然后是太常寺到太府寺九寺，再是将作监、国子学、天策上将府，最后是左卫、右卫到左领卫、右领卫十四卫；东宫设置三师、三少、詹事以及两坊、三寺、十率府；王、公设置府佐、国官，公主设置邑司，这些都属于京职事官。州、县、镇、戍的官员属于外职事官。从文散官开府仪同三司到将仕郎共二十八阶，武散官骠骑大将军到陪戎副尉共三十一阶，勋官从上柱国到武骑尉共十二等。
丙戌日，赵郡王李孝恭在芜湖击败辅公祏，攻克梁山等三个镇。辛卯日，安抚使任瑰攻克扬子城，广陵城主龙龛投降。丁酉日，突厥侵犯原州。戊戌日，赵郡王李孝恭攻克丹杨。
在此之前，辅公祏派遣将领冯慧亮、陈当世率领三万水军驻扎在博望山，陈正通、徐绍宗率领两万步兵骑兵驻扎在青林山，还在梁山连接铁锁截断长江水路，修筑却月城，绵延十多里，又在长江西岸构筑营垒抵御官军。李孝恭与李靖率领水军驻扎在舒州，李世积率领一万步兵渡过淮河，攻克寿阳，驻扎在硖石。冯慧亮等人坚守营垒不出战，李孝恭派遣奇兵截断他们的粮道，冯慧亮等人的军队缺乏粮食，连夜派兵逼近李孝恭的军营，李孝恭安然卧床不动。李孝恭召集众将领商议军事，众人都说：“冯慧亮等人拥有强兵，占据水陆险要之地，攻打他们难以迅速攻克，不如直接进军丹杨，袭击他们的巢穴。丹杨溃败后，冯慧亮等人自然会投降！”李孝恭准备采纳这一建议，李靖说：“辅公祏的精兵虽然集中在这水陆两支军队中，但他亲自率领的军队也不在少数，如今博望山等营垒尚且不能攻克，辅公祏据守石头城，难道容易攻取吗！进攻丹杨，十几天攻不下来，冯慧亮等人尾随我们身后，我们会腹背受敌，这是危险的计策。冯慧亮、陈正通都是身经百战的贼将，他们并非不想出战，只是因为辅公祏定下计策让他们坚守，想要拖垮我们的军队。我们如今主动攻打他们的营垒来挑衅，一定能一举击败他们！”李孝恭同意了，派遣瘦弱的士兵先攻打敌军营垒，而部署精锐部队列阵等待。攻打营垒的士兵战败逃走，敌军出兵追击，行军数里后，遭遇唐朝大军，双方交战，敌军大败。阚棱摘下头盔对敌军喊道：“你们不认识我了吗？怎敢来与我交战！”敌军大多是阚棱过去的部下，都没有斗志，有的甚至下拜投降，敌军因此溃败。李孝恭、李靖乘胜追击，转战一百多里，博望山、青林山两处营垒全部溃败，冯慧亮、陈正通等人逃回丹杨，敌军被杀死、淹死的有一万多人。李靖的军队率先抵达丹杨，辅公祏十分恐惧，率领数万士兵弃城向东逃跑，想要前往会稽投靠左游仙，李世积率军追击。辅公祏到达句容时，随从的士兵只剩下五百人，夜晚在常州宿营，他的将领吴骚等人密谋擒获他。辅公祏察觉后，抛弃妻子儿女，独自率领几十名心腹，冲破关卡逃走。到达武康时，遭到山野百姓的攻击，西门君仪战死。百姓擒获辅公祏，押送到丹杨斩首，随后搜捕他的残余党羽，全部处死，江南地区全部平定。
己亥日，朝廷任命李孝恭为东南道行台右仆射，李靖为兵部尚书。不久后，废除行台，任命李孝恭为扬州大都督，李靖为都督府长史。高祖高度赞赏李靖的功劳，说：“李靖是萧铣、辅公祏的克星啊。”
阚棱功劳很大，颇为自夸。辅公祏诬陷阚棱与自己勾结。恰逢赵郡王李孝恭抄没贼党的田地住宅，阚棱以及杜伏威、王雄诞在贼境中的田地住宅，都被李孝恭一并抄没；阚棱上书申诉，触犯了李孝恭，李孝恭大怒，以谋反的罪名处死阚棱。
夏季，四月庚子朔日，朝廷大赦天下。当天，颁布新的律令，相比开皇年间的旧制新增五十三条格。
朝廷初步制定均田制和租庸调法：成年男子、中年男子，每人分给一顷田地，重病患者减去十分之六，寡妻寡妾减去十分之七；其中十分之二为世业田，十分之八为口分田。每个成年男子每年缴纳租粟二石。调根据土地所产，缴纳绫、绢、絁、布等。每年服役二十天；不服役的人缴纳庸，每天三尺布；因事需要增加服役的，加役十五天，免征调；加役三十天，租、调都免征。遭遇水、旱、虫、霜等灾害，损失四成以上免征租，损失六成以上免征调，损失七成以上租、调、役都免征。百姓的财产分为九等。一百户为一里，五里为一乡，四家为一邻，四邻为一保。在城镇的称为坊，在乡村的称为村。享受俸禄的官员，不得与百姓争夺利益；工匠、商人等杂类，不得加入士人队伍。男女刚出生为黄籍，四岁为小，十六岁为中，二十岁为丁，六十岁为老。每年编制计帐，每三年编制一次户籍。
丁未日，党项侵犯松州。庚申日，通事舍人李凤起攻打万州反叛的獠人，平定叛乱。
五月辛未日，突厥侵犯朔州。甲戌日，羌人与吐谷浑一同侵犯松州。朝廷派遣益州行台左仆射窦轨从翼州道出兵，扶州刺史蒋善合从芳州道出兵，讨伐他们。丙戌日，在宜君修建仁智宫。丁亥日，窦轨在方山击败反叛的獠人，俘获两万多人。
六月辛丑日，唐高祖前往仁智宫避暑。辛亥日，泷州、扶州的獠人作乱，朝廷派遣南尹州都督李光度等人率军平定叛乱。丙辰日，吐谷浑侵犯扶州，刺史蒋善合击退敌军。壬戌日