庚午日，才返回洛阳。
这时的岑彭带兵驻扎在津乡，多次攻打田戎等人，可是一直没打赢。刘秀就派吴汉带着诛虏将军刘隆等三位将领，又从荆州调集了六万多士兵、五千骑兵，让他们和岑彭在荆门会合。岑彭准备了几十艘战船，可是吴汉觉得各郡那些划船的士兵太能吃粮食了，就想把他们都遣散回家。但岑彭认为蜀地的敌军势力很强，要是打仗的话就不能少了这些人，于是就给刘秀写报告说明这边的情况。刘秀回复岑彭说：吴汉平时习惯指挥步兵和骑兵，他不太懂水战，荆门这边的事儿，就全听岑彭的。
闰月的时候，岑彭就在军队里招募敢去攻打敌军浮桥的勇士，还说第一个冲上浮桥的有重赏。偏将军鲁奇报名参加。当时刮着大风，鲁奇的船逆流冲向浮桥，结果浮桥上的柱子装着倒钩，船被钩住没法前进。鲁奇他们就趁着这个机会拼命战斗，拿着火把烧浮桥，风一吹，火势就更猛了，浮桥上的楼都被烧着了。岑彭则是趁着顺风，就带着大军一起进攻，结果蜀军被打得大乱，好几千人掉进水里淹死了，任满被杀，程泛被活捉，田戎逃到江州死守。
这时岑彭就给刘秀上书，推荐刘隆当南郡太守，自己则带着辅威将军臧宫、骁骑将军刘歆一路打到江关。岑彭下令军队不许抢夺老百姓的东西，他们路过的地方，百姓都带着牛和酒来慰劳，但他都拒绝了。对此，老百姓那是特别高兴，就争着打开城门投降。这时的刘秀下诏书，让岑彭当益州牧，打下的郡县，暂时都由他管理。要是岑彭离开这个地方，就把太守的位置交给后将军。对此，岑彭还选拔了一些优秀的官员，并让他们到州里当长官。
岑彭到了江州后，就发现江州城又坚固，粮食又充足，一时半会儿肯定打不下来，就留下冯骏守着，自己则是带着兵继续往垫江打，打下平曲后，缴获了几十万石粮食。此时的吴汉留在夷陵，他准备好了露桡船，也继续往前进发。
到了夏天，先零羌侵犯临洮。来歙就推荐马援为陇西太守。随后，马援就率军攻打先零羌，最终大败羌军。
此时的公孙述让王元当将军，和领军环安一起镇守河池。六月的时候，来歙、盖延等人就去攻打王元、环安，结果把他们打得大败，然后就顺利的拿下了下辨，他们还想乘胜追击。蜀地这边的士兵知道消息后，直接就慌了神，为了阻止他们前进，蜀地的将领就派了刺客去暗杀来歙。来歙虽然没当场被刺死，但也受了重伤，他赶紧把盖延叫过来。盖延见到来歙伤成那样，直接趴在地上痛哭，头都不敢抬。
来歙看到盖延这样子，就生气地骂道：“虎牙将军！你怎么这么没出息！我现在被刺客伤成这样，以后没法再为国家效力了，我叫你来是想把军事托付给你，可你倒好，像个小孩子一样只会哭！我身上虽然带着伤、插着刀，但难道就不能调兵遣将，下令斩杀敌人吗？”盖延这才擦干眼泪，勉强振作起来，听从来歙的安排。
来歙强撑着一口气，亲自给刘秀写了奏章说：“陛下，我在夜里被人刺杀，伤到了要害。我倒不是可惜自己的性命，只是遗憾没能完成使命，给朝廷丢脸了。治理国家的关键就在于选拔贤才，太中大夫段襄为人正直，能担当重任，希望陛下多留意一下。还有，我的兄弟们不成器，恐怕以后会犯错，希望陛下能多多管教他们。”写完之后，来歙就扔下笔，抽出刀自杀了。
刘秀得知消息后，那是又震惊又悲痛，读着奏章泪流不止，随后就让扬武将军马成接替来歙当中郎将。来歙的灵柩运回洛阳时，刘秀还亲自穿着素服去吊唁、送葬。
这时的赵王刘良跟着刘秀送葬完来歙后，回城进夏城门的时候，就和中郎将张邯抢道。刘良大声呵斥张邯把车掉头，还把管城门的门候叫来，让人家往前走了几十步。司隶校尉鲍永知道后，就立刻上奏弹劾说：“刘良没有一点作为藩王的礼节，这是大不敬的行为！”刘良可是皇亲国戚，身份尊贵，鲍永还敢弹劾他，这一下，朝廷上下都对鲍永肃然起敬。
后来，鲍永征召扶风人鲍恢当都官从事，这鲍恢也是个刚正不阿、不怕权贵的人。刘秀都说：“现在皇亲国戚们都得老实点，离这俩姓鲍的远点。”鲍永去各县巡查，路过更始帝的陵墓时，还专门下车跪拜，痛哭了一场才离开。当他走到扶风的时候，他还杀了头牛去祭奠苟谏的坟墓。刘秀听说后就不太高兴，就问大臣们：“鲍永这么做，你们觉得合适吗？”太中大夫张湛说：“讲仁爱是做人的根本，讲忠诚是道义的准则。有仁爱之心的人不会忘记老朋友，忠诚的人不会忘记君主，鲍永这么做，是高尚的行为。”刘秀听了这番话，才不再生气了。
这时的刘秀亲自率军去征讨公孙述；秋天七月的时候，大军就驻扎在了长安。
公孙述派出手下将领延岑、吕鲔、王元、公孙恢，让他们带着全部兵力在广汉和资中抵抗汉军的进攻，又派侯丹带领两万多人镇守黄石。而岑彭这边，就安排臧宫带着投降过来的五万士兵，从涪水上游来到平曲，以此来挡住延岑的部队，自己则是分兵乘船顺江回到江州，再逆都江而上，突袭侯丹，结果把侯丹打得大败。紧接着，岑彭就马不停蹄的日夜赶路，一口气奔袭了两千多里