跋屈想先诛杀再赦免，关键是这两种做法都无法消除隐患，不如一次大赦就平定局势！如果赦免后还有人不服从，再诛杀也不晚。”拓跋嗣听从了崔宏的建议。二月初一（癸未朔），拓跋嗣派遣将军于栗磾率领一万骑兵讨伐不服从命令的人，所到之处都被平定。
南燕的贺赖卢、公孙五楼挖地道出击东晋军队，但没能击退晋军。广固城长期关闭，城中男女百姓有一大半患上脚病，身体虚弱，出城投降的人接连不断。慕容超乘坐辇车登上城墙，尚书悦寿劝说慕容超：“如今上天帮助敌军作恶，战士疲惫憔悴，我们独自坚守这座孤城，又没有外援的希望，天时人事已经很清楚了。如果国运已尽，即便是尧、舜也会退位，陛下难道不考虑变通的办法吗！”慕容超叹息说：“国家的兴亡是天命。我宁愿拔剑战死，也不会双手反绑投降求生！”
二月初五（丁亥），刘裕率领全部兵力攻城。有人说：“今天是‘往亡日’（古代认为不吉利的日子），不利于出兵。”刘裕说：“我们前往，他们灭亡，有什么不吉利的！”晋军从四面猛攻广固城。悦寿打开城门，迎接晋军入城，慕容超和身边数十名骑兵翻越城墙突围逃跑，被晋军追上抓获。刘裕列举慕容超拒不投降的罪状，慕容超神色镇定，一言不发，只把母亲托付给刘敬宣。刘裕因广固城久攻不下而发怒，想把城中军民全部活埋，把他们的妻子女儿赏赐给将士。韩范劝谏说：“晋朝皇室南迁后，中原混乱动荡，百姓没有依靠，谁强大就归附谁，既然成为君臣，就必须为君主尽力。这些人都是世家大族的后代，是先帝的遗民；如今朝廷的军队讨伐叛逆，却要把他们全部活埋，让百姓归附哪里呢！我担心西北的百姓再也没有盼望朝廷拯救的念头了。”刘裕脸色变得温和，赶忙向韩范道歉，但还是斩杀了南燕王公以下官员三千人，没收一万多户家属为奴婢，拆毁广固城的城墙，把慕容超押送到建康处死。
对此，司马光说：晋朝自从渡过长江以来，国威衰弱，戎狄横行，像猛虎一样吞噬中原。刘裕开始率领朝廷军队平定东方的敌国，却不在此时表彰贤才、礼遇俊杰，安抚疲惫的百姓，宣扬仁爱的风气，清除残暴的政令，让士人向往朝廷，遗民翘首期盼，反而肆意屠杀来发泄愤怒。看他的所作所为，连苻氏、姚氏（前秦、后秦）都比不上，难怪他不能统一天下、成就伟大的功业，这难道不是因为他虽有智慧和勇气，却没有仁义之心才导致的吗！
起初，徐道覆听说刘裕北伐南燕，便劝说卢循趁东晋后方空虚袭击建康，卢循没有听从。徐道覆亲自到番禺劝说卢循：“我们本来住在五岭以南，难道要在这里终老，把地盘传给子孙吗？只是因为刘裕难以对抗才这样。如今刘裕把军队驻扎在坚固的城池下，没有返回的日期，我们用这些渴望回归故土的敢死士兵袭击何无忌、刘毅等人，易如反掌。不抓住这个机会，反而苟且追求一时的安定，朝廷一直把您视为心腹大患；如果刘裕平定南燕后，休整军队一年多，用诏书征召您，他亲自率军驻守豫章，派遣将领率领精锐部队越过五岭，即使您有神武之才，恐怕也难以抵挡。现在的机会，千万不能错过。如果先攻克建康，摧毁朝廷的根基，刘裕即使南返，也无能为力了。您如果不同意，我就率领始兴的军队直接进攻寻阳。”卢循很不乐意采取这一行动，但又无法反驳徐道覆的计划，于是听从了他。
起初，徐道覆派人在南康山中砍伐造船的木材，运到始兴后低价出售，当地人争相购买，木材大量堆积，却没人怀疑他的意图；到这时，徐道覆把木材全部取回建造战船，十天就完成了。卢循从始兴出发侵犯长沙，徐道覆侵犯南康、庐陵、豫章，各地的守将和地方官都弃城逃跑。徐道覆顺江而下，战船和武器装备十分精良。
当时攻克南燕的消息还没传到建康，朝廷紧急征召刘裕回师。刘裕正商议留在下邳镇守，谋划夺取司州、雍州，恰逢收到诏书，于是任命韩范为都督八郡军事、燕郡太守，封融为勃海太守，檀韶为琅邪太守；二月二十六（戊申），率领军队返回。檀韶是檀祗的兄长。过了很久，刘穆之诬告韩范、封融谋反，把他们都杀了。
安成忠肃公何无忌从寻阳率领军队抵御卢循。长史邓潜之劝谏说：“国家的安危，就在这一战。听说卢循的战船众多，势力处于上游，应当挖开南塘的堤坝，坚守豫章、寻阳两座城池等待他们，他们一定不敢绕过我们远道东下。我们养精蓄锐，等他们疲惫不堪后再出击，这是万无一失的计策。现在把成败寄托在一战上，万一失利，后悔就来不及了！”参军殷阐说：“卢循率领的部众都是三吴地区的旧贼，身经百战仍有勇气，始兴的溪族士兵，身手敏捷、善于战斗，不能轻视。将军应当留驻豫章，向所属城池征兵，等兵力集中后再交战，还不算晚。如果用现在的兵力轻率进军，恐怕一定会后悔。”何无忌不听。三月二十（壬申），何无忌与徐道覆在豫章相遇，叛军命令数百名强弩手登上西岸的小山拦击晋军。恰逢西风猛烈，把何无忌乘坐的小船吹向东岸，叛军趁机用大战船逼近，晋军随即溃散。何