情，告诫李建成说：“秦王向来不能饮酒，从今以后不要再夜间设宴饮酒！”接着对李世民说：“最初提出反隋的重大谋略，平定天下，都是你的功劳。我想立你为太子，你却坚决推辞；况且李建成年长，作为太子已经很久了，我不忍心剥夺他的太子之位。观察你们兄弟之间似乎互不相容，住在同一京城，必然会发生纷争，我打算派你返回行台，驻守洛阳，陕州以东的地区都归你管辖。还允许你设置天子的旌旗仪仗，如同汉朝梁孝王的旧例。”李世民哭泣着，以不愿远离父皇膝下为由推辞。皇上说：“天下本是一家，东都和西都距离很近，我想念你时就可以前去探望，不必过分悲伤。”李世民即将出发时，李建成、李元吉商议说：“秦王如果到了洛阳，拥有土地和军队，就再也无法控制他了；不如将他留在长安，他不过是个普通百姓，要除掉他就容易了。”于是秘密指使几个人上奏密章，说：“秦王的亲信听说要前往洛阳，无不欢欣雀跃，观察他们的志向，恐怕不会再回来了。”又派遣亲近宠信的大臣以利害关系劝说皇上，皇上的想法因此改变，此事便搁置下来。
李建成、李元吉日夜在皇上面前诋毁李世民，皇上相信了他们的话，准备治李世民的罪。陈叔达劝谏说：“秦王对天下立下大功，不能废黜他。况且他性情刚烈，如果受到压制挫折，恐怕会承受不住忧愤，引发意外疾病，陛下到时后悔就来不及了！”皇上才作罢。李元吉秘密请求杀死李世民，皇上说：“他有平定天下的功劳，罪状还不明显，用什么作为借口呢！”李元吉说：“秦王当初平定东都后，观望不前，不愿返回长安，散发金银布帛来树立个人恩德，又违抗敕命，这不是谋反是什么！只需尽快杀了他，还担心没有借口吗！”皇上没有回应。
秦府的僚属都担忧恐惧，不知如何是好。行台考功郎中房玄龄对於比部郎中长孙无忌说：“如今嫌隙已经形成，一旦祸患突然发生，不仅秦府会化为乌有，实在也是国家的忧虑；不如劝说秦王效仿周公诛杀管叔、蔡叔的做法，来安定家国。存亡的关键，刻不容缓，就在今天！”长孙无忌说：“我早就有这个想法，只是不敢说出口；如今你所说的，正合我意，我会立即向秦王禀报。”于是入宫告知李世民。李世民召见房玄龄商议，房玄龄说：“大王功劳盖过天地，应当继承大业；如今面临的忧患危险，正是上天赐予的机会，希望大王不要犹豫！”于是与府属杜如晦一同劝说李世民诛杀李建成、李元吉。
李建成、李元吉因秦王府有很多骁勇的将领，想引诱他们为己所用，秘密将一车金银器物赠送给左二副护军尉迟敬德，并且写信招降他说：“希望得到长者的眷顾，恢复平民时期的交情。”尉迟敬德推辞说：“我尉迟敬德是出身贫寒之人，遭遇隋末战乱流离失所，长期沦落在叛逆之地，罪该万死。秦王赐予我再生之恩，如今又在秦王府任职，我只能以死相报；我对殿下没有功劳，不敢谬领如此厚重的赏赐。如果私下与殿下结交，就是怀有二心，贪图利益而忘记忠诚，殿下又怎么会重用这样的人呢！”李建成大怒，于是与他断绝来往。尉迟敬德将此事告知李世民，李世民说：“你的忠心如同山岳，即使对方堆积黄金到北斗星的高度，我也知道你不会动摇。他赠送的东西只管收下，有什么可顾忌的！而且还能借此了解他的阴谋，难道不是良策吗！否则，祸患将会降临到你身上。”不久，李元吉派壮士在夜间刺杀尉迟敬德，尉迟敬德得知后，敞开重重门户，安然入睡，刺客多次来到庭院，最终不敢进屋。李元吉于是在皇上面前诋毁尉迟敬德，皇上下令将他关进监狱审讯，准备处死他。李世民坚决请求赦免，尉迟敬德才得以幸免。李元吉又诋毁左一马军总管程知节，将他外放为康州刺史。程知节对李世民说：“大王的亲信和羽翼都快被剪除殆尽了，自身还能长久吗！我程知节誓死不离开京城，希望大王尽早决断。”李元吉又用金银布帛引诱右二护军段志玄，段志玄拒不接受。李建成对李元吉说：“秦王府有谋略的人士中，值得忌惮的只有房玄龄、杜如晦罢了。”于是两人都在皇上面前诋毁他们，将他们驱逐出秦王府。
李世民身边的亲信只剩下长孙无忌还留在府中，他与舅舅雍州治中高士廉、左候车骑将军三水人侯君集以及尉迟敬德等人，日夜劝说李世民诛杀李建成、李元吉。李世民犹豫不决，向灵州大都督李靖询问对策，李靖推辞不答；又向行军总管李世积询问，李世积也推辞不答；李世民因此更加敬重这两个人。
恰逢突厥郁射设率领数万骑兵屯驻在黄河南岸，侵入边塞，包围乌城，李建成推荐李元吉代替李世民统领各路军队北征；皇上采纳了他的建议，命令李元吉统领右武卫大将军李艺、天纪将军张瑾等人援救乌城。李元吉请求让尉迟敬德、程知节、段志玄以及秦府右三统军秦叔宝等人与他一同前往，挑选秦王帐下的精锐士兵来增强李元吉的军队实力。率更丞王晊秘密告知李世民说：“太子对齐王说：‘如今你得到秦王的骁勇将领和精锐士兵，拥有数万大军，我与秦王在昆明池为你饯行，让壮士在帐幕下将他拉扯杀死，上奏说他突然去世，皇上应该不会不相信。我会派人劝说皇上，让他将国家大事交