王恭十分高兴。
四月初六（甲戌），王恭上奏朝廷，列举王国宝的罪状，起兵讨伐他。
起初，晋孝武帝信任重用王珣，可孝武帝突然去世后，王珣没能被任命为顾命大臣，一朝失势，从此就只是沉默寡言、随波逐流。四月初九（丁丑），王恭的奏表送到朝廷，朝廷内外立即戒严，司马道子问王珣：“两个地方长官（王恭、殷仲堪）发动叛乱，你知道吗？”王珣说：“朝政的得失，我没有参与；王恭、殷仲堪起兵作乱，我怎么会知道！”
王国宝十分惶恐，不知道该怎么办，便派了几百人去戍守竹里（今江苏南京北），夜里遇上刮风下雨，士兵们便各自溃散回家。王绪劝说王国宝，假传司马道子的命令，征召王珣、车胤入朝，把他们杀死，借此除掉朝廷中有名望的人，然后挟持君主和宰相，出兵讨伐王恭、殷仲堪。王国宝答应了。
王珣、车胤来到后，王国宝又不敢杀害他们，反而向王珣请教对策。王珣说：“王恭、殷仲堪和你一向没有深仇大恨，你们之间争夺的不过是权势利益罢了。”王国宝说：“你是要把我比作曹爽吗？（曹爽是三国时曹魏大臣，因专权被司马懿诛杀，王国宝担心自己落得同样下场）”王珣说：“你这是什么话！你难道有曹爽那样的罪过，王恭又岂是司马懿那样的人？”
王国宝又向车胤请教，车胤说：“过去桓温围困寿阳（今安徽寿县），用了很长时间才攻克。如今朝廷如果派兵讨伐王恭，他必定会据城坚守。要是京口（王恭的治所，今江苏镇江）还没攻克，而殷仲堪从上游（荆州）率军突然赶到，你该如何应对呢？”王国宝更加恐惧，于是上奏朝廷，请求解除自己的官职，前往皇宫门口等待治罪。
可不久他又后悔了，谎称朝廷下了诏书，恢复他的原有官职。司马道子愚昧懦弱，想姑息迁就王恭，就把罪责都推到王国宝身上，派骠骑咨议参军、谯王司马尚之，逮捕王国宝，把他交给廷尉（掌管司法的官员）处置。司马尚之是司马恬的儿子。
四月十六日（甲申），朝廷赐王国宝自杀，在闹市斩杀了王绪，还派使者去见王恭，并诚恳地道歉，承认自己的过失；王恭于是撤兵，返回京口。王国宝的哥哥、侍中王恺，骠骑司马王愉，都请求解除官职；司马道子因王恺、王愉和王国宝是异母兄弟，且一向不和，就都赦免了他们，没有追究。四月二十日（戊子），朝廷宣布大赦。
殷仲堪虽然之前答应了王恭，却一直犹豫不决，不敢出兵；直到听说王国宝等人已经被杀，才上奏朝廷，正式起兵，派杨佺期驻扎在巴陵（今湖南岳阳）。司马道子写信劝止他，殷仲堪于是率军退回荆州。
会稽王司马道子的世子司马元显，年仅十六岁，却有出众的才能，担任侍中一职。他劝说司马道子：王恭、殷仲堪最终必定会成为祸患，请求暗中做好防备。司马道子于是任命司马元显为征虏将军，把自己卫将军府的兵力以及徐州的文武官员，全部调配给司马元显统领。
魏军这边，魏王拓跋珪因军中粮草不足，便命令东平公拓跋仪撤离邺城，转移到巨鹿（今河北巨鹿）驻扎，并在杨城囤积粮草。慕容详派出六千名步兵，趁魏军不备，突袭魏军的各个营寨；拓跋珪率军击败燕军，斩杀五千人，生擒七百人，随后把俘虏全都释放了。
起初，张掖（今甘肃张掖）的卢水胡人沮渠罗仇，是匈奴沮渠王的后代，家族世代担任部落首领。后凉王吕光任命沮渠罗仇为尚书，让他跟随自己讨伐西秦。等到吕延战败身死，沮渠罗仇的弟弟、三河太守沮渠麹粥对他说：“君主（吕光）年老昏聩，又轻信谗言，如今军队战败、大将战死，正是他猜忌有勇有谋之人的时候。我们兄弟必定不会被他容忍，与其死得不明不白，不如率领士兵向西平（今青海西宁）进军，从苕藋（今甘肃张掖东）出兵，振臂一呼，平定凉州不在话下。”
沮渠罗仇说：“你说的确实有道理。但我们家族世代在河西地区以忠孝闻名，宁可别人辜负我，我也不忍心辜负别人。”吕光果然听信谗言，以战败的罪名，处死了沮渠罗仇和沮渠麹粥。沮渠罗仇的侄子沮渠蒙逊，性格雄健杰出，富有谋略，还广泛阅读诗书史籍。他护送沮渠罗仇、沮渠麹粥的灵柩回乡安葬；各部落中，很多人与沮渠家有亲属或联姻关系，前来参加葬礼的一共有一万多人。
沮渠蒙逊哭着对众人说：“吕光昏庸无道，滥杀无辜。我的先祖，曾在河西地区称霸一方，如今我想和各部落一起，为两位叔父报仇，恢复先祖的基业，大家愿意吗？”众人都高呼万岁。于是沮渠蒙逊与各部落结盟起兵，攻打后凉的临松郡（今甘肃张掖南），攻克郡城后，在金山（今甘肃张掖北）屯兵据守。
这时，东晋司徒左长史王廞，是王导的孙子，因母亲去世，在吴地（今江苏苏州一带）守丧。王恭讨伐王国宝时，以朝廷名义任命王廞代理吴国内史，让他在东部地区起兵响应。王廞派前任吴国内史虞啸父等人，前往吴兴（今浙江湖州）、义兴（今江苏宜兴）招募士兵，前来投奔的人有上万人。
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不久，王国宝被杀，