大权，与百济王丰的猜忌日渐加深。福信称病，躺在密室中，想等丰前来探病时将其杀害。丰得知了他的阴谋，率领亲信袭击并杀死福信，然后派使者前往高丽、倭国请求援军，以抵御唐军。
龙朔二年，公元663年八月壬寅日，任命许敬宗为太子少师、同东西台三品、掌管西台事务。
九月戊寅日，首次下令八品、九品官员穿青色官服。
冬季十月丁酉日，皇帝前往骊山温泉，太子监国；丁未日，返回宫中。庚戌日，西台侍郎陕州人上官仪任同东西台三品。癸丑日，下诏定于四年正月在泰山举行封禅大典，并于次年二月前往东都。
左相许圉师的儿子奉辇直长许自然，打猎时践踏百姓田地，田主发怒，许自然用响箭射他。许圉师杖责许自然一百下，却没有上报朝廷。田主到司宪衙门告状，司宪大夫杨德裔不予审理。西台舍人袁公瑜派人改名换姓上奏告发此事，皇帝说：“许圉师身为宰相，欺凌百姓，隐瞒不报，难道不是作威作福！”许圉师谢罪说：“我位居宰相，以正直侍奉陛下，未能完全满足众人之心，所以被人攻击揭发。至于作威作福的人，要么手握重兵，要么身居重镇；我作为文官，侍奉圣明君主，只知闭门自守，怎敢作威作福！”皇帝发怒说：“你怨恨自己没有兵权吗！”许敬宗说：“臣子如此狂妄，罪该万死。”当即下令将许圉师带出去。下诏特免其死罪，罢官免职。癸酉日，册立皇子李旭轮为殷王。
十二月戊申日，下诏因正讨伐高丽、百济，河北百姓苦于征役，停止封禅泰山和前往东都的计划。
风海道总管苏海政奉命讨伐龟兹，朝廷敕令兴昔亡、继往绝二可汗发兵协同作战。抵达兴昔亡可汗领地时，继往绝素来与兴昔亡有怨恨，秘密对苏海政说：“阿史那弥射（兴昔亡可汗）谋反，请诛杀他。”当时苏海政兵力仅有数千，召集军吏商议：“如果弥射谋反，我们都会死无葬身之地，不如先下手杀了他。”于是假传圣旨，让大总管携带数万段丝帛赏赐可汗及各酋长，兴昔亡率领部下前来受赏时，苏海政将他们全部逮捕斩首。鼠尼施、拔塞干两部逃走，苏海政与继往绝追击，平定了这两部。军队返回途中，到疏勒以南时，弓月部又带领吐蕃兵前来，想与唐军交战；苏海政因军队疲惫不敢迎战，用军用物资贿赂吐蕃，结盟后返回。从此西突厥各部落都认为兴昔亡可汗冤枉，各自产生离心。继往绝不久去世，十姓部落失去首领，阿史那都支及李遮匐收拢残余部众归附吐蕃。
这一年，西突厥侵犯庭州，刺史来济领兵抵御，对部下说：“我早就该死了，有幸承蒙保全到今日，应当以身报国！”于是不解铠甲，冲入敌阵战死。
龙朔三年，公元663年春季正月，左武卫将军郑仁泰讨伐铁勒反叛残余势力，全部平定。乙酉日，任命李义府为右相，仍掌管选官事务。
二月，将燕然都护府迁至回纥境内，改名为瀚海都护府；将原瀚海都护府迁至云中古城，改名为云中都护府。以沙漠为界，沙漠以北的州府都隶属于瀚海都护府，沙漠以南的隶属于云中都护府。
三月，许圉师再次被贬为虔州刺史，杨德裔因结党徇私流放庭州，许圉师的儿子许文思、许自然都被免官。
右相河间郡公李义府掌管选官事务，依仗武后势力，专以卖官鬻爵为业，选官毫无章法，民怨沸腾，皇帝也有所耳闻，从容对李义府说：“你的儿子和女婿很不谨慎，常做非法之事。我还为你遮掩，你应当严加管教！”李义府勃然变色，脖颈、脸颊涨得通红，说：“谁告诉陛下的？”皇帝说：“只我说情况如此，何必追问我消息来源！”李义府毫无悔意，缓步离去。皇帝从此对他不满。
望气者杜元纪说李义府的住宅有监狱之气，应积聚二十万缗钱来镇压，李义府深信不疑，搜刮钱财更加急切。李义府为母亲守丧期间，初一、十五朝廷给哭丧假期，他总是穿便服与杜元纪出城向东，登上古坟观望气色，有人告发李义府窥探灾异，暗中有异谋。又有人告发他的儿子右司议郎李津召见长孙无忌的孙子长孙延，收受七百缗钱，任命长孙延为司津监，右金吾仓曹参军杨行颖告发了此事。夏季四月乙丑日，将李义府下狱，派司刑太常伯刘祥道与御史、详刑官员共同审讯，又命司空李积监督。经查证事情属实。戊子日，下诏将李义府削除官籍，流放巂州；李津削除官籍，流放振州；诸子及女婿都被削籍，流放庭州。朝野上下无不称庆。
有人撰写《河间道行军元帅刘祥道破铜山大贼李义府露布》，张贴在交通要道。李义府掠夺了很多奴婢，败落后奴婢各自逃回自家，所以露布中说：“混杂奴婢而随意释放，各自认出家门争相涌入。”乙未日，在新罗国设置鸡林大都督府，任命金法敏为大都督。
丙午日，蓬莱宫含元殿建成，皇帝开始迁移仪仗居住，将原来的宫殿改名为西内。戊申日，皇帝首次亲临紫宸殿处理朝政。
五月壬午日，柳州蛮酋长吴君解反叛；朝廷派冀州长史刘伯英、右武卫将军冯士翙征发岭南兵讨伐。
吐蕃与吐谷浑互相