戊申朔日，遂州刺史许悼王李孝去世。乙卯日，在昆明的弄栋川设置姚州都督府。
秋季七月丁未朔日，下诏定于三年正月在泰山举行封禅大典。
八月丙子日，皇帝返回京师，亲临旧宅，停留七日；壬午日，返回蓬莱宫。丁亥日任命司列太常伯刘祥道兼右相，大司宪窦德玄为司元太常伯、检校左相。冬季十月庚辰日，检校熊津都督刘仁轨上奏：“我看到留下的戍兵，疲惫衰弱者居多，勇敢健壮者较少，衣服破旧，只想西归，无心效力。我问他们‘从前在海西时，见百姓人人自愿应募，争相从军，有的甚至自己准备衣粮，称为“义征”，为何今日士卒如此？’他们都说：‘如今官府与从前不同，人心也不一样了。从前东西征战，为国捐躯者，都承蒙敕使吊祭，追赠官爵，有的将死者官爵转授其弟，凡渡辽海作战者，都赐勋级一阶。自显庆五年以来，出征士兵多次渡海，官府不记录功劳，死者也无人过问。州县每次征调百姓当兵，强壮富有的人，花钱行贿就能逃避，都逃亡藏匿；贫穷者即便年老体弱，也被迫入伍。不久前攻破百济及平壤的苦战中，当时将帅下令，许诺给予勋赏，无所不至；但等到返回西岸，只听说被枷锁囚禁，剥夺赏赐、取消勋级，州县还催逼赋税，无法生存，公私困境，难以尽言。因此上次从海西出发时，就有逃亡自残的人，并非到海外才这样。此外，原本凭借征战获得勋级为荣宠；但近年出征，都让勋官拉车服役，劳苦与平民无异，百姓不愿从军，主要就是这个原因。’我又问：‘从前士卒留镇五年，尚且能够维持，如今你们才经历一年，为何如此匮乏？’他们都说：‘出发时，官府只让准备一年的物资装备；如今已过两年，仍无返回日期。’我检查士兵留存的衣物，今年冬天仅能勉强应付，明年秋天以后，完全没有准备。陛下留兵海外，想消灭高丽。百济、高丽向来相互勾结，倭国虽远，也相互呼应，若没有镇守士兵，百济还会复国。如今既需派兵戍守，又要设置屯田，所依靠的是士卒同心同德，但众人有这样的议论，怎能指望成功！除非进行改革，厚加慰劳，明赏重罚以鼓舞士气，若仍按目前的方式处置，恐怕军队疲惫老化，难以建功。逆耳之言，或许无人为陛下尽言，所以我披肝沥胆，冒死奏陈。”
皇帝深表赞同，派右威卫将军刘仁愿领兵渡海替换旧镇士兵，并敕令刘仁轨一同返回。刘仁轨对刘仁愿说：“国家派兵远驻海外，想经营高丽，此事不易。如今粮食收割尚未完毕，若军吏与士卒一次性全部替换，将领也返回，夷人刚刚归服，人心未安，必将发生变故。不如暂且留下旧兵，逐步收割粮食，准备物资粮草，分批遣返；将领暂且留下镇守安抚，不可返回。”刘仁愿说：“我此前返回海西，遭到很多谗言诽谤，说我多留士兵，图谋占据海东，几乎难逃灾祸。如今只知道遵照敕令行事，怎敢擅自做主！”刘仁轨说：“臣子若有利于国家，应知无不为，怎能顾虑个人安危！”于是上表陈述利弊，请求亲自留镇海东。皇帝批准，仍任命扶馀隆为熊津都尉，让他招抚残余部众。
起初，武后能屈身忍辱，顺从皇帝旨意，所以皇帝排除众议立她为后；等到得志后，专擅作威作福，皇帝想做的事，动辄被她牵制，皇帝十分愤怒。有道士郭行真，出入宫中，曾施行厌胜之术，宦官王伏胜告发了此事。皇帝大怒，秘密召见西台侍郎、同东西台三品上官仪商议。上官仪于是说：“皇后专横放纵，天下人都不认同，请废黜她。”皇帝也认为如此，当即命上官仪起草诏书。
左右侍从飞奔告知武后，武后急忙赶来向皇帝诉说。诏书草稿还在皇帝那里，皇帝羞愧退缩，不忍心废后，又像以前一样对待她；还怕武后怨恨，于是欺骗她说：“我起初没有这个想法，都是上官仪教我的。”上官仪先前担任陈王咨议，与王伏胜都曾侍奉过前太子李忠，武后于是让许敬宗诬告上官仪、王伏胜与李忠图谋大逆。十二月丙戌日，上官仪下狱，与儿子上官庭芝、王伏胜一同被处死，家产被抄没。戊子日，赐李忠在流放地自尽。右相刘祥道因与上官仪交好，被罢去政事，改任司礼太常伯，左肃机郑钦泰等众多朝士被流放贬谪，都是因与上官仪有交往。
从此皇帝每次处理朝政，武后都在帘后垂帘听政，政事无论大小她都要参与。天下大权全部归于武后，官员升降、生杀大权都由她决定，皇帝只是拱手无为，朝廷内外称他们为“二圣”。
太子右中护、检校西台侍郎乐彦玮、西台侍郎孙处约一同担任同东西台三品。