多边兽初号机点了点头，操控数据流形成一道绳索，将雷德、洛拉和黑豆从漏洞中拉了出来。三人刚一出来，杀毒导弹就爆炸了，漏洞被彻底炸毁。
雷德和洛拉吓出了一身冷汗，对着林孝说道：“谢……谢谢你救了我们！”
“现在不是说这个的时候，快跑！”林孝没有回头，继续朝着传送装置的方向跑去。
接下来的逃亡过程更加惊险。杀毒导弹像是长了眼睛一样，紧紧地跟在他们身后。电脑世界的环境也变得越来越恶劣，到处都是炸毁的代码墙壁和混乱的数据流。小智和林孝好几次都差点被爆炸波及，幸好有多边兽初号机的保护，才化险为夷。
雷德和洛拉也收起了之前的嚣张气焰，拼命地奔跑着。黑豆则紧紧地抓着洛拉的衣服，吓得瑟瑟发抖：“太可怕了！我再也不要来电脑世界了！”
经过一番惊心动魄的逃亡，他们终于看到了传送装置的入口。入口处闪烁着蓝色的光芒，像是黑暗中的灯塔。“就是那里！快进去！”秋叶原博士的声音从通讯器中传来。
小智和林孝率先冲进了传送装置。雷德、洛拉和黑豆也紧随其后，跳进了传送装置中。就在他们进入传送装置的瞬间，一枚杀毒导弹朝着传送装置的入口爆炸开来。巨大的冲击波将传送装置炸毁，电脑世界的入口也被关闭了。
下一秒，小智和林孝的身体重新凝聚成形，回到了现实世界的实验室中。雷德、洛拉和黑豆也跟着出现在实验室里，他们刚一落地，就累得瘫倒在地，大口大口地喘着粗气。
然而，还没等他们缓过神来，实验室的外面就传来了一声巨大的爆炸声。整个实验室都剧烈地晃动起来，天花板上的石块和灰尘纷纷掉落。“不好！是杀毒导弹的余波！实验室要塌了！”秋叶原博士大喊道。
“快跑！”小智拉起林孝的手，朝着实验室的门口跑去。雷德、洛拉和黑豆也连忙爬起来，跟在他们身后跑了出去。
他们刚跑出实验室，整个实验室就轰然倒塌，变成了一片废墟。杀毒导弹的余波还在扩散，周围的地面都被震得裂开了一道道缝隙。
小智和林孝站在废墟前，看着倒塌的实验室，心有余悸。秋叶原博士则蹲在地上，看着废墟，心疼地说道：“我的实验室……我的研究成果……”
就在这时，宝可梦中心的乔伊小姐带着一群护士和训练家跑了过来。“秋叶原博士，小智先生，林孝先生，你们没事吧？”乔伊小姐焦急地问道。
“我们没事。”林孝摇了摇头，然后指了指旁边瘫倒在地的雷德、洛拉和黑豆，“火箭队的人在这里，是他们破坏了寄放系统，偷走了多边兽0号机。”
乔伊小姐和周围的训练家们立刻愤怒地围了上去。雷德和洛拉刚想反抗，就被训练家们制服了。“可恶！你们放开我们！”雷德挣扎着喊道。
“乔伊小姐，麻烦你联系君莎小姐，让她过来处理一下。”林孝说道。乔伊小姐点了点头，立刻拿出通讯器联系君莎小姐。
过了一会儿，君莎小姐带着警员赶到了现场。她将雷德、洛拉和黑豆逮捕起来，戴上了手铐。“你们这些火箭队的成员，又在进行非法活动！这次我一定会把你们绳之以法！”君莎小姐严肃地说道。
雷德、洛拉和黑豆被警员押上了警车，临走时还不忘大喊：“可恶的小智！可恶的林孝！我们还会回来的！”
就在这时，秋叶原博士的通讯器响了起来。他接起通讯器，听了几句后，脸上露出了惊喜的笑容：“太好了！宝可梦寄放系统恢复正常了！消失的宝可梦都回来了！”
“真的吗？太好了！”周围的训练家们听到这话，都兴奋地欢呼起来。乔伊小姐也开心地说道：“太好了！这样一来，大家就可以找回自己的宝可梦了！”
原来，在小智和林孝修复了电脑世界中的阻塞，并且火箭队的干扰信号消失后，宝可梦寄放系统就自动恢复了正常。那些被拦截的宝可梦，也都被成功传送回了原来的存储终端。
虽然秋叶原博士的实验室被炸毁了，但宝可梦寄放系统恢复了正常，大量珍贵的宝可梦也失而复得。小智和林孝看着欢呼的人群，脸上也露出了欣慰的笑容。
“真是一场惊险的冒险啊！”小智感叹道。林孝点了点头：“是啊，但我们最终还是解决了问题，还抓住了火箭队的人。这就是我们作为宝可梦训练家的责任。”
秋叶原博士走到他们面前，感激地说道：“小智先生，林孝先生，真的太谢谢你们了！如果不是你们，我真不知道该怎么办才好。虽然我的实验室没了，但只要多边兽初号机还在，我的研究就可以继续下去。”
“不用客气，这是我们应该做的。”小智笑着说道。
告别秋叶原博士和马察市的训练家们，快龙与喷火龙再次载着小智和林孝冲上云霄。经历了电脑世界的惊险逃亡，两人的心情都渐渐平复，和煦的风拂过脸颊，带着山林间清新的草木气息，让人心旷神怡。
“林孝先生，接下来我们要去哪里呀？”小智坐在喷火龙背上，伸手摸了摸身旁