元和二年，公元807年春季正月辛卯日，宪宗前往圆丘祭祀上天，大赦天下。
宪宗因杜佑年高德劭，对他礼遇厚重，常常称呼他为司徒而不直呼其名。杜佑因年老多病，请求辞官退休。宪宗下诏，允许杜佑每月入朝觐见不超过两三次，入朝时便前往中书省参议国家大政，其余时间任凭他返回樊川家中休养。
门下侍郎、同平章事杜黄裳，有经国济世的雄才大略，却不拘小节，因此不能长期身居宰相之位。乙巳日，朝廷任命杜黄裳为同平章事，充任河中、晋、绛、慈、隰节度使。己酉日，任命户部侍郎武元衡为门下侍郎，翰林学士李吉甫为中书侍郎，二人皆担任同平章事。李吉甫得知任命后，感动落泪，对中书舍人裴垍说：“我流落在江淮地区，超过十五年，如今一朝蒙受皇恩，得到这样的高位。想要报答陛下的恩德，唯有举荐贤才。但朝廷中后起之秀，我很少有机会结交相识，你有精准的识人眼光，希望能把贤才的名字都告诉我。”裴垍随即提笔写下三十多人的名字，短短数月之间，这些人几乎都被选拔任用。当时的人们都一致称赞李吉甫善于选拔人才。
二月癸酉日，邕州上奏，称击败了黄贼，俘获其首领黄承庆。
夏季四月甲子日，朝廷任命右金吾大将军范希朝为朔方、灵、盐节度使，将右神策军以及盐州、定远的驻军划归他统领，以此革除以往的弊端，让边将能够自主执掌军务。
秋季八月，刘济、王士真、张茂昭因私人恩怨产生争执，接连上表朝廷，请求治对方的罪。戊寅日，朝廷任命给事中房式为幽州、成德、义武宣慰使，前往调解三方矛盾。
九月乙酉日，密王李绸去世。
夏州、蜀地平定之后，藩镇节度使都心生畏惧，大多请求入朝觐见。镇海节度使李锜也感到不安，主动请求入朝，宪宗批准了他的请求。宪宗派遣宦官前往京口安抚慰问，并且犒劳他的将士。李锜虽然任命判官王澹为留后，实则根本没有入朝的打算，屡次拖延启程日期。王澹和朝廷派来的宦官多次劝说他入朝，李锜心中不悦，便上表称自己身患疾病，请求等到年底再入朝。宪宗就此询问宰相的意见，武元衡说：“陛下刚刚执掌朝政，李锜请求入朝就允许他入朝，请求暂缓就允许他暂缓，去留的决定权都在李锜手中，陛下还凭什么号令天下呢！”宪宗认为他说得有理，便下诏征召李锜入朝。李锜的伎俩用尽，于是起兵谋反。王澹执掌留后事务之后，对军府的各项事务进行了不少整顿和安排，李锜心中更加不满，暗中指示亲兵杀死王澹。恰逢朝廷要为将士们发放冬季的服装，李锜全副武装，坐在军帐之中，王澹和宦官进来拜见，有数百名士兵在庭院中鼓噪喊道：“王澹是什么人，竟敢擅自主持军务！”随即把王澹拖下台阶，将他分食；大将赵琦出面安抚制止，也被士兵们分食；士兵们还把刀架在宦官的脖子上，大声辱骂，准备将他杀死。李锜假装受惊，起身救下宦官。
冬季十月己未日，朝廷下诏征召李锜入朝担任左仆射，任命御史大夫李元素为镇海节度使。庚申日，李锜上表谎称军中发生兵变，杀死了留后王澹和大将赵琦。此前，李锜挑选了五名心腹担任所辖五州的镇将，姚志安驻守苏州，李深驻守常州，赵惟忠驻守湖州，丘自昌驻守杭州，高肃驻守睦州，每人统领数千士兵，负责监视各州刺史的动向。到这时，李锜下令让他们分别杀死各州刺史，又派遣牙将庾伯良率领三千士兵修筑石头城。常州刺史颜防采纳门客李云的计策，假传朝廷制书，自称招讨副使，斩杀李深，还向苏州、杭州、湖州、睦州发布檄文，请求各州共同进兵讨伐李锜。湖州刺史辛秘暗中招募了数百名乡里子弟，在夜间突袭赵惟忠的军营，将他斩杀。苏州刺史李素被姚志安击败，生擒后押送给李锜，李锜给李素戴上镣铐，将他钉在船舷上。船还没到京口，恰逢李锜兵败，李素才得以幸免。乙丑日，朝廷颁布制书，削夺李锜的官爵以及宗室属籍。任命淮南节度使王锷统领各道兵马，担任招讨处置使；征调宣武、义宁、武昌的军队，连同淮南、宣歙的军队一同从宣州出兵，江西的军队从信州出兵，浙东的军队从杭州出兵，共同讨伐李锜。
高崇文在蜀地任职满一年，一天，他对监军说：“我高崇文原本是河朔地区的一名士兵，侥幸立下战功，才得以升任到现在的职位。西川是宰相往来任职的地方，我占据这个职位已经很久了，怎敢心安理得呢！”他屡次上表朝廷，称“蜀地安定太平，我没有机会为国效力，希望能前往边疆，为国效死”。宪宗想要挑选能够接替高崇文的人，却很难找到合适的人选。丁卯日，朝廷任命门下侍郎、同平章事武元衡为同平章事，充任西川节度使。
李锜认为宣州物产丰饶，想要先攻取此地，于是派遣兵马使张子良、李奉仙、田少卿率领三千士兵袭击宣州。三人料定李锜必然会失败，便与牙将裴行立一同谋划讨伐李锜。裴行立是李锜的外甥，因此对李锜的密谋了如指掌。三位将领在城外安营扎寨，即将出兵的时候，召集士兵们晓谕说：“李仆射谋反叛逆，官军已经从四面八方集结而来，常州、湖州的两位镇将接连被杀，他的势力已经穷蹙。现在他竟然想让我