官准备一百天的柴草、粮食即可。等到大桁战败，众人情绪恐惧。茹法珍等人担心士民逃散，所以关闭城门不再出兵。不久后萧衍的长围已经筑成，壕沟和栅栏严密坚固；然后出城冲击，多次作战都失利。
东昏侯尤其吝惜金钱，不肯赏赐将士；茹法珍叩头请求赏赐，东昏侯说：“贼军难道是来单独捉拿我吗！为什么要向我索要财物！”后堂储存了几百块木板，有人启奏用来加固城防；东昏侯想要留下制作宫殿的栏杆，最终没有同意。又督促御府制作三百名精锐仪仗士兵的服装，等待围困解除后用来驱逐闲杂人员，金银雕刻的杂物，比平时加急制作。众人都怨恨懈怠，不愿尽力。城外围困已久，城中的人都想早点逃走，只是没人敢先行动。
茹法珍、梅虫儿劝说东昏侯：“大臣们不尽心，导致围困不能解除，应当把他们全部杀掉。”王珍国、张稷害怕灾祸降临到自己身上，王珍国秘密派遣亲信向萧衍献上明镜，萧衍折断金块作为回应。兖州中兵参军冯翊人张齐是张稷的心腹，王珍国通过张齐秘密与张稷谋划共同刺杀东昏侯。张齐夜间带领王珍国去见张稷，两人促膝定下计策，张齐亲自手持蜡烛；又把计策告诉后阁舍人钱强。十二月丙寅夜，钱强秘密让人打开云龙门，王珍国、张稷率领士兵进入殿中，御刀丰勇之作为内应。东昏侯在含德殿吹笙唱歌，还没睡熟，听到士兵进入，急忙逃出北门，想要返回后宫，但此时宫门已经关闭。宦官黄泰平用刀砍伤他的膝盖，东昏侯倒地，张齐斩杀了他。张稷召集尚书右仆射王亮等人在殿前西钟下排列就座，命令百官签署笺表，用黄油包裹东昏侯的头颅，派遣国子博士范云等人送到石头城。右卫将军王志叹息说：“帽子虽然破旧，怎能踩在脚下！”拿起庭院中的树叶揉搓后吞下，假装晕倒，不签署姓名。萧衍看到笺表上没有王志的名字，心中非常赞赏他。王亮是王莹的堂弟；王志是王僧虔的儿子。
萧衍与范云有旧交情，立即留下他参与谋划。王亮在东昏侯朝中，因模棱两可、迎合讨好得以自保。萧衍抵达新林时，百官都通过小路表示归顺，只有王亮没有派遣使者。东昏侯战败后，王亮出来拜见萧衍，萧衍说：“君主跌倒而不搀扶，要这样的宰相有什么用！”王亮说：“如果君主可以搀扶，明公怎么会有今天的举动！”从城中逃出的人，有的被抢劫掠夺。杨公则亲自率领部下在东掖门列阵，护送公卿士民，所以出城的人大多经过杨公则的军营。萧衍派张弘策先进入宫中清理，查封府库和图书典籍。当时城中珍宝堆积如山，张弘策约束部下，秋毫无犯。抓获潘妃以及宠臣茹法珍、梅虫儿、王咺之等四十一人，都交给官吏处置。
起初，海陵王被废黜后，王太后出宫居住在鄱阳王的旧宅，号称宣德宫。己巳日，萧衍以宣德太后的名义下诏，追废涪陵王萧宝卷为东昏侯，褚皇后以及太子萧诵都贬为庶人。任命萧衍为中书监、大司马、录尚书事、骠骑大将军、扬州刺史，封建安郡公，依照晋朝武陵王司马遵承制的旧例，百官向他致敬；任命王亮为长史。壬申日，改封建安王萧宝寅为鄱阳王。癸酉日，任命司徒、扬州刺史晋安王萧宝义为太尉，兼任司徒。
己卯日，萧衍进入并驻扎在阅武堂，下令大赦天下。又下令：“除东昏侯时期荒谬的制度、苛捐杂税、残酷刑罚和繁重徭役外，可详细核查以往的原有规定，并将其全部废除；对于主管官员因散失物资造成的损失，要制定明确条例，一律依照旧例处理。”再下令：“全面核查尚书各部门，东昏侯时期所有判决不公的诉讼案件，以及主管官员拖延未及时办理的事务，要仔细审讯辨析，根据实际情况商议后上奏。”还下令：“收葬义军将士的遗体，掩埋叛逆者的死者遗骸。”
潘妃拥有倾国之色，萧衍想留下她，便询问侍中、领军将军王茂的意见。王茂说：“使齐国灭亡的就是这个女人，留下她恐怕会招致外界非议。”萧衍于是下令将潘妃在狱中缢杀，同时诛杀宠臣茹法珍等人。把两千名宫女赏赐给将士们。乙酉日，任命辅国将军萧宏为中护军。
萧衍东下之时，豫州刺史马仙琕拥兵自重，不肯归附。萧衍派他的老朋友姚仲宾去劝说，马仙琕先为姚仲宾摆酒设宴，随后将他斩首于军门示众。萧衍又派同族叔父萧怀远前去劝说，马仙琕说：“大义灭亲。”又想斩杀萧怀远；军中将士求情，萧怀远才得以幸免。萧衍抵达新林时，马仙琕仍在长江以西每日劫掠运输船只。萧衍围攻宫城期间，各州郡都派遣使者请求投降，唯独吴兴太守袁昂据守边境，拒不接受命令。袁昂是袁顗的儿子。
萧衍派驾部郎考城人江革写信给袁昂，信中说：“国家的根本已经崩塌，枝叶又怎能依附？如今竭力侍奉昏庸的君主，不足以称为忠诚；让家族遭受屠灭，不能算作孝顺。何不幡然醒悟、改变主意，为自己谋求更多福祉！”袁昂回信说：“三吴地区是内地，并非用兵之地；况且我仅据守偏远一郡，怎能为昏君效力！自从将军大旗抵达，各地无不袒胸露背、到军门投降。唯独我敢迟迟不从，只因内心深知自己平庸无能，文武两方面都无建树，即便想献上忠心，也不能增加大军的勇气；若保持愚钝沉默，至少不会挫伤众军的