官，往哪里逃！”于是骑马返回府中。谢纯是谢安的哥哥谢据的孙子。王镇恶与城内守军交战，同时进攻刘毅的官署。从午饭时间一直打到傍晚，城内守军溃败逃散。王镇恶在官署的城墙上凿出洞口攻入，派人把诏书、赦免令以及刘裕的亲笔信给刘毅看，刘毅全都烧掉不看，与司马毛修之等人率领士兵奋力抵抗。城内士兵起初还不信刘裕亲自前来，后来那些跟随刘毅从东方来的士兵，与朝廷军队中有很多是表亲，一边交战一边交谈，知道刘裕确实亲自来了，人心离散恐惧。到了夜里，刘毅办公处的士兵都逃散了，朝廷军队斩杀了刘毅的勇将赵蔡，刘毅身边的士兵仍关闭东、西阁抵抗。王镇恶担心在黑暗中自相残杀，于是率军退出，包围官署，只留下南面的通道。刘毅担心南面有伏兵，半夜时分，率领身边三百多名士兵从北门突围逃出。毛修之对谢纯说：“您只管跟我走。”谢纯不肯，最终被人杀死。刘毅连夜逃到牛牧佛寺。当初，桓蔚战败时，曾逃到牛牧佛寺投奔僧人昌，昌把他藏了起来，刘毅却杀了昌。到这时，寺里的僧人拒绝收留刘毅，说：“过去我们的师父收留桓蔚，却被刘卫军杀死，现在实在不敢再收留外人了。”刘毅叹息道：“自己制定的规矩，最终却害了自己，竟然到了这种地步！”于是上吊自杀。第二天，当地百姓把这件事报告给朝廷军队，朝廷军队便在街市上砍下刘毅的头颅，他的子侄也全部被处死。刘毅的哥哥刘模逃到襄阳，鲁宗之斩杀刘模，把他的首级送往朝廷。
起初，刘毅的叔父刘镇之在京口闲居，不接受朝廷征召，他常对刘毅、刘籓说：“你们的才能足以实现志向，但恐怕不会长久。我不向你们谋求财富官位，也不会和你们一起承受灾祸。”每次看到刘毅、刘籓带着随从来到家门口，就辱骂他们，刘毅对他十分敬畏，每次到他家门口几百步远的地方，就把仪仗卫兵全部撤走，只和几个平民打扮的人一起进去。等到刘毅死后，太尉刘裕上奏征召刘镇之为散骑常侍、光禄大夫，刘镇之坚决推辞不去。
这时，仇池公杨盛背叛后秦，侵犯骚扰祁山。秦王姚兴派建威将军赵琨为前锋，立节将军姚伯寿随后跟进，前将军姚恢从鹫峡出兵，秦州刺史姚暠从羊头峡出兵，右卫将军胡翼度从汧城出兵，共同讨伐杨盛。姚兴亲自从雍城出发前往前线，与各路将领在陇口会合。
天水太守王松匆对赵琨说：“先帝（姚苌）神机妙算，无往不利，徐洛生凭借勇武辅佐先帝，两次进攻仇池，都无功而返；不是杨氏智勇双全难以战胜，只是因为仇池地势险要坚固罢了。如今凭借赵琨您的部众、您的威望，与先帝时期相比，实在难以成功。您清楚当地的地形险阻，为什么不向朝廷上奏说明呢？”赵琨不听。杨盛率领部众与赵琨对峙，姚伯寿畏惧怯懦不敢前进，赵琨兵力单薄，难以抵挡，被杨盛打败。姚兴斩杀姚伯寿后撤军。
随后，姚兴任命杨佛嵩为雍州刺史，率领岭北的现有兵力进攻夏国。杨佛嵩出发几天后，姚兴对大臣们说：“杨佛嵩每次遇到敌人，就会奋勇得无法自控，我常限制他的兵力不超过五千人。如今他率领的兵力太多，遇到敌人必定失败，现在已经走远了，追也追不上，该怎么办呢？”随后，杨佛嵩与夏王赫连勃勃交战，果然战败了，自己更是被赫连勃勃擒获，最终被扼断喉咙而死。
接着，后秦册立昭仪齐氏为皇后。
沮渠蒙逊迁都到姑臧。
十一月己卯日，太尉刘裕抵达江陵，杀死郗僧施。起初，毛修之虽然是刘毅的属官，但一向主动与刘裕结交，因此刘裕特别宽恕了他。朝廷赐给王镇恶汉寿子的爵位。刘裕问刘毅府中的咨议参军申永：“现在应该采取什么措施？”申永说：“消除过去的怨恨，加倍施加恩惠，按照门第等级任用人才，提拔有才能的人，这样就可以了。”刘裕采纳了他的建议，下令减轻赋税徭役，赦免罪犯，以礼征召名士，荆州百姓十分高兴。
诸葛长民骄横放纵、贪婪奢侈，所作所为大多违法，成为百姓的祸患，他常常担心太尉刘裕查办他。等到刘毅被诛杀后，诸葛长民对亲信说：“‘当年刘邦醢杀彭越，今年又杀韩信。’灾祸就要轮到我了！”于是他屏退随从，问刘穆之：“外面传言纷纷，都说太尉对我不满，为什么会这样？”刘穆之说：“太尉逆流远征，把老母亲、幼子托付给您。如果您有一丝一毫的不可靠，他怎么会这样做呢！”诸葛长民的心情才稍微安定。
诸葛长民的弟弟辅国大将军诸葛黎民劝说诸葛长民：“刘氏灭亡，也是诸葛氏的祸患，应该趁刘裕还没回来，图谋除掉他。”诸葛长民犹豫不决，没有行动，不久叹息道：“贫贱时常常渴望富贵，富贵后却必定面临危险。现在想做回丹徒的平民，还能办到吗！”于是他写信给冀州刺史刘敬宣，说：“刘盘龙（刘毅小字盘龙）凶狠专横，自取灭亡。异端势力即将铲除，天下将要太平，富贵之事，我与你共同享有。”刘敬宣回信说：“我从义熙年间以来，惭愧地担任过三州刺史、七郡太守，常常担心福分过头会引发灾祸，想着避开满盈、保持谦逊。富贵的事，我不敢担当。”并且派人把信呈给刘裕，刘裕说：“阿寿（刘敬宣小字阿寿）确实没有辜负我。”