贞观二十三年，公元649年春季正月辛亥日，龟兹王布失毕及其丞相那利等人被押送到京城，太宗对他们加以责备后予以释放，任命布失毕为左武卫中郎将。西南地区的徒莫祗等蛮族归附唐朝，朝廷在其居住地设置傍、望、览、丘四州，隶属于朗州都督府。
太宗因突厥车鼻可汗不来入朝，派遣右骁卫郎将高侃征调回纥、仆骨等部族兵力袭击他。军队进入车鼻可汗的领地后，各部落相继前来投降。拔悉密部的吐屯肥罗察投降，朝廷在其居住地设置新黎州。
二月丙戌日，设置瑶池都督府，隶属于安西都护府；戊子日，任命左卫将军阿史那贺鲁为瑶池都督。
三月丙辰日，设置丰州都督府，任命燕然都护李素立兼任都督。
去年冬天发生旱灾，到这时才降下雨水。辛酉日，太宗勉强支撑病体来到显道门外，大赦天下。丁卯日，下诏命太子在金液门处理政务。
夏季四月乙亥日，太宗前往翠微宫。
太宗对太子说：“李世积才智有余，但你对他没有恩惠，恐怕他不能真心归顺你。我现在将他贬官外放，如果他接到诏令后立刻动身，等我死后，你可任命他为仆射，亲近信任他；如果他徘徊观望，就把他杀掉。”五月戊午日，任命同中书门下三品李世积为叠州都督；李世积接到诏令后，没有回家就直接前往叠州赴任。
辛酉日，开府仪同三司卫景武公李靖去世。
太宗的腹泻病加重，太子日夜不离身边，有时连日不进食，头发都有变白的。太宗流泪说：“你能这样孝顺关爱我，我死也没有遗憾了！”丁卯日，太宗病情危急，召长孙无忌进入含风殿。太宗躺在床上，伸手抚摸长孙无忌的脸颊，长孙无忌痛哭不止；太宗最终没能说出话来，于是让长孙无忌退出。己巳日，太宗再次召长孙无忌和褚遂良进入卧室，对他们说：“我现在把后事全部托付给你们。太子仁厚孝顺，你们是知道的，要好好辅佐他！”又对太子说：“有无忌、遂良在，你不用担心天下大事！”还对褚遂良说：“无忌对我尽忠尽力，我能拥有天下，他功劳很大。我死后，不要让奸谗小人离间你们。”随即命令褚遂良草拟遗诏。过了一会儿，太宗驾崩。
太子抱住长孙无忌的脖子，痛哭得几乎晕厥。长孙无忌擦干眼泪，请求太子处理各项事务以安定朝廷内外。太子仍哀号不止，长孙无忌说：“先帝把宗庙社稷托付给殿下，怎能像普通人那样只知哭泣呢！”于是秘不发丧。庚午日，长孙无忌等人请求太子先返回京城，精锐骑兵、禁军以及旧部将领都随同前往。辛未日，太子进入京城；太宗的灵柩用御马运载，侍卫随从如同平日一样，跟随太子之后抵达京城，停放在两仪殿。任命太子左庶子于志宁为侍中，少詹事张行成兼任侍中，检校刑部尚书、右庶子兼吏部侍郎高季辅兼任中书令。壬申日，在太极殿发布太宗驾崩的消息，宣读遗诏，太子即位。军国大事，不可中断停滞；日常琐碎事务，委托相关部门处理。诸王担任都督、刺史的，都允许前来奔丧，但濮王李泰不在奔丧之列。取消辽东的战事以及各项土木工程。在朝廷任职和前来朝贡的四方蛮夷数百人，听到太宗驾崩的消息后都痛哭流涕，有的剪发、划脸、割耳，鲜血洒在地上。
六月甲戌朔日，高宗即位，大赦天下。丁丑日，任命叠州都督李世积为特进、检校洛州刺史、洛阳宫留守。
此前，太宗有两个名字，下令天下只要不连称其名就无需避讳；到这时，才开始修改官职名称中触犯先帝名讳的字。
癸未日，任命长孙无忌为太尉，兼检校中书令，掌管尚书省、门下省事务。长孙无忌坚决推辞掌管尚书省事务，高宗同意了，仍任命他以太尉身份同中书门下三品。癸巳日，任命李世积为开府仪同三司、同中书门下三品。
阿史那社尔击败龟兹时，行军长史薛万备请求借着军队的威势劝说于阗王伏阇信入朝，阿史那社尔听从了他的建议。秋季七月己酉日，伏阇信跟随薛万备入朝，高宗下诏让他谒见太宗的灵柩。
八月癸酉日夜，发生地震，晋州最为严重，压死五千余人。庚寅日，将太宗文皇帝安葬在昭陵，庙号太宗。阿史那社尔、契苾何力请求自杀殉葬，高宗派人传达太宗的遗旨，不允许他们殉葬。被先帝擒服的蛮夷君主首领颉利等人共十四人，都被雕刻成石像，刻上姓名排列在昭陵北司马门内。
丁酉日，礼部尚书许敬宗上奏称弘农府君庙应当拆毁，请求将神主安放在西夹室；高宗采纳了他的建议。
九月乙卯日，任命李世积为左仆射。
冬季十月，朝廷在突厥各部落设置舍利等五州，隶属于云中都督府；设置苏农等六州，隶属于定襄都督府。乙亥日，高宗询问大理卿唐临在押囚犯的人数，唐临回答说：“现有囚犯五十余人，只有两人应当处死。”高宗十分高兴。高宗曾亲自审查在押囚犯，前任大理卿判处的囚犯大多哭喊着喊冤，而唐临判处的囚犯却唯独没有怨言。高宗感到奇怪，询问其中的原因。囚犯说：“唐卿判处的刑罚，本来就没有冤枉我们。”高宗叹息许久，说：“掌管刑狱的人不应当这样吗！”
高宗任命吐蕃赞普松赞干布为驸马