申日，朝廷宣布大赦，所有因畏惧逼迫而跟随叛逆的人，一律不予追究。戊寅日，将晋朝祖先神主送入太庙。刘毅等人传送桓玄的首级，悬挂在朱雀航上示众。
刘毅等人战胜后，认为大事已定，没有紧急追击桓玄残部，又遇到大风，船只无法前进，桓玄死后将近十天，各路军队还没到达江陵。当时桓谦藏匿在沮中，扬武将军桓振藏匿在华容浦，桓玄过去的部将王稚徽驻守巴陵，派人告诉桓振说“桓歆已经攻克京城，冯稚又攻克寻阳，刘毅等各路军队都已中途败退”。桓振大喜，聚集二百名党羽，袭击江陵，桓谦也聚集部众响应。闰五月己丑日，他们再次攻陷江陵，杀死王康产、王腾之。
桓振在行宫拜见晋安帝，骑马提戈，径直走到台阶下，问桓昇在哪里。得知桓昇已死，他怒目瞪着晋安帝说：“我桓氏家族哪里对不起国家，竟被如此屠灭！”琅邪王司马德文走下坐床说：“这哪里是我们兄弟的本意啊！”桓振想杀晋安帝，桓谦苦苦劝阻，桓振才下马，收敛怒容，行礼后退出。壬辰日，桓振为桓玄举办丧事，设立灵堂，追谥桓玄为武悼皇帝。
癸巳日，桓谦等人率领群臣向晋安帝进献玺绶，说：“陛下（指桓玄）效仿尧禅让给舜，如今楚朝国运不长，百姓之心又回归晋朝了。”任命琅邪王司马德文兼任徐州刺史，桓振为都督八州诸军事、荆州刺史，桓谦恢复侍中、卫将军之职，加授江、豫二州刺史，晋安帝身边的侍从，都是桓振的亲信。
桓振年轻时品行不端，桓玄不把他当作子侄看待。到这时，桓振感叹说：“桓公过去不早点任用我，才导致这样的失败。如果桓公还在，我担任前锋，平定天下不在话下。如今我独自做这些事，能回到哪里去呢？”于是放纵饮酒，沉迷美色，肆意杀人。桓谦劝说桓振领兵东下决战，自己驻守江陵，桓振一向轻视桓谦，不听他的建议。
刘毅到达巴陵，诛杀王稚徽。何无忌、刘道规分别在马头进攻桓谦，在龙泉进攻桓蔚，都打败了对方。桓蔚是桓秘的儿子。
何无忌想乘胜直接进军江陵，刘道规说：“兵法讲究进退有度，不能冒进。桓氏家族世代居住在西楚，部下都会为他们尽力；桓振勇猛冠绝三军，难以与他正面抗衡。我们暂且停战休整，养精蓄锐，再用计策牵制他，不愁不能攻克。”何无忌不听。桓振在灵溪迎战，冯该领兵与他会合，何无忌等人大败，战死一千多人，退回寻阳，与刘毅等人上书请罪。刘裕因刘毅负责统领各路军队，免去他的青州刺史职务。桓振任命桓蔚为雍州刺史，镇守襄阳。
柳约之、罗述、甄季之听说桓玄已死，从白帝进军，到达枝江时，得知何无忌等人在灵溪战败，也领兵撤退。不久，罗述、甄季之都生病去世，柳约之到桓振那里假装投降，想谋划袭击桓振，事情泄露，被桓振杀死。柳约之的司马时延祖、涪陵太守文处茂收拢残余部众，驻守涪陵。
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六月，毛璩派遣将领攻打汉中，斩杀桓希，毛璩自己兼任梁州刺史。
秋季七月戊申日，永安皇后何氏去世。
后燕苻昭仪生病，龙城人王荣自称能治好她。苻昭仪去世后，慕容熙把王荣绑在公车门，将他肢解后焚烧。
八月癸酉日，朝廷将穆章皇后安葬在永平陵。
北魏设置六谒官，仿照古代的六卿官职。
九月，刁骋谋反，被处死，刁氏家族就此覆灭。刁氏一向富裕，家奴门客横行霸道，独占山林湖泽，是京口的祸患。刘裕分散刁氏的财产积蓄，让百姓根据自己的力气去拿，一整天都没拿完。当时各州郡遭遇饥荒，百姓依靠这些财物得以渡过难关。
乞伏乾归与杨盛在竹岭交战，被杨盛打败。
这时，西凉公李暠立儿子李歆为世子。
北魏君主拓跋珪亲临昭阳殿，改任和补充百官，召集朝廷文武大臣，亲自选拔，根据才能授予官职。爵位分为四等：王爵封给大郡，公爵封给小郡，侯爵封给大县，伯爵封给小县。官职品级从第一到第四，过去有功但没有爵位的旧臣，追封爵位；宗室中血缘疏远的人以及异姓世袭封爵的人，根据情况降低爵位。又设置五等散官，品级从第五到第九；文官中才能出众的秀才、武官中能担任将帅的人，品级也等同于第五到第九；百官有空缺时，就从散官中选拔补充。北魏的官名大多不用汉、魏时期的旧称，而是仿照上古的龙官、鸟官，比如把各部门的使者称为“凫鸭”，取其飞行迅速的意思；把负责侦察的候官称为“白鹭”，取其伸长脖子远望的意思；其他官名也都类似这样。
卢循侵犯南海，攻打番禺。广州刺史濮阳人吴隐之坚守一百多天。冬季十月壬戌日，卢循趁夜袭击，攻陷番禺，烧毁官府和百姓房屋，活捉吴隐之。卢循自称平南将军，代理广州事务。他收集尸体焚烧后的骸骨，合葬在洲上，共得三万多具骷髅。又派徐道覆攻打始兴，活捉始兴相阮腆之。
刘裕兼任青州刺史。刘敬宣在寻阳囤积粮食、修缮船只，始终没有放松防备，所以何无忌等人虽然败退，依靠他得以重新振作。桓玄的侄子桓亮自称江州刺史，侵犯豫章，被刘