上策。如果不行，就上表说自己威权太重，恐怕招致众人非议，请求担任青、齐二州刺史，沉稳安静地生活，必定不会招来非议。这是中策。”高湛又问下策。高元海说：“说出下策就怕被灭族。”高湛执意逼迫他说，高元海才说：“济南王是先帝的嫡长子，皇上凭借太后的命令夺取了他的皇位。如今殿下召集文武百官，出示征召济南王的敕令，逮捕斛律丰乐（斛律羡），斩杀高归彦，尊立济南王为帝，号令天下，以顺讨逆，这是万世难逢的时机。”高湛十分高兴。但他生性怯懦，犹豫不决，不敢采用，便让术士郑道谦等人占卜，术士们都说：“举事不利，静观则吉。”有一位林虑县令潘子密，通晓占卜之术，暗中对高湛说：“皇上将会驾崩，殿下会成为天下之主。”高湛将他拘禁在府中等待。又让巫觋占卜，大多说：“不必起兵，自然会有大喜事。”
高湛于是奉诏，派数百名骑兵将济南王送往晋阳。九月，北齐君主派人用毒酒毒杀济南王，济南王不肯喝，便被人扼杀。北齐君主不久也后悔了。
北齐肃宗高演外出打猎，有一只兔子惊动了他的马，高演从马上摔下来，摔断了肋骨。娄太后前来探望病情，三次询问济南王在哪里，北齐君主都不回答。太后愤怒地说：“你杀了他吗？不听我的话，死了也是活该！”说完便离去，不再回头。
十一月初二，北齐君主下诏，因为继位的太子年幼，可以派遣尚书右仆射赵郡王高睿传达旨意，征召长广王高湛继承皇位。又写信给高湛说：“高百年无罪，你可以让他快乐地生活，不要效仿前人的做法。”当天，北齐肃宗在晋阳宫去世。临终前，他说遗憾没能见到太后的山陵完工。
颜之推评论说：孝昭帝天性极为孝顺，却不懂得忌讳，以至于落到这般地步，实在是因为没有学问造成的。
赵郡王高睿先派黄门侍郎王松年疾驰前往邺城，宣布肃宗的遗命。高湛仍然怀疑有诈，派亲信先前往停放灵柩的地方，打开棺木查看。使者返回禀报后，高湛大喜，疾驰前往晋阳，派河南王高孝瑜先进入宫中，更换宫廷禁卫。十一日，北齐世祖高湛在南宫即位，大赦天下，改年号为太宁。
北周答应送还安成王陈顼，派司会上士京兆人杜杲前来陈朝访问。陈文帝十分高兴，立即派遣使者回访，并将黔中地区和鲁山郡割让给北周作为贿赂。
北齐任命彭城王高浟为太师、录尚书事，平秦王高归彦为太傅，尉粲为太保，平阳王高淹为太宰，博陵王高济为太尉，段韶为大司马，丰州刺史娄睿为司空，赵郡王高睿为尚书令，任城王高湝为尚书左仆射，并州刺史斛律光为右仆射。娄睿是段韶哥哥的儿子。立太子高百年为乐陵王。
太子中庶子馀姚人虞荔、御史中丞孔奂，因国家财用不足，上奏请求设立煮海盐税和酒类专卖制度，陈文帝下诏准从。
起初，陈高祖将女儿丰安公主嫁给留异的儿子留贞臣，征召留异为南徐州刺史，留异拖延不肯就职。陈文帝即位后，又任命留异为缙州刺史，兼任东海太守。留异多次派他的长史王澌入朝，王澌每次都称朝廷虚弱。留异对此深信不疑，虽然表面上表示臣服，实则心怀二心，与王琳从鄱阳信安岭暗中派使者往来勾结。王琳兵败后，陈文帝派左卫将军沈恪接替留异，实则出兵袭击他。留异出兵下淮抵抗沈恪，沈恪与他交战失利，退回钱塘。留异又上表谢罪。当时朝廷军队正专注于湘、郢地区的战事，便下诏安抚晓谕，暂且笼络他。留异知道朝廷最终会讨伐自己，便派兵戍守下淮和建德，以防守沿江通路。十二月二十五日，陈文帝下诏命令司空、南徐州刺史侯安都讨伐留异。
到了公元562年春季，正月初一，北齐君主抵达邺城；初七，在南郊祭祀天神；初八，在太庙祭祀祖先；十二日，立妃子胡氏为皇后，立儿子高纬为皇太子。胡皇后是北魏兖州刺史安定人胡延之的女儿。十四日，北齐大赦天下。
高归彦深受北齐肃宗的厚待，依仗权势骄横自满，欺凌侮辱皇亲国戚。北齐世祖即位后，侍中、开府仪同三司高元海、御史中丞毕义云、黄门郎高乾和多次弹劾他的短处，并且说：“高归彦权势震动君主，必定会引发祸乱。”北齐君主也追究他反复无常的行径，逐渐猜忌他。趁高归彦回家之际，北齐君主召魏收在自己面前起草诏书，任命高归彦为冀州刺史，让高乾和抄写。白天，又下令守门官不准高归彦擅自入宫。当时高归彦正纵酒取乐，过了一夜还不知道。到天亮后，他想入宫朝见，到宫门口才得知消息，大惊失色地退回。等到他递上名帖谢罪时，北齐君主下令让他早日出发前往冀州，另外赏赐了丰厚的钱财布帛等物，又下令督将们全部送他到清阳宫。高归彦拜别后离去，没有人敢与他说话，只有赵郡王高睿与他交谈了很久，当时没有人听到他们的谈话内容。
北齐君主还是长广王时，清都人和士开因擅长握槊、弹琵琶而受到宠信，被征召为开府行参军，等到即位后，和士开多次升迁至给事黄门侍郎。高元海、毕义云、高乾和都嫉妒他，准备告发他的所作所为。和士开于是上奏说高元海等人勾结朋党，想要独揽威福。高乾和因此被疏远。毕义云向和士开行贿，得以担任兖州