，庆州都督杨文干反叛。
当初，齐王李元吉劝说太子李建成除掉秦王李世民，说：“我会为兄长亲手杀死他！”李世民跟随高祖前往李元吉的府邸，李元吉在卧室里埋伏了护军宇文宝，想要刺杀李世民；李建成性情较为仁厚，急忙阻止了他。李元吉恼怒地说：“这都是为兄长着想，对我有什么好处！”
李建成擅自招募长安及各地骁勇之士两千多人作为东宫卫士，分别驻扎在左、右长林门，号称“长林兵”。又秘密派右虞侯率可达志跟随燕王李艺征调幽州突骑三百人，安置在东宫东边的各坊，准备补充东宫的警卫力量，此事被人告发。高祖召见李建成并责备他，将可达志流放到巂州。
杨文干曾经在东宫担任警卫，与李建成关系亲密，李建成私下让他招募壮士送到长安。高祖将要前往仁智宫，命令李建成留守长安，李世民、李元吉一同随行。李建成让李元吉趁机图谋李世民，说：“安危大计，就在今年决定！”又派郎将尔朱焕、校尉桥公山将铠甲送给杨文干。二人走到豳州时，上书告发太子指使杨文干起兵谋反，与东宫内外呼应；还有宁州人杜凤举也前往仁智宫禀报此事。高祖大怒，借口其他事情，亲手写下诏书召见李建成，让他赶赴行宫。李建成感到恐惧，不敢前往。太子舍人徐师谟劝他占据长安起兵；詹事主簿赵弘智则劝他降低车驾规格，精简随从，前往行宫请罪，李建成于是前往仁智宫。距离行宫还有六十里时，他将所有官属留在毛鸿宾堡，只带十多名骑兵去见高祖，跪地叩头请罪，甚至奋力磕头直至昏厥。高祖怒气未消，当晚将他安置在帐篷里，只给麦饭充饥，派殿中监陈福看守，同时派遣司农卿宇文颖急速召见杨文干。宇文颖到达庆州后，将实情告知杨文干，杨文干随即起兵反叛。高祖派遣左武卫将军钱九陇与灵州都督杨师道率军讨伐。
甲子日，高祖召见秦王李世民商议对策，李世民说：“杨文干不过是个狂妄小子，竟敢谋反，想必他的僚属已经将他擒杀；如果没有，也只需派遣一员将领讨伐即可。”高祖说：“并非如此。杨文干的事情牵连到李建成，恐怕响应他的人很多。你应当亲自出征，等你回来，我就立你为太子。我不能效仿隋文帝诛杀自己的儿子，会封李建成为蜀王。蜀地军队薄弱，将来他如果能侍奉你，你就保全他；如果不能，你要除掉他也容易！”
高祖因仁智宫位于山中，担心叛军突然来袭，连夜率领宿卫士兵向南迁出山外，行军数十里。东宫官属和将士随后赶到的，都命令每三十人编成一队，分兵包围看守。第二天，才返回仁智宫。
李世民出征后，李元吉与各位妃嫔轮番为李建成求情，封德彝又在宫外为李建成斡旋，高祖的心意逐渐改变，又派李建成返回长安留守。只责备他兄弟不和，将罪责归咎于太子中允王珪、左卫率韦挺、天策兵曹参军杜淹，将三人都流放到巂州。韦挺是韦冲的儿子。当初，洛阳平定后，杜淹长期没有得到调任，想要投靠李建成。房玄龄认为杜淹狡诈多谋，担心他教唆李建成，对李世民更加不利，于是告知李世民，将杜淹引入天策府任职。
这时，突厥侵犯代州的武周城，州兵击退敌军。
秋季，七月己巳日，苑君璋率领突厥军队侵犯朔州，总管秦武通击退敌军。
杨文干率军袭击并攻陷宁州，驱赶劫掠官吏百姓后占据百家堡。秦王李世民的军队抵达宁州，杨文干的党羽纷纷溃散。癸酉日，杨文干被他的部下杀死，首级被传送到京师。抓获宇文颖，将其处死。
丁丑日，梁师都的行台白伏愿前来投降。戊寅日，突厥侵犯原州；朝廷派遣宁州刺史鹿大师救援，又派杨师道赶赴大木根山，截断突厥的退路。庚辰日，突厥侵犯陇州；派遣护军尉迟敬德率军抗击。
吐谷浑侵犯岷州。辛巳日，吐谷浑、党项一同侵犯松州。癸未日，突厥侵犯阴盘。甲申日，扶州刺史蒋善合在松州赤磨镇攻打吐谷浑，击败敌军。己丑日，突厥吐利设与苑君璋侵犯并州。甲子日，高祖返回长安。
有人劝说高祖：“突厥屡次侵犯关中，是因为子女玉帛都集中在长安。如果烧毁长安，不再定都于此，胡人的侵扰自然会停止。”高祖认为这话有道理，便派遣中书侍郎宇文士及翻越南山前往樊州、邓州一带，寻找合适的定都之地，准备迁都。太子李建成、齐王李元吉、裴寂都赞成这一计策，萧瑀等人虽然知道不可行，却不敢进谏。秦王李世民劝谏说：“戎狄作乱，自古以来就有。陛下凭借圣武之才起兵，占据中原，拥有百万精兵，所向无敌，怎能因为胡寇侵扰边境，就仓促迁都躲避，让天下人蒙羞，被后世嘲笑呢！当年霍去病只是汉朝的一员将领，尚且立志消灭匈奴；何况我身为藩王，愿请陛下给我几年时间，我一定能生擒颉利可汗，将他押送到宫门之前。如果不能成功，再迁都也不晚。”高祖说：“说得好。”李建成说：“当年樊哙想要率领十万人马横行匈奴境内，秦王的话难道不是和他一样狂妄！”李世民说：“形势不同，用兵之道也不同，樊哙只是个平庸之辈，不值一提！不出十年，我必定平定漠北，这绝不是空话！”高祖于是放弃了迁都的打算。李建成与妃嫔们趁机一同诋毁李世民说：“