来果然如此。到这时，他又认为刘裕一定无法对抗卢循，不少人都相信他的判断。只有龙骧将军、东海人虞丘进在朝堂上反驳孟昶等人，认为并非如此。中兵参军王仲德对刘裕说：“明公您是辅佐当世的栋梁，刚建立大功，威震天下，妖贼趁虚入侵，如今听说您凯旋归来，必定会溃逃。如果您先自行逃跑，就会和普通百姓没区别，普通百姓的号令，怎么能威慑众人！如果这个计划被采纳，我请求从此告辞。”刘裕十分高兴。孟昶却坚持请求不已，刘裕说：“现在外地重镇沦陷，强敌逼近京城，人心惶恐，没有坚定的意志；如果一旦迁都，国家就会土崩瓦解，江北又岂能到达！即便能到达，也不过是拖延时日罢了。现在士兵虽少，但足够一战。如果能战胜，君臣就能共享太平；如果厄运必定降临，我会战死在皇宫门前，实现我向来以身报国的志向，不会逃窜到草野间苟且求生。我的计策已经定了，你别再多说！”孟昶因自己的建议不被采纳而愤怒，又认为必定失败，于是请求赐死。刘裕发怒说：“你暂且再参与一战，死又何必急于现在！”孟昶知道刘裕最终不会采纳他的建议，就上奏表自我陈述：“臣当初赞同刘裕北伐，众人都不同意，只有臣支持他的计划，导致强贼趁机入侵，国家危急，这是臣的罪过。谨此承担罪责，向天下人谢罪！”封好奏表后，孟昶服毒自杀。
五月十四（乙丑），卢循抵达淮口（秦淮河入长江处），朝廷内外实行戒严。琅邪王司马德文担任都督宫城诸军事，驻守中堂皇；刘裕驻守石头城，众将领各自领兵驻守要地。刘裕的儿子刘义隆才四岁，刘裕派咨议参军刘粹辅佐他，镇守京口。刘粹是刘毅的同族弟弟。
刘裕看到百姓在江边眺望叛军，感到奇怪，便询问参军张劭，张劭说：“如果您还没返回，百姓逃命都来不及，哪里还会眺望！现在他们应该不再恐惧了。叛军如果从新亭直接进军，势头不可阻挡，我们应当暂且回避，胜负难以预料；如果他们回师停泊在西岸，就一定会被擒获。”
徐道覆请求从新亭到白石一带烧毁战船，登陆进军，分几路攻打刘裕。卢循想求万全之策，对徐道覆说：“大军还没到，孟昶就已闻风自杀；从大势来看，京城理应不久就会溃乱。现在要在一天内决出胜负，靠冒险求利，既不是必定取胜的办法，还会损伤士兵，不如按兵不动等待时机。”徐道覆因卢循多疑少决，叹息说：“我最终会被卢公耽误，事情必定无法成功；如果能让我为真正的英雄效力，平定天下都不在话下。”
刘裕登上石头城眺望卢循的军队，起初看到叛军向新亭进军，他回头看向身边的人，脸色骤变；不久叛军回师停泊在蔡洲，他才面露喜色。这时，各路军队逐渐集结。刘裕担心叛军突袭，便采纳虞丘进的计策，砍伐树木在石头城和淮口设置栅栏，修缮越城，修筑查浦、药园、廷尉三座营垒，都派兵驻守。
刘毅历经蛮族和汉族地区，仅能独自逃脱，随从士兵又饥又累，死亡的有十分之七八。五月十五（丙寅），刘毅抵达建康，等待治罪。刘裕安慰勉励他，让他负责朝廷内外的留守事务。刘毅请求自我贬官，朝廷下诏将他降为后将军。
这时，北魏长孙嵩率军抵达漠北后返回，柔然军队追击并将他围困在牛川。五月二十一（壬申），北魏君主拓跋嗣率军北上攻打柔然。柔然可汗郁久闾社仑听说后，逃走途中去世；他的儿子郁久闾度拔还年幼，部众拥立社仑的弟弟郁久闾斛律，号称蔼苦盖可汗。拓跋嗣率军返回参合陂。
卢循在南岸埋伏军队，派老弱士兵乘船向白石进军，声称全军将从白石登陆。刘裕留下参军沈林子、徐赤特驻守南岸，封锁查浦，命令他们坚守不动；自己和刘毅、诸葛长民率军北上抵御。沈林子说：“妖贼说的这番话，未必属实，应当严加防备。”刘裕说：“石头城地势险要，而且淮河栅栏十分坚固，留下你在后驻守，足够守住。”沈林子是沈穆夫的儿子。
五月二十九（庚辰），卢循焚烧查浦，进军到张侯桥。徐赤特准备出击，沈林子说：“叛军声称前往白石，却多次前来挑战，他们的意图很明显。我们兵力寡不敌众，不如坚守险要等待大军回援。”徐赤特不听，于是出兵交战，叛军伏兵四起，徐赤特大败，独自乘船逃往淮北。沈林子和将军刘钟据守栅栏奋力作战，朱龄石率军救援，叛军才撤退。随后，卢循率领精锐士兵大规模登陆，抵达丹阳郡。刘裕率领各路军队火速返回石头城，斩杀徐赤特，让士兵脱下铠甲休整。过了很久，才出兵在南塘列阵。
六月，朝廷任命刘裕为太尉、中书监，加授黄钺（古代帝王授予大臣的仪仗，象征专断权力）；刘裕接受黄钺，推辞了其他官职。任命车骑中军司马庾悦为江州刺史。庾悦是庾准的儿子。
这时，司马国璠和弟弟司马叔璠、司马叔道逃往后秦。后秦王姚兴说：“刘裕正在诛杀桓玄、辅佐晋朝皇室，你们为什么来投奔我？”他们回答说：“刘裕削弱皇室权力，我们宗族中有自行建功立业的人，都被刘裕铲除。他正是国家的祸患，比桓玄更严重。”姚兴任命司马国璠为扬州刺史，司马叔道为交州刺史。
卢循在各县城劫掠却没有收获，对徐道覆说：