刘穆之担心诸葛长民发动叛乱，便屏退随从问太尉行参军东海人何承天：“太尉这次出征能成功吗？”何承天说：“荆州的事不用担心不能及时解决，不过还有一个顾虑。太尉当年从左里返回石头城时，显得很随意；这次回来，应该更加谨慎。”刘穆之说：“不是你，我听不到这样的话。”
刘裕在江陵时，辅国将军王诞向刘裕请求先返回建康，刘裕说：“诸葛长民似乎有疑心，你怎么能轻易回去！”王诞说：“诸葛长民知道我受到您的重视，现在我轻装独自返回，他必定会认为没有危险，这样才能稍微安定他的心思。”刘裕笑着说：“你的勇气超过孟贲、夏育了。”于是同意他先回去。
此时，沮渠蒙逊即河西王位，宣布大赦，改年号为玄始，仿照凉王吕光担任三河王时的制度设置官员。
随后，太尉刘裕谋划讨伐蜀地，挑选统帅时难以找到合适的人选。他认为西阳太守朱龄石既有军事才能，又熟悉行政事务，想任用他。众人都认为朱龄石资历名望还浅，难以担当重任，刘裕不听。十二月，刘裕任命朱龄石为益州刺史，率领宁朔将军臧熹、河间太守蒯恩、下邳太守刘钟等人讨伐蜀地，调拨大军的一半，共二万人配属给他。臧熹是刘裕的妻弟，职位在朱龄石之上，却也归朱龄石统领。
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刘裕与朱龄石秘密商议进军策略，说：“刘敬宣往年从黄虎出兵讨伐蜀地，无功而返。敌军认为我们这次应该从外水（岷江）进军，却会预料我们出其不意仍从内水（涪江）前来。这样一来，他们必定会用重兵把守涪城，防备内水方向。如果我们向黄虎进军，正好落入他们的圈套。现在派大部队从外水攻取成都，派疑兵从内水出击，这是制服敌人的奇计。”但又担心这个计划提前泄露，让敌军察觉虚实，于是另外写了一封密信封好交给朱龄石，在信封边上注明：“到白帝城再打开。”各路军队虽然出发了，却不知道具体的部署。
毛修之坚决请求随军讨伐蜀地，刘裕担心毛修之到蜀地后，必定会大肆诛杀，而蜀地百姓与毛氏有旧怨，也会拼死抵抗，于是没有同意。
随后，朝廷从荆州分出十个郡，设置湘州。
朝廷又加授太尉刘裕为太傅、扬州牧。
丁巳日，北魏国主拓跋嗣向北巡视，抵达长城后返回。
到了公元413年，春季，二月庚戌日，北魏国主拓跋嗣前往高柳川。甲寅日，返回皇宫。
同时，太尉刘裕从江陵东归，连续不断地派遣运输物资的队伍兼程赶路，预先确定了到达的日期，却常常故意滞留不前进。诸葛长民与朝廷大臣们连日在新亭等候，总是错过约定的时间。乙丑日（月末），刘裕乘坐轻舟径直前进，暗中回到东府。三月丙寅朔日（初一）清晨，诸葛长民得知消息，惊慌地赶往东府门口。刘裕在帐幔中埋伏了勇士丁旿，然后请诸葛长民屏退随从，两人单独交谈，把平生没说尽的话都讲了出来，诸葛长民十分高兴。这时丁旿从帐幔后走出，在座位上扭杀了诸葛长民，随后用车子把尸体送到廷尉府。刘裕又逮捕了诸葛长民的弟弟诸葛黎民，诸葛黎民一向勇猛，与士兵格斗后被杀。同时被杀的还有诸葛长民的幼弟、大司马参军诸葛幼民，以及堂弟、宁朔将军诸葛秀之。庚午日，后秦王姚兴派遣使者到北魏建立友好关系。
太尉刘裕上奏表说：“大司马桓温认为‘百姓没有固定的户籍，对治理危害极大’，于是推行《庚戌》土断法来统一户籍和田业。从此财富充实、国家富足，实在是得益于这项制度。从那时到现在，土断法逐渐废弛；请求重新推行以前的制度。”于是朝廷按照地域重新划分户籍，只有居住在晋陵的徐、兖、青三州百姓，不在土断之列；许多流动人口聚居的郡县大多被合并撤销。
戊寅日，朝廷加授刘裕为豫州刺史。刘裕坚决推辞太傅、扬州牧的职位。
林邑国的范胡达侵犯九真郡，杜慧度率军进攻，斩杀了范胡达。
河南王乞伏炽磐派遣镇东将军乞伏昙达、平东将军王松寿率领军队向东进军，在白石川攻打休官部落的权小郎、吕破胡，大败敌军，俘虏男女一万多人，进而占据白石城。显亲县的休官部落首领权小成、吕奴迦等率领二万多户占据白坑，拒不投降，乞伏昙达率军进攻，斩杀了他们，陇右地区的休官部落全部投降。后秦太尉索棱献出陇西地区，投降乞伏炽磐，乞伏炽磐任命索棱为太傅。
这时，夏王刘勃勃宣布大赦，改年号为凤翔。任命叱干阿利兼任将作大匠，征发岭北地区的夷人、汉人共十万人，在朔方水以北、黑水以南修筑都城。刘勃勃说：“我正要统一天下，统治各国，应该把新城命名为‘统万’（取‘统一天下，君临万邦’之意）。”叱干阿利生性灵巧却残忍，他用蒸熟的土筑城，只要铁锥能刺入城墙一寸，就杀掉筑城的工匠，并把尸体一起筑进城墙里。刘勃勃认为他忠诚，便对他委以重任。凡是制造兵器完成后，呈送上来时，必定有工匠被处死：如果弓箭射不穿铠甲，就杀掉造