德手持李建成、李元吉的首级展示给他们看，东宫和齐府的士兵于是溃散，薛万彻与数十名骑兵逃入终南山。冯立杀死敬君弘后，对部下说：“这也足以稍稍报答太子了！”于是解散军队，逃到荒野中。
皇上正在海池泛舟，李世民派尉迟敬德入宫宿卫，尉迟敬德身披铠甲、手持长矛，径直来到皇上所在之处。皇上大惊，问道：“今天作乱的是谁？你前来这里做什么？”尉迟敬德回答：“秦王因太子、齐王作乱，起兵诛杀了他们，担心惊动陛下，特派我前来宿卫。”皇上对裴寂等人说：“没想到今天会发生这样的事，该怎么办呢？”萧瑀、陈叔达说：“李建成、李元吉本来就没有参与起兵反隋的谋划，又对天下无功，嫉妒秦王功高望重，共同策划奸邪之事。如今秦王已经讨伐并诛杀了他们，秦王功劳盖过宇宙，天下人都归心于他，陛下如果立他为太子，将国家政务委托给他，就不会再发生事端了。”皇上说：“好！这也是我一直以来的心愿。”当时宿卫军队、秦府士兵与东宫、齐府的残余势力仍在交战，尉迟敬德请求皇上亲手写下敕令，命令各路军队都听从秦王指挥，皇上应允。天策府司马宇文士及从东上阁门出宫宣读敕令，局势才得以平定。皇上又派黄门侍郎裴矩前往东宫晓谕各位将士，将士们都散去了。皇上于是召见李世民，抚摸着他的背说：“近来，我几乎因为听信谗言而产生了怀疑。”李世民跪下痛哭了很久。
李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度，都因受牵连被处死，并且被削除宗室户籍。
起初，李建成许诺李元吉在自己即位后，立他为皇太弟，因此李元吉为他效死力。各位将领想要将李建成、李元吉的一百多名亲信全部诛杀，抄没他们的家产，尉迟敬德坚决反对说：“罪责只在李建成、李元吉二人，他们已经伏法；如果牵连到他们的党羽，这并非求得安定的办法。”于是停止了追杀。当天，皇上下诏大赦天下。叛逆的罪责，仅限于李建成、李元吉，其余党羽一概不予追究。僧尼、道士、女冠都保持原样。国家的各项事务，全部由秦王处理。
辛酉日，冯立、谢叔方都主动现身投降；薛万彻逃亡藏匿起来，李世民多次派人晓谕，他才出来投降。李世民说：“这些人都是忠于所侍奉之人的义士。”于是赦免了他们。
癸亥日，朝廷下诏立李世民为皇太子。又下诏：“从今以后，军队和国家的各项事务，无论大小，都委托太子决断，然后再上奏告知我。”
对此，司马光说：立嫡长子为继承人，是礼仪的正道。然而高祖之所以能拥有天下，都是太宗的功劳；隐太子李建成因平庸低劣而位居太宗之上，地位尴尬、势力相逼，必然互不相容。如果高祖有周文王那样的英明，隐太子有泰伯那样的贤德，太宗有子臧那样的节操，那么祸乱从哪里产生呢！既然不能这样，太宗起初想要等待李建成先动手，然后再回应，这样的话，事情出于不得已，还算是较好的选择。最终却被部下逼迫，以至于在宫门喋血，刀刃对准兄弟，留下千古讥讽，实在可惜！开创基业、传给后代的君主，是子孙后代效仿的榜样，后来中宗、玄宗、肃宗、代宗时期的皇位传承，难道不是以太宗的做法为借口吗！
戊辰日，任命宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程知节为右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马。将齐王府的金银布帛、器物用具全部赏赐给尉迟敬德。
起初，太子洗马魏征经常劝说李建成尽早除掉秦王，李建成失败后，李世民召见魏征，对他说：“你为何要离间我们兄弟！”众人都为魏征感到担忧恐惧，魏征却举止自若，回答说：“如果先太子早点听从我的话，必定不会有今天的灾祸。”李世民一向器重他的才能，脸色缓和下来并对他以礼相待，任命他为詹事主簿。又从巂州召回王珪、韦挺，都任命为谏议大夫。
李世民下令释放宫苑中饲养的鹰犬，停止各地的进贡，允许百官各自陈述治理国家的方略，政令简洁严明，朝廷内外都十分高兴。
下诏任命屈突通为陕东大行台左仆射，镇守洛阳。
益州行台仆射窦轨与行台尚书韦云起、郭行方不和。韦云起的弟弟韦庆俭以及宗族大多侍奉太子李建成，李建成死后，窦轨诬陷韦云起与李建成一同谋反，将他逮捕斩首。郭行方恐惧，逃奔京城，窦轨追击，但没有追上。
这时，吐谷浑侵犯岷州。突厥侵犯陇州；辛未日，侵犯渭州。朝廷派遣右卫大将军柴绍率军迎击。
朝廷下诏废除益州大行台，设置大都督府。壬申日，皇上亲手写下诏书赐给裴寂等人：“我将加尊号为太上皇。”辛巳日，幽州大都督庐江王李瑗谋反，右领军将军王君廓杀死他，将首级传送到京城。
起初，皇上认为李瑗怯懦软弱，没有将帅之才，所以派王君廓辅佐他。王君廓原本是盗贼，勇猛强悍、阴险狡诈，李瑗对他推心置腹、倚为心腹，并许诺与他联姻。太子李建成图谋杀害秦