该把他杀掉，不杀一百来人，就不会永远断绝劝谏。’他不断地营建宫殿楼台，一年四季都不停歇。之前苏孝慈被免去左卫率的官职，太子气得胡须竖起、挥动手臂说：‘大丈夫总有一天，终究不会忘记这件事，一定要报仇雪恨，称心如意。’另外，东宫所需的物品，尚书省很多都按照规定不予供应，太子就发怒说：‘仆射以下的官员，我迟早要杀一两个人，让他们知道怠慢我的下场。’太子还经常说：‘皇上讨厌我有很多庶出的儿子，高纬、陈叔宝难道都是嫡出的儿子吗！’他曾经让女巫占卜吉凶，并对我说：‘皇上的忌日在开皇十八年，这个日子越来越近了。’”隋文帝流下眼泪说：“谁不是父母所生，他竟然能做出这样的事情！我最近翻阅《齐书》，看到高欢放纵他的儿子，心中非常愤怒，朕怎么能效仿他呢！”于是下令囚禁杨勇和他的各个儿子，另外部署人手逮捕他的党羽。杨素擅长玩弄法律条文，就故意诋毁，罗织罪名，构陷成狱。
过了几天，有关部门秉承杨素的心意，上奏说元旻常常曲意侍奉杨勇，心怀依附托付之情，在仁寿宫时，杨勇派亲信裴弘送信给元旻，信上题字写着“勿令人见”。隋文帝说：“我在仁寿宫时，哪怕是极小的事情，东宫必定立刻知晓，速度比驿马还快，我对此疑惑很久了，难道不就是这些人在传递消息吗！”于是派武士在仪仗队中逮捕了元旻。右卫大将军元胄当时本该下班，却没有离开，趁机上奏说：“我刚才没有下班，就是为了防备元旻啊。”隋文帝将元旻和裴弘关进监狱。
在此之前，杨勇看到一棵干枯的老槐树，问道：“这棵树能用来做什么？”有人回答说：“古槐最适合取火。”当时卫士们都佩戴着火燧，杨勇于是命令工匠打造了几千个火燧，想要分赐给身边的人；到这时，这些火燧在府库中被搜出。另外，药藏局储存了几斛艾草，也被搜了出来，隋文帝对此大为奇怪，就问姬威，姬威说：“太子的心思根本不在这些东西上，至尊在仁寿宫时，太子常常饲养一千匹马，还说：‘直接去守住城门，自然就能把至尊饿死。’”杨素用姬威的话质问杨勇，杨勇不服气，说：“我听说公家有几万匹马，我身为太子，养一千匹马，难道就是谋反吗！”杨素又搜出东宫中装饰华丽的服饰玩物，把它们全部陈列在庭院中，展示给文武百官看，作为太子的罪证。隋文帝和独孤皇后接连派使者责备杨勇，杨勇始终不服。
冬季，十月乙丑日，隋文帝派人召见杨勇，杨勇见到使者，惊慌地说：“难道是要杀我吗？”隋文帝身穿军服，陈列军队，驾临武德殿，召集百官站在东面，各位皇亲站在西面，把杨勇和他的儿子们带到殿庭中排列好，命令内史侍郎薛道衡宣读诏书，废黜杨勇以及他那些被封为王、公主的儿女，全部贬为平民。杨勇拜了两拜说：“我本该被斩首示众，作为后人的鉴戒；幸好承蒙陛下怜悯，得以保全性命！”说完，泪水浸湿了衣襟，然后行礼退下，左右的人没有不怜悯沉默的。长宁王杨俨上奏表请求担任宫廷侍卫，言辞恳切哀伤；隋文帝看后心生怜悯。杨素进言说：“希望陛下像砍去被毒刺扎到的手指一样果断，不应该再对他留情。”
己巳日，隋文帝下诏：“元旻、唐令则以及太子家令邹文腾、左卫率司马夏侯福、典膳监元淹、前吏部侍郎萧子宝、前主玺下士何竦，全部处斩，他们的妻妾子孙都没收为官奴。车骑将军榆林人阎毘、东郡公崔君绰、游骑尉沈福宝、瀛州术士章仇太翼，特别赦免死罪，各打一百杖，本人以及妻子儿女、财产田宅全部没收。副作大匠高龙叉、率更令晋文建、通直散骑侍郎元衡，全部处死。”于是在广阳门外召集百官，宣读诏书后将这些人处决。随后把杨勇转移到内史省关押，供给五品官规格的饮食。赏赐杨素三千段丝织品，元胄、杨约各一千段，以表彰他们审理杨勇案件的功劳。
文林郎杨孝政上书劝谏说：“皇太子是被小人误导，应该加以教诲，不应该废黜。”隋文帝大怒，用鞭子抽打他的胸膛。
起初，云昭训的父亲云定兴，出入东宫毫无节制，多次进献奇装异服和珍奇器物来讨好杨勇；左庶子裴政多次劝谏，杨勇不听。裴政对云定兴说：“您的所作所为不符合法度。另外，元妃突然去世，外面议论纷纷，这对太子的名声没有好处。您应该主动引退，否则将会招来祸患。”云定兴把这话告诉了杨勇，杨勇因此更加疏远裴政，后来把他调出京城，担任襄州总管。唐令则被杨勇亲近宠爱，杨勇常常让他教东宫的宫女弹唱，右庶子刘行本责备他说：“庶子应当用正道辅佐太子，怎么能在后宫中讨好取悦呢！”唐令则非常惭愧，但始终没有改正。当时沛国人刘臻、平原人明克让、魏郡人陆爽，都因为文学才华被杨勇亲近；刘行本对他们不能劝导保护太子感到愤怒，常常对这三个人说：“你们只知道读书罢了！”夏侯福曾经在阁内和杨勇嬉戏，夏侯福放声大笑，声音传到外面。刘行本听到后，等他出来，就责备说：“殿下宽容，对你和颜悦色。你是什么小人，行事竟敢如此轻慢无礼！”于是把他交给执法官员治罪。几天后，杨勇为夏侯福求情，才把他释放。杨勇曾经得到一匹好马，想要让刘行本骑上观看，刘行本严肃地