纪败坏；国家危难却无人扶持，今天正是我等尽责之时。我想与各位共建大功、安定社稷，各位意下如何？”众人纷纷响应，于是崔慧景率军折返广陵。司马崔恭祖驻守广陵城，打开城门迎接他们入城。皇帝得知叛乱消息，于壬子日授予右卫将军左兴盛符节，让他统领建康水陆各路军队讨伐崔慧景。崔慧景在广陵停留两日，便集合部众渡过长江。
起初，南徐、兖二州刺史江夏王萧宝玄娶徐孝嗣的女儿为妃，徐孝嗣被诛杀后，朝廷下诏让他们离婚，萧宝玄因此心怀怨恨。崔慧景派人奉迎萧宝玄为主君，萧宝玄斩杀了来使，随后调动将吏坚守城池，皇帝派马军主戚平、外监黄林夫协助镇守京口。崔慧景即将渡江时，萧宝玄暗中与他勾结，杀死司马孔矜、典签吕承绪以及戚平、黄林夫，打开城门接纳崔慧景，派长史沈佚之、咨议柳憕分别统领军队。萧宝玄乘坐八人抬的肩舆，手持红色旗帜，跟随崔慧景向建康进军。朝廷派骁骑将军张佛护、直阁将军徐元称等六位将领占据竹里，修筑数座城池抵御叛军。萧宝玄派人送信给张佛护说：“我亲自回朝，你为何要苦苦阻拦？”张佛护回复道：“我蒙受国家重恩，奉命在此设立营垒。殿下回朝，只管径直通过，我怎敢阻拦！”随即下令向崔慧景的军队射箭，双方展开交战。崔觉、崔恭祖率领前锋部队，他们都是粗勇善战之人，又行军轻便不生火做饭，只靠几艘船沿长江运载酒肉作为军粮，每次看到朝廷军队的城中升起烟火，就全力攻城。朝廷军队无法生火做饭，因此饥饿困乏。徐元称等人商议想要投降，张佛护坚决不同意。崔恭祖等人发起猛攻，攻占城池，斩杀张佛护。徐元称投降，其余四位军主全部战死。
乙卯日，朝廷派中领军王莹统领各路军队，在湖头修筑营垒，营垒连接蒋山西岩，部署了数万精锐兵力。王莹是王诞的从曾孙。崔慧景抵达查硎，竹塘人万副儿劝他说：“如今平坦大路都被朝廷军队阻断，不可贸然前进；唯有从蒋山龙尾道登山，出其不意发起进攻。”崔慧景采纳了这个建议，分派一千多人，首尾相接沿山攀登，从西岩连夜而下，击鼓呐喊逼近城中。朝廷军队惊慌失措，瞬间溃散奔逃。皇帝又派右卫将军左兴盛率领宫中三万兵力在北篱门抵御崔慧景，左兴盛望风而逃。
甲子日，崔慧景进入乐游苑，崔恭祖率领十余名轻骑兵突袭北掖门，随后又退了出来。宫门全部关闭，崔慧景率领部众将皇宫包围。此时东府、石头、白下、新亭等城池的守军全部溃败。左兴盛逃走，无法进入宫中，躲在淮河岸边的芦苇船里，被崔慧景擒获斩杀。宫中派兵出城反击，未能取胜。崔慧景焚烧兰台府署，将其作为战场。守卫尉萧畅驻守南掖门，调度城内防务，根据战况灵活应对，众人的军心逐渐安定。崔慧景声称奉宣德太后的命令，废黜皇帝为吴王。
陈显达谋反时，皇帝曾再次召集诸王侯入宫。巴陵王萧昭胄鉴于永泰年间的灾祸（诸王被诛杀之事），便与弟弟永新侯萧昭颖假扮成僧人，逃往长江以西地区。萧昭胄是萧子良的儿子。等到崔慧景起兵，萧昭胄兄弟前去投奔。崔慧景心中更倾向于立萧昭胄为帝，犹豫不决未能定下。
竹里大捷后，崔觉与崔恭祖争夺功劳，崔慧景无法裁决。崔恭祖劝说崔慧景用火箭焚烧北掖楼，崔慧景认为大事即将平定，日后重建北掖楼会耗费大量人力物力，因此没有听从。崔慧景生性喜爱谈论玄理，还通晓佛理，所以驻军于法轮寺，整日与宾客高谈阔论，崔恭祖心中满怀怨恨。当时豫州刺史萧懿正率军驻守小岘，皇帝派密使向他告急。萧懿正在吃饭，听闻消息后扔下筷子立刻起身，率领军主胡松、李居士等人数千人从采石渡江，驻军于越城并燃起烽火，城中守军击鼓呐喊欢呼庆贺。崔恭祖此前曾劝说崔慧景派二千人截断西岸的援军，让他们无法渡江，崔慧景认为皇宫早晚都会投降，外部救援自然会溃散，因此没有听从。到这时，崔恭祖请求出兵攻击萧懿的军队，崔慧景又不同意，只派崔觉率领数千精锐士兵渡过南岸。萧懿的军队黎明时分发起进攻，经过数个回合的交战，士兵们都拼死作战，崔觉大败，跳入淮河淹死的有二千多人。崔觉单人匹马败退，拆毁浮桥以阻断淮河通道。崔恭祖劫掠到东宫的歌女舞伎，被崔觉强行夺走。崔恭祖长期积累的忿恨终于爆发，当天夜里，他与崔慧景麾下的猛将刘灵运前往城中投降，叛军军心就此离散崩溃。
夏季四月癸酉日，崔慧景率领几名心腹暗中逃走，想要向北渡江；城北的各路叛军不知情，仍在继续抵抗。城中派兵出城反击，斩杀数百名叛军。萧懿的军队渡过北岸，崔慧景的残余部众全部溃散逃亡。崔慧景包围皇宫共计十二日后兵败，随从人员在途中逐渐离散，他单人匹马逃到蟹浦，被渔民斩杀，渔民将他的头颅放入泥鳅篮中，挑送到建康。崔恭祖被关押在尚方署，不久后被处死。崔觉逃亡后假扮成僧人，被捕获后伏法诛杀。
萧宝玄最初抵达建康时，驻军于东城，官吏百姓纷纷前去投奔。崔慧景兵败后，朝廷查获了朝野上下投奔萧宝玄和崔慧景的人员名单，皇帝下令将名单烧毁，说：“江夏王尚且如此，怎能再怪罪其他人呢！”萧宝玄逃亡数日后，才主动现身。皇帝