九月癸酉日这天，董卓把文武百官都召集起来，态度强硬地说：“现在的皇帝又笨又软弱，根本不配当天下之主，也没资格祭祀祖宗。我打算学学伊尹、霍光，把陈留王立为新皇帝，你们觉得怎么样？”大臣们吓得是大气都不敢出，谁也不敢吭声。董卓见没人回应，又威胁道：“当年霍光决定废立皇帝的时候，田延年可是拿着剑镇场子。今天谁要是敢反对，就按军法处置！”这时候，只有尚书卢植站出来说：“以前废太甲、昌邑王，是因为他们确实昏庸无道、犯了大错。可现在的皇上年纪轻轻，也没什么过失，不能和以前的情况相提并论。”董卓听了这话，气得当场就宣布了散会，还想杀了卢植。多亏蔡邕求情，议郎彭伯也劝说道：“卢植是天下有名的大学问家，深受百姓的敬重，您要是杀了他，恐怕全天下人都会害怕。”董卓这才作罢，只是免了卢植的官。卢植也知道在洛阳待不下去了，就赶紧跑到上谷躲了起来。董卓又去问太傅袁隗的意见，袁隗害怕董卓，只能点头同意。
甲戌日这天，董卓又把大臣们叫到崇德前殿，逼着何太后下诏书废了少帝，还说：“皇帝在守丧期间，一点孝心都没有，言行举止也不像个君主，现在把他废为弘农王，立陈留王刘协当皇帝。”袁隗赶紧上前，把少帝的玉玺解了下来，献给了陈留王，又把弘农王拉到殿下，让他向北磕头称臣。何太后在一旁哭得不行，大臣们也都是敢怒不敢言。对此，董卓还不罢休，又找借口说：“何太后以前欺负董太后，最后把她逼死了，这是违背了婆媳礼数。”于是就把何太后赶到了永安宫。接着宣布大赦天下，把年号从昭宁改成永汉。到了丙子日，董卓直接用毒酒把何太后给毒死了。下葬的时候，董卓还故意不让大臣们穿丧服，大家只能穿着普通的素衣送葬。不仅如此，董卓还派人挖开何苗的坟墓，把尸体拖出来大卸八块，并扔在路边示众；又杀了何苗的母亲舞阳君，把尸体扔到宫苑的荆棘丛里。
汉献帝永汉元年，朝廷下了一道命令，让公卿大臣们的子弟去当郎官，补上之前宦官空出来的职位，让他们在宫里当差。
乙酉日这天，朝廷任命刘虞为大司马，封他为襄贲侯；董卓自己则是当上了太尉，还兼任前将军事，朝廷又赐给他符节、斧钺，让他统领虎贲卫士，改封他为郿侯。
丙戌日，太中大夫杨彪被任命为司空。
甲午日，豫州牧黄琬被任命为司徒。
最后，董卓带着一群大臣给朝廷上书，说要给以前因为党锢之祸被冤枉的陈蕃、窦武等人平反，恢复他们的爵位，还说要派使者去祭拜他们，重用他们的子孙后代。
冬季，十月乙巳日，朝廷就下诏安葬了灵思皇后（何太后）。
此时，白波贼来侵扰河东，董卓就派部将牛辅率军进击。
起初，南单于于扶罗即位后，当年杀死他父亲（羌渠单于）的叛众又反叛了，他们共同拥立须卜骨都侯为单于。于扶罗就到洛阳向朝廷申诉，恰逢灵帝驾崩，天下大乱，于扶罗便率领数千骑兵与白波贼联合，攻掠郡县。当时百姓都聚集在坞堡中自保，他们抢掠不到物资，军队反而受损。于扶罗想返回南匈奴，国人却不接纳，于是就驻扎在河东郡的平阳。须卜骨都侯做了一年单于后就死了，南匈奴王庭的单于之位从此空缺，由老王主持国事。
十一月，朝廷任命董卓为相国，并允许他朝拜时不称姓名，入朝时不用小步快走，可佩剑穿鞋上殿。
十二月戊戌日，朝廷又任命司徒黄琬为太尉，司空杨彪为司徒，光禄勋荀爽为司空。
起初，尚书武威人周毖、城门校尉汝南人伍琼劝说董卓矫正桓帝、灵帝时期的弊政，提拔天下名士以收揽人心，董卓采纳了他们的建议，就命周毖、伍琼与尚书郑泰、长史何颙等人淘汰腐败的官员，提拔那些被埋没的人才。于是征召隐士荀爽、陈纪、韩融、申屠蟠。又派人到家中任命荀爽为平原相，荀爽走到宛陵时，被升任为光禄勋，到任三天后，又晋升为司空。从他被征召到位列三公，一共九十三天。又任命陈纪为五官中郎将，韩融为大鸿胪。陈纪是陈寔的儿子，韩融是韩韶的儿子。荀爽等人都畏惧董卓的残暴，所以就没有一个不应召的。只有申屠蟠接到征召文书后，别人劝他赴任，他笑而不答，董卓始终无法使他屈服，申屠蟠七十多岁时寿终正寝。董卓又任命尚书韩馥为冀州牧，侍中刘岱为兖州刺史，陈留孔伷为豫州刺史，东平张邈为陈留太守，颍川张咨为南阳太守。而董卓的亲信，都不担任显要职务，只是担任将校而已。
随后，朝廷又下诏废除“光熹”“昭宁”“永汉”三个年号，恢复原来的年号。
董卓这人性格又凶又狠，自从掌握了大权，手握国家军队，还霸占着各种珍宝，就威风得不得了，野心也是越来越大。他跟宾客吹牛说：“瞧瞧我这面相，天生就是最尊贵的命！”有一回，侍御史扰龙宗找他汇报事情，因为没解下佩剑，董卓当场就把人打死了。那时候，洛阳的权贵和皇亲国戚，宅子挨着宅子，家家都藏着数不清的财宝。董卓就纵容手下的士兵，让他们冲进这些人家里，抢东西、糟蹋妇女，不管对方地位高低，照抢不误，一时间闹得整个洛阳是