过世事，军事机要这样的重要职务，不是他所能胜任的。只因为他是公主的丈夫，就占据重要职位。我担心众人议论陛下‘任官不选择贤才，专门偏爱自己亲近的人’，这也是很大的不方便。”隋文帝非常赞同他的话，回头对柳述说：“韦云起的话，是你的良药，你可以把他当作老师和朋友。”秋季，七月丙戌日，隋文帝下诏：命令朝廷内外的官员各自举荐自己了解的人才。柳述举荐了韦云起，朝廷任命他为通事舍人。
益州总管、蜀王杨秀，容貌魁梧英俊，有胆量和气魄，喜好武艺。隋文帝常常对独孤皇后说：“杨秀最终一定会因为作恶而死，我在世时他不会有什么顾虑，到了他兄弟执政时，他一定会谋反。”大将军刘哙讨伐西爨时，隋文帝命令上开府仪同三司杨武通率领军队继续进军。杨秀任命宠臣万智光为杨武通的行军司马。隋文帝认为杨秀任用的人不称职，便责备了他，并且对群臣说：“破坏我的法度的，是我的子孙。就像猛虎，其他动物不能伤害它，反而被身上的小虫损害侵蚀。”于是分割了杨秀统领的部分兵力。
自从长史元岩去世后，杨秀逐渐变得奢侈逾矩，制作浑天仪，抓捕了很多山獠充当宦官，车马服饰，都模仿皇帝的规格。
等到太子杨勇因为谗言被废黜，晋王杨广被立为太子，杨秀心中非常不满。太子杨广担心杨秀最终会成为后患，便暗中命令杨素寻找他的罪过并诋毁他。隋文帝于是征召杨秀入朝，杨秀犹豫不决，想要称病不去。总管司马源师劝谏他，杨秀脸色一变说：“这是我家的事情，和你有什么关系！”源师流泪回答说：“我有幸担任王府的幕僚，怎敢不尽心尽力！圣上有诏书征召大王，已经拖延了几个月，如今还迟迟不去。百姓不了解大王的心意，倘若产生疑虑议论，朝廷内外都会感到震惊疑惑，圣上降下雷霆般的诏书，派遣一名使者前来问责，大王如何为自己辩解？希望大王仔细考虑！”朝廷担心杨秀发动变乱，戊子日，任命原州总管独孤楷为益州总管，乘驿车迅速前往接替杨秀。独孤楷到达后，杨秀仍然不肯出发；独孤楷劝说了很久，杨秀才上路。独孤楷察觉杨秀有后悔的神色，于是部署军队防备；杨秀走了四十多里，想要返回袭击独孤楷，侦察到独孤楷已有防备，才停止行动。
八月甲子日，独孤皇后去世。太子杨广在隋文帝和宫女面前悲痛欲绝，好像无法承受丧母之痛；但他在自己的住处，饮食谈笑却和平时一样。另外，他每天在朝堂上让人进献两溢米，私下却让人从外面取来肥肉、肉干和腌鱼，放在竹筒里，用蜡封口，用包袱包裹后送进宫中。
着作郎王劭上书说：“佛经上说：‘人应当往生天上或者往生无量寿国的时候，上天和佛祖会放出大光明，用香花和歌舞乐师前来迎接。’大行皇后的福分善行和吉祥征兆，各种秘记中都有记载，都说她是妙善菩萨转世。我查考到八月二十二日，仁寿宫内再次降下金银花；二十三日，大宝殿后面在夜间出现神光；二十四日卯时，永安宫北面自然响起各种音乐，响彻天空；到了夜里五更时分，皇后安然入睡，随后升天而去，这些都和佛经上所说的事情一一应验。”隋文帝看后既悲伤又喜悦。
闰月，甲申日，隋文帝下诏命令杨素、苏威和吏部尚书牛弘等人修订五礼。隋文帝让上仪同三司萧吉为独孤皇后选择墓地，萧吉找到一块吉祥的地方，说：“占卜预示国运二千年，占卜预示帝位二百世。”隋文帝说：“吉凶由人决定，不在于墓地。高纬埋葬他的父亲，难道没有占卜吗！不久后国家就灭亡了。就像我家的墓地，如果说不吉祥，我就不会成为天子；如果说吉祥，我的弟弟就不会战死沙场。”但最终还是听从了萧吉的建议。萧吉退下后，告诉族人萧平仲说：“皇太子派宇文左率（宇文述）深切感谢我说：‘您之前说我会成为太子，最终果然应验，我永远不会忘记。如今占卜陵墓，务必让我早日登基。我登基之后，一定会用富贵报答您。’我对他说：‘四年之后，太子就会执掌天下。’如果太子掌权，隋朝大概就要灭亡了！我之前欺骗说‘占卜国运二千年’，其实是指‘三十’年（“二千”二字的笔画相加为三十）；‘占卜帝位二百世’，是指皇位传两代（“二百”指二世）。你要记住这件事！”
壬寅日，将文献皇后安葬在太陵。隋文帝下诏说：“杨素办理安葬事宜，努力寻找吉祥之地，考虑到他的这片心意，极为忠诚孝顺，这份功劳难道能和平定叛乱、抵御敌寇相提并论吗！可以另外封他的一个儿子为义康公，食邑一万户。”同时赏赐杨素三十顷田地、一万段绢帛、一万石粮食，以及数量相当的金银珠宝、绫罗绸缎。
蜀王杨秀到达长安，隋文帝见到他，没有和他说话；第二天，派使者严厉责备他。杨秀谢罪，太子杨广和各位藩王都在庭院中流泪谢罪。隋文帝说：“不久前秦王杨俊浪费财物，我用父亲的道理教导他。如今杨秀残害百姓，应当用君主的道理来制裁他。”于是将杨秀交给执法官员处理。开府仪同三司庆整劝谏说：“庶人杨勇已经被废黜，秦王杨俊已经去世，陛下的儿子不多了，何必做到这个地步！蜀王性格非常耿直，如今受到重责，恐怕无法保全自己。”隋文帝大怒