的建议。戊戌日，李轨派遣尚书左丞邓晓入朝拜见唐高祖，献上的文书中自称“皇从弟大凉皇帝臣轨”，却不接受唐朝的官爵。唐高祖大怒，扣留邓晓不让他返回，开始商议出兵讨伐李轨。
起初，隋炀帝亲自征讨吐谷浑，吐谷浑可汗伏允率领数千骑兵逃奔党项，隋炀帝立伏允在隋朝做人质的儿子顺为吐谷浑君主，让他统领剩余部众，但顺最终没能进入吐谷浑就返回了隋朝。恰逢中原陷入战乱，伏允又返回吐谷浑收复了故土。唐高祖称帝后，顺从江都回到长安，唐高祖派遣使者与伏允联合，让他攻打李轨，许诺将顺送回吐谷浑。伏允大喜，起兵攻打李轨，多次派遣使者入朝进贡并请求送回顺，唐高祖派遣顺返回吐谷浑。
闰二月，朱粲派遣使者请求投降，唐高祖下诏任命朱粲为楚王，允许他自行设置官属，可根据实际情况自行处理事务。
宇文化及用珍贵的财物引诱海边的各路盗贼，盗贼首领王薄率领部众归附他，与他共同守卫聊城。
窦建德对他的部下说：“我是隋朝的百姓，隋朝是我的君主；如今宇文化及弑君叛逆，是我的仇敌，我不能不讨伐他！”于是率领军队直奔聊城。
淮安王李神通攻打聊城，宇文化及粮食耗尽，请求投降，李神通不允许。安抚副使崔世干劝说李神通答应投降，李神通说：“士兵们在外征战已久，盗贼粮食耗尽、走投无路，攻克聊城指日可待，我应当攻下聊城以显示国威，并且分发他们的财物犒劳士兵；如果接受他们的投降，拿什么作为军队的奖赏呢！”崔世干说：“如今窦建德的军队即将到达，如果宇文化及没有被平定，我们将内外受敌，军队必定会失败。不攻打就使敌人投降，功劳非常容易获得，为什么要贪图他们的财物而不接受投降呢！”李神通大怒，将崔世干囚禁在军中。不久后宇文士及从济北运来粮食接济宇文化及，宇文化及的军队士气逐渐振作，于是再次抵抗。李神通督率士兵攻城，贝州刺史赵君德攀着城墙率先登上城头，李神通嫉妒他的功劳，下令收兵不再进攻。赵君德大骂着下了城头，聊城最终未能攻克。窦建德的军队即将到达，李神通率领军队撤退。
窦建德与宇文化及连续交战，大败宇文化及，宇文化及再次退守聊城。窦建德指挥士兵从四面猛攻，王薄打开城门迎接窦建德军入城。窦建德进城后，生擒宇文化及，先拜见隋朝的萧皇后，说话时都自称臣子，穿着白色丧服为隋炀帝痛哭致哀；收缴传国玺以及皇帝的车驾仪仗，安抚慰问隋朝的百官，然后逮捕宇文化及的逆党宇文智及、杨士览、元武达、许弘仁、孟景，召集隋朝官员，将他们斩首并悬挂首级在军门之外。用囚车装载宇文化及和他的两个儿子宇文承基、宇文承趾前往襄国，将他们斩首。宇文化及临死前，没有其他遗言，只说：“我没有辜负夏王！”
窦建德每次作战取胜、攻克城池，所获得的物资财物，全部分给将士，自己一丝一毫都不占有。又不食肉类，经常吃蔬菜、粗粮；他的妻子曹氏，不穿华丽的丝绸衣服，所使唤的婢妾，只有十几人。攻破宇文化及后，俘获了数千名隋朝宫女，窦建德立即将她们遣散回家。任命隋朝黄门侍郎裴矩为左仆射，掌管选拔官员的事务；兵部侍郎崔君肃为侍中；少府令何稠为工部尚书；右司郎中柳调为左丞；虞世南为黄门侍郎；欧阳询为太常卿。欧阳询是欧阳纥的儿子。其余官员都根据才能授予官职，委托他们处理政事。对于那些不愿意留下、想要前往关中或东都的人，也听任他们离开，还供给路费和粮食，派兵护送他们出境。隋朝的骁果军还有将近一万人，也都被遣散，听凭他们前往自己想去的地方。窦建德又与王世充结盟交好，派遣使者向隋朝皇泰主献上奏表，皇泰主封他为夏王。窦建德出身于盗贼，虽然建立了国家，却没有完善的典章制度，裴矩为他制定朝廷礼仪，编撰律令，窦建德非常高兴，常常向他咨询礼仪制度方面的事情。甲辰日，唐高祖考核群臣的政绩，将李纲、孙伏伽评为第一。于是设宴款待群臣，对裴寂等人说：“隋朝因为君主骄横、臣子谄媚而丢失天下，我即位以来，一直虚心寻求进谏，然而只有李纲大致能尽忠职守，孙伏伽可以说是忠诚正直。其他人仍然沿袭隋朝的弊病，只是俯首帖耳罢了，这难道是我所期望的吗！我把你们当作亲生儿子，你们应当把我当作慈父。有什么想法一定要全部说出来，不要隐瞒自己的观点。”于是下令免去君臣之间的礼节，尽情欢宴后才散去。
起初，唐高祖担任隋朝殿内少监时，宇文士及担任尚辇奉御，两人关系很好。宇文士及跟随宇文化及到黎阳时，唐高祖亲手写诏书召他归顺，宇文士及暗中派遣家仆从小路前往长安，又通过使者献上金环表示归顺之意。宇文化及到魏县后，军队形势日益窘迫，宇文士及劝说他归顺唐朝，宇文化及不听从，内史令封德彝劝说宇文士及前往济北督运军粮，以观察形势变化。宇文化及称帝后，立宇文士及为蜀王。宇文化及死后，宇文士及与封德彝从济北前来投降唐朝。当时宇文士及的妹妹是唐高祖的昭仪，因此宇文士及被授予上仪同的官职。唐高祖认为封德彝是隋朝的旧臣，却谄媚狡诈、不忠不义，便严厉斥责了他，并罢免了他的官