卿李渊疾驰前往逮捕他，趁机取代他担任留守，关右十三郡的军队都受李渊调遣。李渊治理军队宽厚简约，人们大多归附他。炀帝因为李渊的相貌奇异，又听说他的名字应验了图谶，对他心怀猜忌。不久后，征召李渊前往行宫，李渊患病未能前往拜见，他的外甥女王氏在后宫侍奉炀帝，炀帝问道：“你舅舅为什么来这么晚？”王氏以李渊患病为由回答，炀帝说：“他能死吗？”李渊听说后，十分恐惧，于是放纵饮酒、收受贿赂来掩饰自己的锋芒。
癸卯日，吴郡人朱燮、晋陵人管崇聚集部众劫掠江左地区。朱燮原本是还俗的道士，涉猎经史典籍，颇懂兵法，身材矮小，担任昆山县博士，他与数十名学生起兵，深受劳役之苦的百姓纷纷前来归附。管崇身材高大，相貌英俊，志向洒脱，隐居在常熟，自称有帝王之相，因此盗贼们共同拥戴他为首领。当时炀帝在涿郡，命令虎牙郎将赵六儿率领一万名士兵驻扎在杨子，分为五个营垒防备南方的盗贼。管崇派遣将领陆顗渡过长江，在夜间袭击赵六儿，攻破他的两个营垒，收缴了他的器械和军用物资后离去，管崇的部众更加壮大，达到十万人。
辛酉日，司农卿云阳人赵元淑因是杨玄感的党羽被处死。炀帝命令大理卿郑善果、御史大夫裴蕴、刑部侍郎骨仪，与留守樊子盖一起追查杨玄感的党羽。骨仪原本是天竺胡人。炀帝对裴蕴说：“杨玄感一声号召就有十万人跟随，更让我知道天下的人不能太多，人多了就会聚集起来成为盗贼。不把他们全部诛杀，就无法惩戒后人。”樊子盖本性残酷，裴蕴又接受了炀帝的旨意，因此用严酷的法律治理此事，共杀死三万余人，都没收了他们的家产，其中被冤枉而死的人占了大半，被流放的有六千余人。杨玄感包围东都时，打开粮仓救济百姓。凡是领取过粮食的百姓，都被坑杀在都城南边。与杨玄感关系友好的文士会稽人虞绰、琅邪人王胄都因受牵连被流放边疆，虞绰、王胄逃亡，被抓获后处死。
炀帝擅长写文章，不希望有人能超过他。薛道衡死后，炀帝说：“他还能写出‘空梁落燕泥’这样的诗句吗！”王胄死后，炀帝吟诵他的佳句说：“‘庭草无人随意绿’，他还能写出这样的句子吗！”炀帝自负才学，常常轻视天下的士人，曾经对侍臣说：“天下人都认为我是凭借世袭的基业才拥有天下，如果让我与士大夫们公平竞争选拔，我也应当成为天子。”
炀帝从容地对秘书郎虞世南说：“我生性不喜欢别人劝谏，如果地位显赫的人想要通过劝谏来博取名声，我尤其不能容忍。至于地位卑贱的人，虽然会稍微宽容一些，但最终也不会让他们有出头之日。你要知道这一点！”虞世南是虞世基的弟弟。
炀帝派遣裴矩安抚陇右地区，趁机前往会宁，慰问曷萨那可汗的部落，派遣阙达度设劫掠吐谷浑来使自己富裕，阙达度设返回后上奏情况，炀帝对他大加赏赐。
九月己卯日，东海郡百姓彭孝才起兵作乱，部众有数万人。甲午日，炀帝的车驾抵达上谷郡，因为供给的费用不足，罢免了太守虞荷等人的官职。闰九月己巳日，炀帝前往博陵郡。
冬季，十月丁丑日，盗贼首领吕明星包围东郡，虎贲郎将费青奴击败了他。
刘元进率领部众准备渡过长江，恰逢杨玄感战败，朱燮、管崇迎接刘元进，推举他为首领，占据吴郡，自称天子，朱燮、管崇都担任尚书仆射，设置百官，毘陵、东阳、会稽、建安的豪杰大多逮捕当地长官响应他们。炀帝派遣左屯卫大将军代郡人吐万绪、光禄大夫下邽人鱼俱罗率领军队讨伐他们。
十一月己酉日，右候卫将军冯孝慈在清河郡讨伐张金称，冯孝慈战败身亡。
杨玄感向西进军时，韦福嗣逃亡到东都自首，当时像他这样自首的人都没有被追究责任。樊子盖收缴了杨玄感的文书档案，得到了他起草的书信，密封后呈给炀帝；炀帝命令将韦福嗣押送到行宫。李密逃亡后，被人抓获，也被送往东都。樊子盖将韦福嗣、李密以及杨积善、王仲伯等十余人锁押送往高阳，李密与王仲伯等人暗中谋划逃跑，把他们携带的全部金银都拿出来给使者看，说：“我们死了以后，这些金银都留给你，希望你能用它来埋葬我们，其余的就当作对你的报答。”使者贪图金银，答应了他们的请求，对他们的防备逐渐松懈。李密请求去集市购买酒食，每次宴饮都喧哗到深夜，使者没有放在心上。走到魏郡石梁驿时，李密等人灌醉了看守的人，穿墙逃跑。李密呼喊韦福嗣一起走，韦福嗣说：“我没有罪，天子不过是当面责备我罢了。”抵达高阳后，炀帝把韦福嗣起草的书信给他看，将他交付大理寺审理。宇文述上奏说：“这些凶恶叛逆之徒，是臣子们共同痛恨的，如果不加以重罚，就无法严肃法纪、警示后人。”炀帝说：“任凭你处置。”十二月甲申日，宇文述在野外，把所有应受刑罚的人都绑在木架上，用车轮套住他们的脖子，让九品以上的文武官员都手持兵器砍杀射击，乱箭如雨，受刑的人身躯碎裂，仍然套在车轮中。杨积善、韦福嗣还被处以车裂之刑，尸体都被焚烧后扬灰。杨积善自称亲手杀死了杨玄感，希望能免除死罪。炀帝说：“那么他就是枭鸟一样的逆子！”于是把他的