郡听说桓玄流亡，有人上奏表慰问他的起居，桓玄都不接受，反而命令各地祝贺他迁都江陵。
起初，王谧是辅佐桓玄篡位的核心大臣，桓玄接受禅让时，王谧亲手解下晋安帝的玺绶；等到桓玄战败，众人认为王谧应当被处死，刘裕却特意保全了他。刘毅曾在朝会时，问王谧皇帝的玺绶在哪里。王谧内心不安，逃到曲阿。刘裕写信给武陵王司马遵，请求迎接王谧回来恢复职位。
桓玄的侄子桓歆带领氐族首领杨秋侵犯历阳，魏咏之率领诸葛长民、刘敬宣、刘钟一起打败他们，在练固斩杀杨秋。
桓玄派武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭率领几千人到何澹之等人那里，共同驻守湓口。何无忌、刘道规到达桑落洲，庚戌日，何澹之等人率领水军迎战。何澹之平时乘坐的战船装饰着羽毛仪仗和旗帜，十分显眼，何无忌说：“贼寇首领肯定不在这艘船上，是想欺骗我们，应该尽快攻打它。”众人说：“何澹之不在里面，攻下它也没用。”何无忌说：“现在我们寡不敌众，作战不可能全胜，何澹之既然不在这艘船上，船上的士兵必定薄弱，我们用精锐兵力攻打，一定能攻下；攻下它，贼寇的气势就会受挫，我们的士气就会倍增，趁机逼近他们，一定能打败贼寇。”刘道规说：“好！”于是进军攻打并占领了那艘船，随即大声呼喊：“已经抓住何澹之了！”何澹之的军队顿时就陷入了混乱。何无忌的部下也信以为真，乘胜进攻何澹之等人，最终大败敌军。
何无忌等人攻克湓口，进军占据寻阳，派遣使者护送宗庙神主返回京城。朝廷加授刘裕都督江州诸军事。
桑落洲之战中，胡籓乘坐的战船被官军烧毁，胡籓穿着全套铠甲跳入水中，潜水三十多步，才得以登岸。当时去江陵的路已经断绝，他就返回豫章。刘裕一向听说胡籓为人忠诚正直，便征召他担任参领军军事。
这时，桓玄收拢荆州的兵力，不到三十天，就聚集了两万人，战船、武器装备十分充足。甲寅日，桓玄再次率领各路军队挟持晋安帝向东进军，任命苻宏为梁州刺史，担任前锋；又派散骑常侍徐放先行出发，劝说刘裕等人：“如果能撤军解甲，我会与你们重新开始，各自授予官职，保证你们不失名分。”
刘裕任命诸葛长民为都督淮北诸军事，镇守山阳；任命刘敬宣为江州刺史。
柔然可汗郁久闾社仑的堂弟郁久闾悦代大那谋划杀死社仑，没有成功，逃奔北魏。
后燕君主慕容熙在龙腾苑修建逍遥宫，房屋连在一起有几百间，还开凿了曲光海。当时正值盛夏，士兵得不到休息，中暑而死的人超过一半。
西凉世子李谭去世。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌人孟怀玉率领部众从寻阳向西进军，五月癸酉日，与桓玄在峥嵘洲相遇。刘毅等人的兵力不足一万人，而桓玄的士兵有几万人，众人都很畏惧，想退回寻阳。刘道规说：“不行！敌众我寡，强弱形势不同，现在如果畏惧退缩，必定会被敌军趁机进攻，就算退回寻阳，又怎能守住呢！桓玄虽然盗用名义自称雄豪，内心其实胆怯；再加上他已经战败逃跑过，部众没有坚定的斗志。在战场上决战，意志坚定的一方能取胜，不在于人数多少。”于是指挥部众率先前进，刘毅等人紧随其后。
桓玄常常在战船旁系着小船，以防战败逃跑，因此部众没有斗志。刘毅等人乘风放火，全军精锐奋勇争先，桓玄的军队大败，他烧毁辎重，连夜逃跑。郭铨向刘毅投降。桓玄过去的部将刘统、冯稚等人聚集四百名党羽，袭取并攻破寻阳城。刘毅派遣建威将军刘怀肃讨伐，平定了叛乱。刘怀肃是刘怀敬的弟弟。
桓玄挟持晋安帝乘坐单船向西逃跑，把永安何皇后和王皇后留在巴陵。殷仲文当时在桓玄的战船上，请求离开，乘坐别的船去收拢逃散的士兵，趁机背叛桓玄，侍奉两位皇后逃往夏口，随后返回建康。
己卯日，桓玄与晋安帝到达江陵。冯该劝说桓玄再次东下决战，桓玄不同意，想逃往汉中投奔桓希，但人心涣散，命令无法推行。庚辰日夜里，桓玄安排好出发事宜，城内却已大乱，他只好与一百多名亲信侍从骑马从城西逃出。到城门时，身边的人在暗中砍杀桓玄，但没有砍中，他的部下反而互相残杀，尸体横七竖八。桓玄勉强逃到船上，随从四处逃散，只有卞范之在身边。
辛巳日，荆州别驾王康产侍奉晋安帝进入南郡官署居住，太守王腾之率领文武官员担任侍卫。
桓玄准备前往汉中，屯骑校尉毛修之是毛璩的侄子，引诱桓玄进入蜀地，桓玄听从了他。宁州刺史毛璠是毛璩的弟弟，在任上去世。毛璩派他哥哥的孙子毛佑之和参军费恬率领几百人，护送毛璩的灵柩返回江陵。壬午日，他们在枚回洲遇到桓玄。毛佑之、费恬迎击桓玄，箭如雨下，桓玄的宠臣丁仙期、万盖等人用身体遮挡桓玄，都被射死。益州督护汉嘉人冯迁抽出刀，上前准备砍杀桓玄，桓玄取下头上的玉簪给他，说：“你是什么人，敢杀天子！”冯迁说：“我杀的是弑君叛国的贼寇！”于是斩杀桓玄，又杀死桓石康、桓浚、庾赜之，活捉桓昇押送到江陵，在街市上斩首。晋安帝在江陵恢复帝位，任命毛修之为骁骑将军。甲