，暗示礼官提议，认为自己德行崇高、声望卓着，既然总领百官，百官都应对他表示敬意。于是公卿以下官员见到司马元显都要下拜。当时战事频繁，国家财力空虚，从司徒以下官员，每天的口粮只有七升，而司马元显却不断搜刮钱财，财富超过皇室。
此时，殷仲堪担心桓玄专横跋扈，于是与杨佺期联姻，互为援助。杨佺期多次想攻打桓玄，殷仲堪每次都制止他。桓玄担心自己最终会被殷仲堪、杨佺期消灭，于是报告朝廷执政大臣，请求扩大自己的管辖区域；执政大臣也想挑起他们之间的矛盾，让他们互相背离，于是任命桓玄为都督荆州四郡军事，又让桓玄的哥哥桓伟接替杨佺期的哥哥杨广担任南蛮校尉。杨佺期既愤怒又恐惧。杨广想抗拒桓伟，殷仲堪不同意，调杨广出任宜都、建平二郡太守。杨孜敬原先担任江夏相，桓玄派兵袭击并劫持了他，任命他为咨议参军。
杨佺期整饬军队，树立将旗，声称要救援洛阳，想与殷仲堪一起袭击桓玄。殷仲堪虽然表面上与杨佺期结盟，内心却怀疑他的意图，竭力阻止；但终究没能禁止，于是派遣堂弟殷遹驻守北部边境，来遏制杨佺期。杨佺期既不能单独起兵，又不了解殷仲堪的真实想法，只好解除军事行动。
殷仲堪多疑而缺乏决断，咨议参军罗企生对他的弟弟罗遵生说：“殷侯仁慈却没有决断力，一定会遭遇祸患。我蒙受他的知遇之恩，按道义不能离开他，一定会为他而死。”
这一年，荆州发生大水，平地水深三丈，殷仲堪拿出全部粮仓储备救济饥民。桓玄想趁他空虚讨伐他，于是出兵西进，也声称要救援洛阳，还写信给殷仲堪说：“杨佺期蒙受国家恩宠却不顾祖宗陵墓（指不救援洛阳），应当共同讨伐他。现在我要进入沔水讨伐杨佺期，已经在江口驻军。如果你与我没有二心，可逮捕杨广并杀死他；如果不这样做，我就领兵进入长江。”当时巴陵有积存的粮食，桓玄先派兵袭击夺取了它。梁州刺史郭铨正要去赴任，路过夏口，桓玄谎称朝廷派遣郭铨担任自己的前锋，于是把江夏的军队交给郭铨，让他统领各路军队一同进军，又秘密告诉哥哥桓伟，让他做内应。桓伟惊慌失措，不知该怎么办，亲自带着桓玄的信去见殷仲堪。殷仲堪将桓伟扣押作为人质，命令他给桓玄写信，言辞恳切哀苦。桓玄说：“殷仲堪为人缺乏决断，常顾虑成败，又为儿子们考虑，我哥哥一定没有危险。”
殷仲堪派遣殷遹率领七千水军抵达西江口，桓玄派郭铨、苻宏迎战，殷遹等人战败逃走。桓玄驻守巴陵，食用当地储存的粮食；殷仲堪又派遣杨广和侄子殷道护等人抵抗，都被桓玄击败。江陵全城震惊恐慌，城中粮食匮乏，只能用胡麻给士兵充当口粮。
桓玄乘胜进军到零口，距离江陵仅二十里，殷仲堪紧急征召杨佺期前来救援。杨佺期说：“江陵没有粮食，拿什么抵御敌军！你可以来我这里，我们一起坚守襄阳。”殷仲堪一心想保全军队和荆州，不愿放弃州城逃走，就欺骗杨佺期说：“近来我已征集粮食，已有储备了。”杨佺期信以为真，率领八千步兵、骑兵赶来，铠甲精良，在阳光下闪闪发光。抵达江陵后，殷仲堪却只用米饭招待他的军队。杨佺期大怒，说：“这次必败无疑了！”他没有去见殷仲堪，直接和哥哥杨广一起率军攻打桓玄。桓玄畏惧他的锐气，率军退到马头。
第二天，杨佺期领兵猛攻郭铨，几乎将其俘获。恰逢桓玄的大军赶到，杨佺期大败，单人匹马逃往襄阳。殷仲堪则逃奔酂城。桓玄派遣将军冯该追击杨佺期和杨广，将二人抓获后杀死，并把他们的首级送到建康示众。杨佺期的弟弟杨思平、堂弟杨尚保、杨孜敬逃入蛮族地区。
殷仲堪听说杨佺期已死，就率领几百人准备逃往长安，行至冠军城时，被冯该追上俘获。押回柞溪后，冯该逼迫他自杀，同时杀死了殷道护。殷仲堪信奉天师道，不惜用财物祈求鬼神保佑，却吝啬于救济急难之人。他喜欢用小恩小惠取悦他人，遇到士兵生病，会亲自为其诊脉分药；虽擅长设计复杂的计谋，却缺乏洞察全局的谋略，所以最终败亡。
殷仲堪逃走时，文武官员中没有一人送行，只有罗企生跟随他。路过家门口时，弟弟罗遵生说：“如今要这样分别，怎能不握一下手呢！”罗企生调转马头，伸手去握，罗遵生力气大，趁机将他拉下马，说：“家里还有老母亲，你要去哪里？”罗企生流着泪说：“今天这事，我必定会死，你们好好奉养母亲，不违背做儿子的本分。一家之中，既有尽忠的，又有尽孝的，还有什么遗憾！”罗遵生抱得更紧，殷仲堪在路上等候，见罗企生无法脱身，只好策马离去。
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等到桓玄抵达江陵，荆州的官员没有一人不去拜见他，唯独罗企生不去，反而忙着料理殷仲堪的家事。有人劝他：“这样做，灾祸一定会降临！”罗企生说：“殷侯把荆州的重要事务托付给我，我却被弟弟牵制，不能跟随他一起铲除逆贼，还有什么脸面去求桓玄活命呢！”桓玄听说后很生气，但他一向厚待罗企