冒出甘甜的泉水，水边还长出红色的草，各地也频繁上报说出现了甘露。大臣们就劝刘秀说：“现在有这么多吉祥的东西出现，得让史官记录下来，好传给后人。”可刘秀就是不同意，总说自己没什么德行，每次地方上报祥瑞的事情，他都不让宣扬，所以史官也没机会记录。
本年秋天，又有好几个地方闹起了蝗灾，整的老百姓苦不堪言。到了十月，司隶校尉、东莱人李欣被任命为司徒。甲申日这天，刘秀就让司空去高祖庙祭告，给薄太后加上高皇后的尊号，以后配祭地神；又把吕后的牌位挪到园子里，让她四季享受祭祀。十一月月末，又发生了日食。
就在这一年，刘秀下令修建明堂、灵台和辟雍，还把那些预言性质的图谶向天下公布。想当初，刘秀就是因为《赤伏符》的预言才当上皇帝的，所以他就特别迷信谶文，要是遇到拿不准的事儿就用谶文来做决定。给事中桓谭上书劝谏说：“大家总喜欢忽视眼前的实事，却选择相信那些奇闻异事。看看古代帝王留下的历史，都是以仁义正道为主，哪有这些怪力乱神的东西。连孔子他们都很少谈到天道和性命这些玄之又玄的事儿，后世那些没什么真才实学的儒生，怎么可能真的明白其中的意思呢？现在那些投机取巧的人，随意篡改图书里的内容，还假称是谶记，就是为了骗那些贪婪的人，还误导圣明的陛下，您可不能相信这些啊！我听说陛下之前识破了方士造假的炼金术，这多明智啊，可现在却迷信谶记，这不对啊！就算谶记偶尔能说准，这就跟抽签占卜一样，不过是巧合罢了。陛下应该明辨是非，别听这些小人胡说八道，应该多遵循《五经》里的正道。”刘秀看了奏疏就很不高兴。后来讨论灵台建在哪的时候，刘秀就问桓谭：“我想用谶记来决定这个事，你觉得咋样？”桓谭愣是半天没说话，最后才说：“我从来不读谶记。”刘秀问为啥，桓谭就又开始说谶记不符合经典之类的话。刘秀当场就火了，大声喊道：“桓谭竟敢非议圣人，目无法纪，实在该杀！”桓谭吓得拼命磕头，一直磕得头破血流，过了好一会儿，刘秀才下令饶了他一命。后来桓谭被贬为六安郡丞，结果在去上任的路上就病死了。
针对这事，范晔就说：桓谭因为不迷信谶记丢了命，郑兴因为说话小心谨慎才逃过一劫；贾逵擅长附和谶文，最后做了大官。皇帝就用这种标准来评判一个人的学问高低，真是太可悲了！
就在桓谭被贬的同时，匈奴南单于比去世了，他的弟弟左贤王莫继位，成了丘浮尤鞮单于。刘秀就派使者带着印玺、文书去册封，还赏赐了他衣服和彩绸，从这以后汉朝对匈奴新单于继位的赏赐就成了惯例。
公元57年春天正月，朝廷第一次在都城北郊修建祭坛，用来祭祀后土（土地神）。
到了二月，刘秀就在南宫前殿去世了，享年六十二岁。刘秀生前每天一大早就上朝了，一直忙到太阳偏西才结束。下朝后还经常召见公卿大臣、郎将，和他们讨论儒家经典，常常聊到深夜才休息。皇太子看父亲这么拼命，就劝他说：“陛下像大禹、商汤一样英明，却没像黄帝、老子那样注重养生，希望您能多休息，保重身体。”刘秀却说：“我做这些事感到很快乐，并不觉得累！”刘秀靠打仗打下了江山，待天下安定后，他就让功臣们退居二线，开始重用文官。他把国家治理得井井有条，牢牢掌握大权，做事懂得审时度势，所以能恢复汉朝往日的辉煌，让国家呈现出一幅和谐的画卷。
刘秀去世后，太尉赵熹负责操办丧事。因为之前王莽篡权天下大乱时，很多旧的礼仪规矩都没了。当时皇太子和各地王爷混在一起，各封国的官员也随意进出皇宫，和朝廷百官没什么区别。赵熹就严肃地站在殿阶上，手按宝剑，把王爷们都请下殿，明确了礼仪当中的尊卑秩序；他还上奏请求派谒者把封国官员安排到其他县里去，又让王爷们都回到自己的王府，只有朝见皇帝的时候才能进宫。赵熹重新整顿礼仪，加强宫门守卫，把皇宫内外管理得规规矩矩的。
之后，太子就登基做了皇帝，尊称皇后为皇太后。
山阳王刘荆在刘秀的丧礼上没有一点悲伤的样子，他还写了封匿名信，让仆人冒充大鸿胪郭况，把信送给东海王刘强。信里说刘强本来没罪却被废了太子之位，还提到郭皇后被废受辱的事，劝刘强回东方起兵夺取皇位，还说：“汉高祖刘邦从一个小小的亭长起家，当今陛下从白水起兵，大王您可是陛下的长子，以前还做过太子！做事要果断，可别像笼子里的羔羊那样任人宰割。皇帝驾崩，连普通百姓都可能趁机闹事，大王您难道不想有所作为吗！”刘强收到信后被吓得不轻，就马上抓住送信的人，还把信交给了新皇帝。新皇帝明帝因为刘荆是自己的弟弟，就没把这事公开，只是把刘荆打发到了河南宫去居住。
到了三月，刘秀就被安葬在了原陵。
夏天四月，明帝下诏书说：“现在先帝刚去世，地方上又没有得力的官吏，这就像要渡深潭却没有船一样。治理国家责任重大，我现在年纪还小，考虑事情可能不周全，实在是需要贤能的人来辅佐我。高密侯邓禹，是开国功臣里功劳最大的；东平王刘苍，为人宽厚，学问渊博，又有谋略。现