“军队已经疲惫，不如返回寻阳，集中兵力攻取荆州，占据天下三分之二的土地，再慢慢和建康对抗。”秋季，七月初十（庚申），卢循从蔡洲南下返回寻阳，留下党羽范崇民率领五千人据守南陵。七月十四（甲子），刘裕派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史兰陵人蒯恩、中军咨议参军孟怀玉等人率领军队追击卢循。
七月十五（乙丑），北魏君主拓跋嗣返回平城。
西秦王乞伏乾归讨伐越质屈机等十多个部落，降服两万五千人，将他们迁徙到苑川。八月，乞伏乾归再次把都城迁回苑川。
沮渠蒙逊讨伐西凉，在马庙击败西凉世子李歆，擒获西凉将领朱元虎后返回。西凉公李暠用两千斤白银、两千两黄金赎回朱元虎；沮渠蒙逊归还朱元虎，于是和李暠结盟后返回。
这时，刘裕返回东府，大规模整治水军，派遣建威将军、会稽人孙处，振武将军沈田子率领三千士兵从海路袭击番禺。沈田子是沈林子的兄长。众人都认为“海路艰难遥远，必定难以到达，而且分散现有兵力，不是当前急需的事”。刘裕不听，告诫孙处说：“大军在十二月初必定能击败妖虏，你到那时要先摧毁他们的巢穴，让他们逃跑后无处可归。”
谯纵派遣侍中谯良等人前往后秦朝见，请求派兵讨伐东晋。谯纵任命桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，率领两万士兵侵犯荆州；后秦王姚兴派遣前将军苟林率领骑兵与他们会合。
江陵自从卢循东下后，就没有收到建康的消息，盗贼四起。荆州刺史刘道规派遣司马王镇之率领天门太守檀道济、广武将军彭城人到彦之率军入京救援建康。檀道济是檀祗的弟弟。
王镇之抵达寻阳时，被苟林击败。卢循听说后，任命苟林为南蛮校尉，分派兵员给他，让他乘胜攻打江陵，声称徐道覆已经攻克建康。桓谦在途中招募旧部和义士，百姓投奔他的有两万人。桓谦驻守枝江，苟林驻守江津，两路叛军逼近江陵，江陵的官员百姓大多怀有二心。刘道规于是召集将士，对他们说：“桓谦现在就在附近，听说各位中有不少人有离开的打算，我从东边带来的文武官员足够应对事务，如果有人想离开，我绝不禁止。”于是在夜间打开城门，直到天亮都不关闭。众人都敬畏服从，没有一人离开。
雍州刺史鲁宗之率领数千人从襄阳赶赴江陵。有人说鲁宗之的意图难以预测，刘道规独自骑马迎接他，鲁宗之感动喜悦。刘道规让鲁宗之留守江陵，把他当作心腹托付，自己率领各路军队攻打桓谦。众将佐都说：“现在远道出兵讨伐桓谦，取胜难以保证。苟林近在江津，窥探我们的动静，如果他来攻城，鲁宗之未必能坚守；万一有差错，大事就完了。”刘道规说：“苟林愚昧懦弱，没有奇计，他认为我离城不远，必定不敢攻城。我现在攻打桓谦，一到就能攻克；在他犹豫不决的时候，我已经返回了。桓谦失败后，苟林就会吓破胆，哪里有时间来攻城！况且鲁宗之独自坚守，怎么会支撑不了几天！”于是率军火速攻打桓谦，水陆并进。桓谦等人大规模部署水军，加上步兵骑兵，在枝江交战。檀道济率先冲锋攻破敌阵，桓谦等人大败。桓谦独自乘船逃往苟林处，刘道规追击并斩杀了他。返回江陵途中，抵达涌口时，讨伐苟林，苟林逃走，刘道规派遣咨议参军、临淮人刘遵率领军队追击。起初，桓谦抵达枝江时，江陵的官员百姓都给桓谦写信，告知城内虚实，想做内应；到这时，刘道规查获了这些信件，却全部烧毁不看，众人于是安定下来。
江州刺史庾悦任命鄱阳太守虞丘进为先锋，多次击败卢循的军队，进军占据豫章，切断卢循的粮道。九月，刘遵在巴陵斩杀苟林。
桓石绥趁卢循入侵之机，在洛口起兵，自称荆州刺史；征阳县令王天恩自称梁州刺史，袭击并占据西城。梁州刺史傅韶派遣儿子、魏兴太守傅弘之讨伐桓石绥等人，将他们全部斩杀，桓氏家族就此灭亡。傅韶是傅畅的孙子。
西秦王乞伏乾归攻打后秦的略阳、南安、陇西等郡，全部攻克，将两万五千户百姓迁徙到苑川和枹罕。
九月甲寅日，北魏将拓跋珪安葬在盛乐金陵，谥号为宣武，庙号为烈祖。
刘毅坚决请求追击卢循，长史王诞暗中对刘裕说：“刘毅已经战败，不宜再让他立功。”刘裕听从了他的建议。冬季，十月，刘裕率领兖州刺史刘籓、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等人南下攻打卢循，任命刘毅为监太尉留府，后方事务都托付给他。十月癸巳日，刘裕从建康出发。
徐道覆率领三万士兵进军江陵，突然抵达破冢。当时鲁宗之已经返回襄阳，来不及追召，人心大为震动。有人传言卢循已经平定京城，派遣徐道覆来担任荆州刺史，江汉地区的官员百姓因感激刘道规烧毁信件的恩德，没有再怀二心。刘道规派刘遵另外率领游击军队，自己在豫章口抵御徐道覆，先锋部队失利；刘遵从外围横向袭击，大败叛军，斩杀一万多人，叛军跳水淹死的几乎殆尽。徐道覆独自乘船逃回湓口。起初，刘道规让刘遵率领游击军队，众人都认为“强敌当前，只担心兵力不足，不应分割现有兵力，把军队放在无用的地方”。等到击败徐道覆，最终靠的是游击军队的力量