无忌厉声喊道：“拿我的苏武节来！”符节送到后，他手持符节督战。叛军士兵云集，何无忌言辞神色毫无屈服，最终握着符节战死。于是朝廷内外震惊恐惧，大臣们商议想护送皇帝向北逃跑，投靠刘裕；不久得知叛军还没到建康，才停止这一计划。
这时，西秦王乞伏乾归攻打后秦的金城郡，攻克了该城。
夏王刘勃勃派遣尚书金纂攻打平凉。后秦王姚兴率军救援平凉，进攻金纂，将他杀死。刘勃勃又派遣侄子、左将军罗提攻克定阳，活埋后秦将士四千多人。后秦将领曹炽、曹云、王肆佛等人各自率领数千人逃往内地，姚兴把他们安置在湟山和陈仓。刘勃勃侵犯陇右，攻破白崖堡，随后进逼清水，略阳太守姚寿都弃城逃跑，刘勃勃把清水的一万六千户百姓迁徙到大城。姚兴从安定出发追击刘勃勃，追到寿渠川，没能追上，只好返回。
起初，南凉王秃发傉檀派遣左将军枯木等人讨伐沮渠蒙逊，劫掠临松一千多户百姓后返回。沮渠蒙逊讨伐南凉，抵达显美，迁徙数千户百姓后离去。南凉太尉俱延再次讨伐沮渠蒙逊，结果大败而回。这个月，秃发傉檀亲自率领五万骑兵讨伐沮渠蒙逊，双方在穷泉交战，秃发傉檀大败，独自骑马逃回。沮渠蒙逊乘胜进军包围姑臧，姑臧百姓因王钟被诛杀的事（此前王钟等人谋降后秦，被秃发傉檀处死），都惊慌溃散，一万多户夷族、汉族百姓投降沮渠蒙逊。秃发傉檀恐惧，连忙派遣司隶校尉敬归和儿子秃发佗到沮渠蒙逊那里做人质，请求讲和，沮渠蒙逊同意了。敬归走到胡坑时，趁机逃回，秃发佗被追兵抓获，沮渠蒙逊迁徙南凉八千多户百姓后离去。南凉右卫将军折掘奇镇占据石驴山反叛。秃发傉檀既害怕沮渠蒙逊的逼迫，又担心岭南被折掘奇镇占据，于是迁都到乐都，留下大司农成公绪镇守姑臧。秃发傉檀刚出城，魏安人侯谌等人就关闭城门作乱，聚集三千多家百姓，占据姑臧南城，推举焦朗为大都督、龙骧大将军，侯谌自称凉州刺史，向沮渠蒙逊投降。
此时，刘裕抵达下邳，用船装载军用物资，亲自率领精锐部队步行返回。到达山阳时，听说何无忌战败身亡，担心京城失守，便脱下铠甲，加速行军，与数十人赶到淮河岸边，向路人询问朝廷的消息，路人说：“叛军还没到，刘公如果回来，就没什么可担心的了。”刘裕大喜。准备渡江时，风势猛烈，众人都认为难以渡江。刘裕说：“如果上天帮助国家，风就会自行停止；如果不是这样，淹死又有什么可怕的！”当即下令上船，船刚开动，风就停了。渡过长江后，抵达京口，众人这才安心。夏季，四月初二（癸未），刘裕到达建康。他因江州失陷，便上奏表请求交回印绶，朝廷下诏不同意。
青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘籓、并州刺史刘道怜各自率领军队入京保卫建康。刘籓是兖州刺史刘毅的堂弟。刘毅听说卢循侵犯，准备率军抵御，却突然生病；病愈后，准备出发。刘裕给刘毅写信说：“我过去多次攻打妖贼，熟悉他们的战术变化。叛军刚获得胜利，势头不可轻视。现在我修整战船即将完成，准备和你一同进军。平定叛军后，上游地区的重任，都交给你。”又派遣刘籓前去劝止他。刘毅发怒，对刘籓说：“过去只是因为一时的功劳推举他，你就真的认为我比不上刘裕吗！”说着，就把信扔在地上，率领两万水军从姑孰出发。
卢循刚开始入侵时，派徐道覆进攻寻阳，自己率军攻打湘中各郡。荆州刺史刘道规派遣军队迎战，在长沙战败。卢循进军到巴陵，准备攻打江陵。徐道覆听说刘毅即将到来，便派人火速告诉卢循：“刘毅的军队兵力强盛，成败的关键就在这一战，应当集中兵力摧毁他。如果这一战胜利，江陵就不值得担心了。”卢循当天从巴陵出发，与徐道覆合兵东下。五月初七（戊午），刘毅与卢循在桑落洲交战，刘毅的军队大败，他放弃战船，率领数百人步行逃跑，其余部众都被卢循俘虏，丢弃的军用物资堆积如山。
起初，卢循抵达寻阳时，听说刘裕已经返回建康，还不相信；攻克刘毅的军队后，才确认这一消息，他和党羽们相视失色。卢循想退回寻阳，攻取江陵，占据江州、荆州来对抗朝廷。徐道覆认为应当乘胜直接进军建康，坚决争论。卢循犹豫了几天，最终听从了徐道覆的建议。
五月初八（己未），东晋实行大赦。刘裕招募百姓当兵，赏赐标准和当年京口起兵讨伐桓玄时相同。征发百姓修建石头城。有人建议分兵驻守各渡口要道，刘裕说：“叛军人数多，我们人数少，如果分兵驻守，就会让敌人摸清我们的虚实；而且一处失利，就会动摇三军的士气。现在把兵力集中在石头城，根据情况灵活应对，既让敌人无法猜测我们的兵力多少，又能集中力量。如果后续兵力逐渐集结，再慢慢商议其他策略。”
朝廷听闻刘毅战败，人心惶惶。当时北伐南燕的军队刚返回，将士大多受伤患病，建康的守军不足数千人。卢循攻克江州、豫州后，拥有十几万士兵，战船车马绵延百里不断，楼船高达十二丈，战败逃回的人争相诉说叛军的强盛。孟昶、诸葛长民想护送皇帝渡过长江北上，刘裕不同意。起初，何无忌、刘毅南下讨伐卢循时，孟昶就预料他们必定失败，后