草》的基础上，首创“三验法”：
1 观形：观察药材的形态、颜色、纹理，对比正品与伪品的差异；
2 嗅气：闻药材的气味，正品有清香，伪品多有异味；
3 尝味：用舌尖轻舔药材，正品味道纯正，伪品多有麻、苦、涩等异味。
为了更精确地观察药材内部结构，他还发明了“水晶显微片”——将天然水晶磨成薄片，置于阳光下观察药材粉末的细胞形态。
“师父，您快看！” 一日，陈实兴奋地跑进来，“用显微片看‘茯苓’，正品粉末中有菌丝状结构，伪品则是淀粉颗粒！”
李文轩接过显微片，放在阳光下。果然，正品茯苓的菌丝清晰可见，伪品则是一片模糊的淀粉反光。
“好！” 李文轩拍案叫绝，“有了这‘显微观察’，真假药材一目了然！”
在此基础上，他耗时两年，着成《新修本草图经》三十卷。书中不仅纠正了《证类本草》的错误，还新增了300余种民间草药，每种药材都配有精细图谱（用工笔白描），并注明采集时间、炮制方法和配伍禁忌。
建文四年三月十五，太医院正厅前，人头攒动。
李文轩站在高台上，身后是堆积如山的《证类本草》和其他旧药典。台下站着文武百官、各地药商和普通百姓。
“诸位乡亲，各位同仁，” 李文轩手持火把，声音洪亮，“今日，我将当众焚毁这些流传千年的‘错误药典’！因为它们误导医者，残害百姓！”
人群中一阵骚动。一位白发苍苍的药商颤巍巍出列：“李大人，这些药典是先辈心血，您怎能说烧就烧？”
“先辈心血？” 李文轩冷笑，“若先辈知道他们的心血害死了无数百姓，还会觉得珍贵吗？” 他举起一本《证类本草》，指着其中“防己”的插图，“这株‘防己’，实为有毒的‘木防己’，按此书用药，轻则腹泻，重则丧命！这样的‘心血’，不该烧吗？”
药商哑口无言。另一位药商高喊：“李大人，您烧了药典，我们以后用什么参考？”
“用这本！” 李文轩示意弟子抬上一箱新书，“《新修本草图经》，纠正千年谬误，图文并茂，真伪可辨！凡购买此书者，太医院免费传授‘三验法’！”
话音刚落，人群中爆发出一阵欢呼。百姓们纷纷涌向新书摊位，而那些旧药商则面面相觑，脸色阴沉。
“点火！” 李文轩一声令下。
火把划破长空，落在旧药典堆上。火焰熊熊燃烧，黑色的灰烬随风飘散。人群中，一位老药农跪在地上，老泪纵横：“李大人，您这是为我们老百姓做了件大好事啊！”
焚毁药典的第二天，京城各大药铺联名上书，抗议李文轩“毁坏典籍，扰乱市场”。
带头的是京城最大的药商——“济世堂”东家赵德昌。他在奏折中写道：
“李文轩所着《新修本草图经》，否定历代药典，贬低旧有药材，致使市面上‘木防己’‘关木通’等药材无人问津，药铺损失惨重！且其‘三验法’简单易学，让学徒也能辨别药材真伪，断了老药商的财路！恳请陛下严惩李文轩，销毁《新修本草图经》！”
朱允炆将奏折递给凌云：“凌师傅，此事你怎么看？”
凌云看完奏折，冷笑一声：“赵德昌这是在维护他的‘垄断利益’！旧药典谬误百出，他却靠混淆药材发了财。如今李文轩断了他们的财路，自然要反扑。”
他转向朱允炆：“陛下，臣以为，此事当以‘民生’为重。《新修本草图经》能救命，旧药典能害命，孰轻孰重，一目了然。”
朱允炆点点头：“准奏！命户部发文，各州县药铺必须配备《新修本草图经》，否则吊销执照！赵德昌等人若再敢阻挠，以‘囤积居奇’论处！”
傍晚，李文轩独自坐在太医院药圃中，翻阅着《新修本草图经》的校样。夕阳的余晖洒在书页上，那些精细的药材图谱仿佛活了过来。
“师父，” 陈实走来，递上一封信，“江南巡抚来信，说按《图经》采药后，当地黑死病患者的死亡率下降了五成！”
李文轩接过信，眼中闪过一丝欣慰：“这就好这就好”
他抬头望向远方，药圃里的药材在晚风中轻轻摇曳。他知道，这场“本草革命”才刚刚开始。旧药商的反对、保守派的质疑，都不过是黎明前的黑暗。
“师父，” 王婵也走了过来，手中拿着一朵野菊花，“我们在西山发现了一种新草药，能清热解毒，要不要加入《图经》？”
李文轩接过野菊花，放在鼻尖轻嗅：“当然要！本草之学，在于‘求真’，在于‘为民’。只要我们坚持下去，总有一天，大明会有最完备的药典，最纯净的药材！”
远处，太医院的钟声再次响起。这一次，钟声不再是宣告旧时代的结束，而是迎接新时代的曙光——一个“本草求真”的时代，一个“医道为民”的时代。
建文四年六月，应天府女医馆。
这是大明历史上第一座官办妇孺诊所，坐落在城南秦淮河