到了公元636年春季正月甲午日，太宗开始亲自处理政务。辛丑日，下诏任命突厥拓设阿史那社尔为左骁卫大将军。社尔是处罗可汗的儿子，十一岁时就以智谋闻名。可汗任命他为拓设，在沙漠以北建立牙帐，与欲谷设分别统领敕勒各部，任职十年，从未向部众征收赋税。其他设（突厥官名）有的鄙视他不会聚敛富贵，社尔说：“部落如果富足，对我来说就足够了。”各位设都感到惭愧而心服。等到薛延陀反叛，击败欲谷设，社尔的军队也战败，率领残余部众退保西部边境。颉利可汗灭亡后，西突厥也发生内乱，咄陆可汗兄弟争夺汗位。社尔假意前往投降，率军袭击并攻破西突厥，占据了其近一半的土地，拥有十几万部众，自称答布可汗。社尔对各部说：“最先作乱攻破我国的是薛延陀，我应当为先可汗报仇，消灭他们。”各部都劝谏说：“刚夺取西方之地，应当暂且留下镇守安抚。如今仓促舍弃远去，西突厥必定会来收复旧地。”社尔不听，在沙漠以北攻打薛延陀，连续作战一百多天。恰逢咥利失可汗即位，社尔的部众苦于长期征战，大多离开社尔逃归。薛延陀出兵追击，社尔大败，退保高昌，剩下的旧部只有一万多家，又畏惧西突厥的逼迫，于是率领部众前来投降。太宗下令将他的部落安置在灵州以北，把社尔留在长安，迎娶皇妹南阳长公主，让他在苑内掌管屯兵事务。
癸丑日，朝廷改封赵王李元景为荆王，鲁王李元昌为汉王，郑王李元礼为徐王，徐王李元嘉为韩王，荆王李元则为彭王，滕王李元懿为郑王，吴王李元轨为霍王，豳王李元凤为虢王，陈王李元庆为道王，魏王李灵夔为燕王，蜀王李恪为吴王，越王李泰为魏王，燕王李佑为齐王，梁王李愔为蜀王，郯王李恽为蒋王，汉王李贞为越王，申王李慎为纪王。
二月乙丑日，下诏任命李元景为荆州都督，李元昌为梁州都督，李元礼为徐州都督，李元嘉为潞州都督，李元则为遂州都督，李灵夔为幽州都督，李恪为潭州都督，李泰为相州都督，李佑为齐州都督，李愔为益州都督，李恽为安州都督，李贞为扬州都督。李泰不到任，任命金紫光禄大夫张亮代理都督事务。太宗因为李泰喜好文学，礼遇士大夫，特意下令在他的府邸另外设置文学馆，允许他自行招揽学士。
三月丁酉日，吐谷浑王诺曷钵派遣使者请求颁布历法，推行唐朝年号，并派遣子弟入朝侍奉；太宗全部同意。丁未日，册封诺曷钵为河源郡王、乌地也拔勤豆可汗。
癸丑日，各位亲王前往藩地，太宗与他们告别说：“兄弟之情，难道不想长久共处吗！但因为天下重任在身，不得不这样做。儿子还可以再有，兄弟却不能复得。”于是流泪呜咽不止。
夏季六月壬申日，任命温彦博为右仆射，太常卿杨师道为侍中。
侍中魏征因眼疾多次请求辞去实职，担任散官，太宗不得已，任命魏征为特进，仍掌管门下省事务，朝廷礼仪、国家典章制度，都让他参与商议得失，流放以上的刑罚，都要详细审查后上奏；他的俸禄赏赐、下属官吏和士兵都与实职官员相同。长孙皇后性情仁孝节俭，喜好读书，常常与太宗从容商议古代之事，趁机劝善规过，对国家帮助很大。太宗有时会无故谴责宫女，皇后也假装发怒，请求亲自审问，趁机下令将宫女关押起来，等到太宗怒气平息后，再慢慢为她们申辩，因此宫中没有出现冤假错案。豫章公主早年丧母，皇后收养了她，对她的慈爱超过亲生女儿。妃嫔以下的人患病，皇后都亲自探望，停止自己的药膳来资助她们，宫中没有人不爱戴她。教导皇子们，常常把谦虚节俭放在首位，太子的乳母遂安夫人曾经对皇后说，东宫的器物用具太少，请求上奏增加。皇后不允许，说：“作为太子，担忧的是品德不能树立，名声不能传扬，怎么会担忧没有器物用具呢！”
太宗患病，多年不愈，皇后侍奉左右，昼夜不离。常常在衣带中系着毒药，说：“如果陛下有不测，我绝不独自活下去！”皇后一向患有气喘病，前年跟随太宗前往九成宫，柴绍等人深夜报告有变故，太宗披甲出宫询问情况，皇后带病跟随，左右的人劝阻她，皇后说：“陛下已经受惊，我怎么能安心呢！”因此病情加重。太子对皇后说：“医药都用尽了但病情没有好转，请求上奏赦免罪犯并度化僧人道士，或许能得到上天的福佑。”皇后说：“生死有命，不是人的智力所能改变的。如果行善有福气，那么我从未做过恶事；如果不是这样，胡乱祈求又有什么好处呢！赦免是国家的大事，不能多次颁布。佛教、道教是异端邪说，损害国家和百姓，都是陛下一向不做的事情，怎么能因为我一个妇人而让陛下做不应该做的事呢？如果一定要按你的话做，我不如尽快死去！”太子不敢上奏，便把这话私下告诉了房玄龄，房玄龄上报太宗，太宗很悲痛，想要为她赦免罪犯，皇后坚决制止了。
等到皇后病重，与太宗诀别。当时房玄龄因受谴责被罢官回家，皇后对太宗说：“房玄龄侍奉陛下很久，小心谨慎，周密细致，奇谋秘计，从未泄露，如果没有重大过错，希望陛下不要抛弃他。我的本族，因为亲戚关系得到禄位，既不是因为德行被举荐，这样容易招致祸患，想要让他们的