神功元年，公元697年，正月己亥朔日，太后在通天宫举行祭祀大典。
突厥首领默啜进犯灵州，还挟持着许钦明一同前往。许钦明到了灵州城下大声呼喊，索要美味的酱、高粱米和墨，意思是让城中守将挑选良将，率领精兵趁夜突袭敌营，可城中没人领会他的意图。
箕州刺史刘思礼向术士张憬藏学习相面之术，张憬藏说刘思礼会担任箕州刺史，最终能官至太师。刘思礼心想太师是臣子中的最高官位，若非辅佐君主成就大业的功臣，根本无法得到，于是便和洛州录事参军綦连耀图谋造反，暗中勾结朝中官员，借着相面的名义许诺他人富贵前程，等对方心生欢喜后，就劝说：“綦连耀有上天授予的帝王之命，你一定要依靠他才能获得富贵。”凤阁舍人王勮兼任天官侍郎，举荐刘思礼担任了箕州刺史。
明堂尉、河南人吉顼得知了他们的谋反阴谋，便禀报给合宫尉来俊臣，让来俊臣向朝廷告发此事。太后派河内王武懿宗审理这个案子。武懿宗让刘思礼牵连更多朝中官员，还许诺赦免他的死罪，只要是稍有不合他心意的人，都让刘思礼指认成同党。于是刘思礼诬告凤阁侍郎、同平章事李元素，夏官侍郎、同平章事孙元亨，代理天官侍郎石抱忠、刘奇，给事中周譒，以及王勃的兄长泾州刺史王勔、弟弟监察御史王助等，一共三十六家，这些人都是天下有名的贤士。武懿宗对他们用尽酷刑，最终罗织成案。壬戌日，这些人全部被灭族，因亲属关系而被牵连流放的有一千多人。
起初，武懿宗表面上对刘思礼宽大处理，让他诬告牵连其他人。等这些人都被处斩后，才将刘思礼逮捕入狱，刘思礼这时后悔莫及。自天授年间以来，太后多次派武懿宗审理案件，他喜好诬陷他人，当时的人认为他的残酷程度仅次于周兴和来俊臣。
来俊臣想独占告发谋反的功劳，又反过来罗织罪名诬告吉顼；吉顼赶紧向朝廷告发谋反之事，得到太后召见，才侥幸免于一死。来俊臣也因此事被重新起用，而吉顼也凭借这次告发得到提拔。来俊臣的党羽罗织罪名告发司刑府史樊惎谋反，樊惎被处死。樊惎的儿子在朝堂上为父鸣冤，却没人敢受理，他便拔刀剖开自己的肚子。秋官侍郎、上邽人刘如璿看到这一幕，私下叹息流泪。来俊臣上奏说刘如璿是恶逆之人的同党，便将他关进监狱，判处绞刑；太后后来下诏改判他流放绞州。
尚乘奉御张易之，是张行成的族孙，年纪轻轻，容貌俊美，擅长音律。太平公主举荐张易之的弟弟张昌宗入宫侍奉太后，张昌宗又举荐了张易之，兄弟二人都深得太后宠幸，常常敷粉施朱，穿着华丽的锦缎衣裳。张昌宗接连升迁至散骑常侍，张易之担任司卫少卿；太后还册封他们的母亲韦氏、臧氏为太夫人，赏赐的财物数不胜数，甚至下令凤阁侍郎李迥秀做臧氏的情夫。李迥秀，是李大亮的族孙。武承嗣、武三思、武懿宗、宗楚客、宗晋卿等人，都争相等候在张易之的家门，抢着为他牵马执鞭，称呼张易之为五郎，称呼张昌宗为六郎。
癸亥日，突厥默啜进犯胜州，平狄军副使安道买率军击败了突厥军队。甲子日，朝廷任命原州司马娄师德为凤阁侍郎、同平章事。
春季，三月戊申日，清边道总管王孝杰、苏宏晖等人率领十七万大军，与契丹首领孙万荣在东硖石谷交战，唐军大败，王孝杰战死。
王孝杰遭遇契丹军队后，率领精兵担任前锋，奋力拼杀。契丹军佯装撤退，王孝杰率军追击，行军到背靠悬崖的地方时，契丹军突然回兵逼近，苏宏晖率先逃跑，王孝杰失足坠崖身亡，手下将士几乎全军覆没。管记、洛阳人张说骑马飞奔回朝奏报战况。太后追赠王孝杰官职爵位，派使者去斩杀苏宏晖示众；使者还没赶到，苏宏晖就因为立下战功而被赦免。
武攸宜率军驻扎在渔阳，得知王孝杰等人全军覆没的消息后，军中上下震惊恐慌，不敢继续进军。契丹军乘胜进犯幽州，攻克城池，劫掠官吏百姓，武攸宜派兵出击，没能取胜。
阎知微与田归道一同出使突厥，奉命册封默啜为可汗。阎知微在途中遇到默啜的使者，就擅自把红色的官袍、银色的腰带赏赐给对方，还上奏太后说：“突厥使者抵达都城后，应当大摆宴席，隆重接待。”田归道却上奏说：“突厥背叛朝廷已有多年，如今才悔过自新，应该等待太后降下恩典，再赦免他们的罪过。现在阎知微擅自赐给他们袍带，让朝廷没有更高级别的赏赐可以再授予；应当下令让突厥使者恢复原来的服饰，等候朝廷的恩赏。此外，突厥小国的使臣，不值得如此隆重地铺张接待。”太后认同田归道的说法。阎知微见到默啜后，行跪拜叩首的大礼，甚至还亲吻默啜的靴尖；田归道只是拱手行礼，并不下拜。默啜将田归道囚禁起来，打算处死他，田归道神情言辞毫不屈服，斥责默啜贪得无厌，还为他陈述其中的祸福得失。突厥的阿波达干元珍说：“大国的使者，不能杀害。”默啜的怒气才稍稍平息，只是将田归道拘留，没有放他返回。
当初，咸亨年间，突厥有前来投降的人，朝廷都把他们安置在丰、胜、灵、夏、朔、代六个州。到这时，默啜请求朝廷归还这六个州的投降部众，以及单于都护府管