苦。
孙恩趁民心骚动，从海岛率领党羽杀死上虞县令，接着进攻会稽。会稽内史王凝之是王羲之的儿子，世代信奉天师道，既不出兵，也不设防，每天在道堂中跪拜祈祷。属官请求出兵讨伐孙恩，王凝之说：“我已经向大道祈求，借来了鬼兵守卫各要道，每处都有几万人，贼寇不值得担忧。”等到孙恩的军队逐渐逼近，才允许出兵，此时孙恩已经到了会稽城下。甲寅日，孙恩攻陷会稽，王凝之逃走，孙恩将他抓住杀死，连同他的几个儿子一起杀了。王凝之的妻子谢道蕴是谢弈的女儿，听说贼寇到来，举止镇定，命令婢女用肩舆抬着自己，抽出佩刀出门，亲手杀死几人，才被擒获。吴国内史桓谦、临海太守新秦王司马崇、义兴太守魏隐都弃郡逃走。于是会稽人谢鍼、吴郡人陆瑰、吴兴人丘尪、义兴人许充之、临海人周胄、永嘉人张永等人，以及东阳、新安共八个郡的百姓，同时起兵，杀死地方长官响应孙恩，十天之内，部众达到几十万。吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、张琨、中书郎孔道等人都被孙恩的党羽杀死。谢邈、谢冲都是谢安的侄子。当时三吴地区长期太平，百姓不熟悉战事，所以郡县的军队都望风溃败。孙恩占据会稽，自称征东将军，逼迫有声望的士人担任属官，称他的党羽为“长生人”，百姓中不与他们合作的，连婴儿都一起杀戮，死亡人数达到十分之七八。孙恩还将各县令剁成肉酱，强迫他们的妻子儿女食用，不肯吃的人就被肢解。他们所经过的地方，抢掠财物，烧毁房屋，焚毁粮仓，砍伐树木，填埋水井，部众聚集到会稽；妇女中有婴儿不能带走的，就将婴儿投入水中，说：“祝贺你先登上仙堂，我随后就来陪你。”孙恩上表列举会稽王司马道子和世子司马元显的罪状，请求诛杀他们。
自从晋安帝即位以来，朝廷内外离心离德，石头城以南都被荆州、江州所控制，以西都由豫州独占，京口及长江以北都被刘牢之和广陵相高雅之掌控，朝廷能管辖的区域，只有三吴地区而已。等到孙恩叛乱，八个郡都被孙恩占据，京城周围各县，盗贼到处兴起，孙恩的党羽中也有潜伏在建康的人，人心惶惶。朝廷时常担心发生叛乱，于是内外戒严。朝廷授予司马道子黄钺（象征军事统帅权），任命司马元显为领中军将军，命令徐州刺史谢琰兼任都督吴兴、义兴军事，讨伐孙恩；刘牢之也出兵讨伐孙恩，上奏表后立即行动。
此时，西秦任命金城太守辛静为右丞相。
十二月甲午日，后燕燕郡太守高湖率领三千户人家投降北魏。高湖是高泰的儿子。
丙午日，慕容盛封弟弟慕容渊为章武公，慕容虔为博陵公，儿子慕容定为辽西公。
丁未日，后燕太后段氏去世，谥号为惠德皇后。
东晋谢琰率军进击，斩杀许充之，迎接魏隐返回义兴郡，又进军攻打丘尪，将其击败，与刘牢之交替进军，所到之处都能攻克。谢琰留下驻守乌程，派遣司马高素协助刘牢之，进军逼近浙江。朝廷下诏任命刘牢之为都督吴郡诸军事。
当初，彭城人刘裕出生后母亲就去世了，父亲刘翘客居京口，家境贫寒，打算将刘裕抛弃。同郡人刘怀敬的母亲是刘裕的姨母，当时刘怀敬还不满周岁，姨母跑去救下刘裕，停止喂养刘怀敬，转而哺育刘裕。等到刘裕长大后，勇猛健壮，有远大志向，仅认识一些文字，以卖鞋为生，还喜欢赌博，被同乡人轻视。刘牢之讨伐孙恩时，征召刘裕为参军事，派他率领几十人侦察贼寇动向。遇到几千名贼寇，刘裕立即迎击，随从都战死了，刘裕自己也坠入河岸下。贼寇靠近河岸准备下去，刘裕挥舞长刀向上砍杀，杀死几人，才得以登岸，接着大声呼喊着追击贼寇，贼寇都逃走了，刘裕杀死杀伤的贼寇很多。刘敬宣（刘牢之之子）奇怪刘裕很久没有返回，就领兵去寻找他，看到刘裕独自追赶几千名贼寇，众人都惊叹不已。于是趁机进击贼寇，大败贼军，斩杀俘获一千多人。
起初，孙恩听说八个郡响应自己，就对下属说：“天下再也没有大事了，我要和各位穿着朝服进入建康。”不久听说刘牢之已抵达长江边，就说：“我割据浙江以东，至少也能做个勾践！”戊申日，刘牢之领兵渡过长江，孙恩听说后，说：“我不耻于逃跑。”于是驱赶二十多万男女百姓向东逃走，在路上丢弃了很多珍宝、女子，官军争相抢夺，孙恩因此得以逃脱，再次逃入海岛。高素在山阴击败孙恩的党羽，斩杀孙恩任命的吴郡太守陆瑰、吴兴太守丘尪、馀姚县令吴兴人沈穆夫。
东部地区遭受战乱，百姓盼望官军到来，但刘牢之等人放纵士兵大肆抢掠，士人百姓大失所望，郡县城中再也没有人迹，一个多月后才逐渐有人返回。朝廷担心孙恩再次前来，便任命谢琰为会稽太守、都督五郡军事，率领徐州的文武官员驻守海边渡口。
朝廷任命司马元显为录尚书事。当时人称司马道子为“东录”，司马元显为“西录”；司马元显的西府车马盈门，而司马道子的东府门庭冷落，以至可以张网捕鸟。司马元显没有贤良的师友，所亲信的人都是奸佞谄媚之徒，这些人有的说他是当世英杰，有的说他是风流名士。从此司马元显日益骄横奢侈