孝文帝抵达平城，孝文帝每次审问穆泰等人时，常常让元丕在一旁观看。有关部门上奏说元业、元隆、元超的罪行应当灭族，元丕应当连坐治罪。孝文帝因曾下诏许诺元丕不死，便免去他的死罪，将他贬为平民，留下他的后妻和两个儿子，让他们居住在太原，处死了元隆、元超以及他们的同胞兄弟元乙升，其余亲属流放到敦煌。起初，元丕、陆睿与仆射李冲、领军于烈都曾受到孝文帝“不死”的诏命。陆睿被诛杀后，孝文帝赐给李冲、于烈的诏书中说：“陆睿的谋反叛逆之心，是他自己背弃天地鬼神的结果；违背誓约的是他，与朕无关。谋反叛逆不同于其他罪行，即便朕想怜悯宽恕，又怎么能做到呢？但朕仍不忘当初的誓言，准许他在别府自尽，免去他的妻儿被处死的刑罚。元丕的两个儿子、一个弟弟，带头作乱，连坐应当处死，朕特意宽恕他们贬为平民。朕原本期望与他们始终同心，没想到他们自己弃绝情义，违背朕的心意，实在令人悲痛！因此特意告知你们，想必你们不会感到奇怪。除了谋反之事，朕对你们的信任如白日般明朗。”李冲、于烈都上奏表谢恩。
对此，司马光说：授予或削夺爵位俸禄，决定生杀赏罚，这是君主驾驭臣子的重要权柄。因此古代圣王的制度规定，即使是亲属、故旧、贤才、能臣、功臣、贵族、勤吏、宾客，倘若犯了罪，也不会直接赦免，必定要在朝廷上商议，该赦免就赦免，该宽恕就宽恕，该判刑就判刑，该处死就处死。刑罚的轻重根据情节而定，政令的宽严顺应时势。所以君主能够施予恩惠而不丧失威严，臣子能够免于罪责而不敢自恃有功。到了北魏却不是这样，对于功勋显贵的大臣，常常预先许诺他们不死；让他们因此骄横而触犯刑律，之后又顺势将他们诛杀。这是用不讲信用的政令引诱臣子陷入死地啊。刑罚政令的失误，没有比这更严重的了！
当时，代郡的旧贵族大多与穆泰等人勾结谋反，只有于烈一族没有参与其中，孝文帝因此更加器重他。孝文帝考虑到北方酋长以及作为人质的王子们畏惧炎热的天气，便准许他们秋季到洛阳朝见，春季返回部落，当时的人称他们为“雁臣”。
北魏废太子元恂被废后，颇为后悔自己的所作所为。御史中尉李彪秘密上奏表，告发元恂又与身边的人谋划反叛，孝文帝派遣中书侍郎邢峦与咸阳王元禧，奉诏令携带椒酒前往河阳，赐元恂自尽，用粗陋的棺材和普通的衣服收敛他的尸体，埋葬在河阳。
癸未日，北魏大将军、宋明王刘昶在彭城去世，朝廷追赠他九锡之礼，用特殊的礼仪安葬他。
五月，壬戌日，北魏征调冀、定、瀛、相、济五州的兵马二十万，准备入侵南齐。
北魏穆泰谋反时，中书监、魏郡公穆罴与他通谋，大赦之后事情败露，穆罴被削夺官爵，贬为平民。穆罴的弟弟、司空穆亮将府中事务托付给司马慕容契，上奏表弹劾自己，孝文帝下诏优待，不允许他辞职；穆亮坚持请求不已，癸亥日，孝文帝准许穆亮退位。
秋季，七月，甲午日，北魏册立昭仪冯氏为皇后。皇后想要以母亲的身份抚养太子元恪；元恪的母亲高氏从代郡前往洛阳，在共县突然去世。
八月，齐明帝追尊景皇（父亲萧道生）的生母王氏为恭太后。甲戌日，北魏在华林园举行军事演习；庚辰日，大军从洛阳出发。孝文帝任命吏部尚书任城王元澄留守洛阳；让御史中丞李彪兼任度支尚书，与仆射李冲共同主持留守朝廷的事务。授予彭城王元勰代理中军大将军之职，元勰推辞说：“亲疏之人一并任用，是古代的治国之道。臣是什么人，能屡次受到这样的恩宠任命！从前陈思王曹植请求任用却未获准许，愚臣没有请求却得到任命，命运的穷通相差多么遥远啊！”孝文帝大笑，握住元勰的手说：“曹魏的二曹（曹丕、曹植）因才能名声相互猜忌，我与你因道德品行彼此亲近。”
齐明帝派遣军主、直阁将军胡松协助北襄城太守成公期驻守赭阳，派遣军主鲍举协助西汝南、北义阳二郡太守黄瑶起驻守舞阴。
北魏任命氐族首领杨灵珍为南梁州刺史。杨灵珍率领全州投降南齐，将母亲和儿子送到南郑作为人质，派遣弟弟婆罗阿卜珍率领步兵、骑兵一万余人袭击北魏武兴王杨集始，杀死杨集始的两个弟弟杨集同、杨集众；杨集始处境困窘危急，请求投降北魏。九月，丁酉日，孝文帝任命河南尹李崇为都督陇右诸军事，率领数万兵力讨伐杨灵珍。
起初，北魏迁都洛阳时，荆州刺史薛真度劝说孝文帝先攻取樊城、邓州。薛真度领兵入侵南阳，被太守房伯玉击败。孝文帝大怒，认为南阳只是个小郡，却立志一定要消灭它，于是领兵向襄阳进发；彭城王元勰等三十六路大军前后相继，兵力号称百万，行军时的呼号声震动大地。辛丑日，孝文帝留下众将攻打赭阳，亲自领兵南下；癸卯日，抵达宛城，连夜袭击外城，将其攻克。房伯玉据守内城抵抗。孝文帝派遣中书舍人孙延景对房伯玉说：“我如今要统一天下，不像以往那样冬来春去。不攻克此地，终究不会北返。你这座城池正挡在我的进军之路前，不可能不先攻取；长远来看不过一年，短期只需一个月。封侯受赏或是身首异处，全在你一念之间，