在任命邓禹为太傅，刘苍为骠骑将军。”刘苍再三推辞，明帝却不答应。明帝还下诏书，让骠骑将军可以设置长史、掾史等四十个属官，地位比三公还高。刘苍曾向朝廷推荐西曹掾、齐国人吴良，明帝说：“推荐贤才来帮助国家，这是宰相该做的事。当年萧何推荐韩信，高祖直接设坛拜将，都没再考试。朕现在就任命吴良为议郎。”
早些时候，烧当羌的首领滇良打败了先零羌，并占领了他们的地盘。滇良死后，他的儿子滇吾继位，部落是越来越强大。这年秋天，滇吾和弟弟滇岸就带着人马侵犯陇西地区，把陇西太守刘盱打得大败而逃，守寨的羌族部落也跟着纷纷反叛。面对异族的反叛，明帝就下诏书，派谒者张鸿率领各郡的军队前去讨伐，双方在允吾大战了一场，结果张鸿的军队全军覆没。到了十一月，明帝又派中郎将窦固监督军队，捕虏将军马武做副将，带着四万人马去征讨羌族。
就在这一年，南单于莫去世了，他的弟弟汗继位，称为伊伐于虑鞮单于。
公元58年春天正月，明帝就带着公卿及以下的官员，到原陵去祭拜刘秀，整个仪式就跟大年初一举行朝会一样隆重。明帝坐着车拜祭刘秀的神位，祭拜完后就坐在东边厢房；侍卫们则是站在神位后面，太官就端上了祭品，而太常就负责奏乐；各郡国负责统计汇报的上计吏，一个接一个地走到神位前，汇报当地粮食价格和百姓生活的困难情况。从这以后，每年都按这个流程来祭拜。
这年五月，高密元侯邓禹去世了。
此时的东海恭王刘强得了重病，明帝派使者带着太医，骑着驿站的快马赶去给他看病，一路上送医送药的驿马接连不断。明帝还下诏书，让沛王刘辅、济南王刘康、淮阳王刘延去鲁地看望刘强。戊寅日这天，刘强因病去世，临死前他给明帝写了封信表达感谢，信里说：“陛下，我快不行了，臣的妻儿老小以后还要麻烦皇太后和陛下操心，臣心里既难过又愧疚！我儿子刘政资质平平，如果让他继承爵位的话，恐怕对国家没啥好处，我希望把东海郡还给朝廷。现在国家刚刚经历先帝去世的大事，恳请陛下多多照顾皇太后，让她按时吃饭。我现在身体太差，想说的话又太多，实在写不完，也跟各位王爷道个别，可惜以后再也见不到了！”明帝看了信特别伤心，还陪着皇太后到津门亭为刘强举办丧礼，又派大司空拿着符节主持他的后事，最后用特别隆重的礼仪安葬了他。同时下诏书，让楚王刘英、赵王刘栩、北海王刘兴，还有京城的皇亲国戚都来参加刘强的葬礼。明帝想到刘强一辈子为人谦逊、生活节俭，不想违背他的意愿大操大办，就专门下诏说：“陪葬的东西一定要简单，衣服能盖住身体就行，要用茅草车和瓦器当陪葬品，降低规格，这样才能体现刘强与众不同的志向。”还让将作大匠负责修建刘强的陵庙。
到了七月，马武等人就带兵打败了烧当羌，剩下的羌人要么投降，要么逃散了。
此时的山阳王刘荆就偷偷找来懂得占星术的人，和他们一起谋划，盼着天下大乱好趁机起事。明帝知道后，就把刘荆改封为广陵王，打发他到自己的封地去了。辽东太守祭肜派偏何去攻打赤山地区的乌桓部落，结果把乌桓打得大败，还杀了他们的首领。这下塞外各个部落都被震慑住了，从西边的武威到东边的玄菟，纷纷归顺汉朝。看到边境太平了，明帝就下令撤回了驻守在边境的军队。
就在明帝下令撤回边防军的时候，东平王刘苍觉得汉朝复兴已经三十多年了，现在天下已经安定，是时候修订礼乐制度了。于是他和公卿大臣们一起商量，制定了在南北郊祭祀时的冠冕样式、车服规格，还有在光武庙祭祀时演奏的登歌、表演的八佾舞等礼仪，最后把这些方案上奏给了明帝。
这一年，好畦愍侯耿弇也去世了，此时的东汉开国功臣正在逐渐的凋零，真是江山代有才人出，各领风骚数百年。时间过得太快，容不得我们随意去挥霍。
公元59年春天正月，明帝在明堂祭祀光武帝刘秀，明帝还有公卿、列侯们第一次戴着冠冕、挂着玉佩参加祭祀仪式。祭祀结束后，明帝就登上灵台观测天象，还下令大赦天下。
到了三月，明帝亲自去辟雍，第一次举办大射礼。
这年十月，明帝又来到辟雍，首次举行养老礼，还任命李躬为三老，桓荣为五更。三老穿着都纻大袍，戴着进贤冠，手里拿着玉杖；五更的穿着和三老一样，只是不拿玉杖。明帝就坐着车到了辟雍礼殿，随后坐在东边的厢房里，又派使者用安车把三老、五更从太学讲堂接过来，还亲自在门屏那里迎接，互相行礼；三老从宾客走的台阶上殿，明帝就在台阶前作揖行礼。等三老上了殿，面朝东坐下，三公就为他们摆放几案，九卿帮他们整理鞋子，明帝为他们亲自割肉，还拿着酱请三老吃，又端着酒给三老敬酒，旁边还有专门负责祈祷老人不哽不噎的人。五更面朝南坐着，三公给他进献食物，行礼的流程和对三老一样。仪式结束后，明帝就带着桓荣和他的学生们到讲堂去，亲自给大家讲解经典，学生们就拿着经书提问，而那些穿着正式服饰