗表明心意，太宗说：“我想立晋王为太子。”长孙无忌说：“谨遵诏令；有持异议的人，我请求斩杀他！”太宗对李治说：“你舅舅答应你了，应该拜谢他。”李治于是下拜致谢。太宗对长孙无忌等人说：“你们已经同意我的意见，不知道外面的议论怎么样？”长孙无忌等人回答说：“晋王仁孝，天下人归心已久，请求陛下试着召见百官询问，如有不同意见，我甘愿承担死罪。”太宗于是驾临太极殿，召见文武六品以上官员，对他们说：“李承乾叛逆，李泰也凶险狡诈，都不能立为太子。我想从诸子中选择继承人，谁合适呢？你们当面说清楚。”众人都欢呼说：“晋王仁孝，应当成为继承人。”太宗很高兴，当天，李泰率领一百多名骑兵到达永安门；太宗敕令守门官员将他的骑兵全部赶走，只带李泰进入肃章门，囚禁在北苑。丙戌日，太宗下诏立晋王李治为皇太子，驾临承天门楼，大赦天下，特许百姓聚饮三天。太宗对身边大臣说：“我如果立李泰为太子，就意味着太子之位可以通过谋划得到。从今以后，太子失德、藩王窥伺太子之位的，都将两人一并抛弃，将这个规定传给子孙后代，永远作为准则。况且立李泰为太子，李承乾和李治都不能保全；立李治为太子，李承乾和李泰就都能安然无恙了。”
对此，司马光说：唐太宗不把天下大权私下授予自己喜爱的人，以此杜绝祸乱的根源，可以说是深谋远虑啊！
丁亥日，任命中书令杨师道为吏部尚书。起初，长广公主嫁给赵慈景，生下赵节；赵慈景死后，长广公主改嫁给杨师道。杨师道与长孙无忌等人共同审理李承乾的案件时，暗中为赵节开脱，因此受到谴责。太宗来到长广公主的府邸，公主以头触地，为儿子的罪行道歉，太宗也下拜流泪说：“奖赏不回避仇敌，惩罚不偏袒亲戚，这是天下最公正的原则，我不敢违背，因此有负于姐姐。”
己丑日，太宗下诏任命长孙无忌为太子太师，房玄龄为太子太傅，萧瑀为太子太保，李世积为太子詹事，萧瑀、李世积都担任同中书门下三品。同中书门下三品这一官职从此开始设置。又任命左卫大将军李大亮兼任右卫率，前詹事于志宁、中书侍郎马周为