汝南、新蔡二郡太守周矜在悬瓠起兵响应建康。袁顗引诱周矜的司马、汝南人常珍奇活捉周矜，并将其斩首，任命常珍奇接替太守职位。
明帝派遣冗从仆射垣荣祖返回徐州劝说薛安都，薛安都说：“如今京都周围不足百里之地还在朝廷控制之下，且不说攻城取胜易如反掌，我也不想背叛孝武帝（刘子业之父，刘子勋祖父）。”垣荣祖说：“孝武帝的所作所为，足以招致祸殃，如今虽然天下人一同反叛，但这正是加速灭亡，不会有什么作为。”薛安都不听，反而留下垣荣祖让他担任将领。垣荣祖是垣崇祖的堂兄。
兖州刺史殷孝祖的外甥、司法参军颍川人葛僧韶，请求让殷孝祖入朝，明帝派遣他前往。当时薛索儿占据了交通要道，葛僧韶从小路得以抵达，劝说殷孝祖：“景和帝凶残暴虐，是开天辟地以来所未有之；朝野上下危在旦夕，性命仅存片刻。主上（刘彧）平定凶暴，再造天地，国家混乱、朝廷危难之时，应当拥立年长的君主。而一群糊涂人相互煽动，无端制造事端，贪图拥立幼主的利益，争相抱有非分之想。如果天道帮助叛逆，群凶得逞，那么主上年幼、时局艰难，权力不统一，战乱将接连发生，哪里还有我们的容身之地！舅舅年轻时就有立功的志向，若能率领兖州的精锐之师，返回拥戴朝廷，不仅能辅佐君主、平定叛乱，还能名垂青史。”殷孝祖详细询问了朝廷的消息，葛僧韶随机应变地回答和开导，并陈述朝廷军队精锐强盛，主上打算委任他为前锋主将。殷孝祖当天就把妻子儿女托付在瑕丘，率领文武官员二千人，跟随葛僧韶返回建康。当时各地都归附了寻阳，朝廷只保住了丹阳一郡；而永世县令孔景宣又反叛，义兴叛军即将抵达延陵，朝廷内外忧虑危急，众人都想逃散。殷孝祖突然到来，兵力不少，且都是北方和楚地的壮士，人心大为安定。正月十六日，朝廷晋升殷孝祖为抚军将军，假节、督前锋诸军事，派遣他前往虎槛，赏赐十分丰厚。
起初，明帝派遣东平人毕众敬前往兖州招募兵士，毕众敬抵达彭城后，薛安都用利害关系劝说他，伪造皇上的命令让毕众敬代理兖州事务，毕众敬听从了他。殷孝祖派司马刘文石驻守瑕丘，毕众敬领兵袭击并杀死了刘文石。薛安都素来与殷孝祖有矛盾，便让毕众敬杀害了殷孝祖的几个儿子。兖州境内都归附了薛安都，只有东平太守申纂占据无盐，拒不从命。申纂是申钟的曾孙。
正月十八日，明帝亲自统领军队，出宫驻扎在中堂。正月二十三日，任命山阳王刘休佑为豫州刺史，督辅国将军彭城人刘勔、宁朔将军广陵人吕安国等各路军队向西讨伐殷琰。巴陵王刘休若督建威将军吴兴人沈怀明、尚书张永、辅国将军萧道成等各路军队向东讨伐孔觊。当时将士大多是东部地区的人，父兄子弟都已归附孔觊。明帝于是在送军出征时，向众人宣告：“朕正致力于以德治国、减轻刑罚，使父子兄弟罪责互不牵连，归顺朝廷或依附叛逆，一律以本人的选择为判断标准。你们应当深刻理解朕的心意，不要为亲戚的安危担忧。”众人于是大为喜悦。凡是反叛者在京城的亲戚党羽，都让他们像往常一样担任官职。
正月二十四日，路太后去世。
孔觊派遣他的孙子孔昙瓘等人驻军于晋陵九里，军阵十分盛大。沈怀明抵达奔牛，所率领的兵力薄弱，于是修筑营垒固守。张永抵达曲阿，不知道沈怀明是否安全；百姓惊慌骚乱，张永退回到延陵，靠近巴陵王刘休若，众将领都劝说刘休若退保破冈。当天，天气极为寒冷，风雪猛烈，堤坝决口损坏，士兵们没有固守的决心。刘休若宣告命令：“敢说撤退的人斩首！”军心才稍稍安定，于是修筑营垒休整军队。不久便收到沈怀明的书信，得知叛军尚未推进，军主刘亮又率军赶到，兵力逐渐强盛，人心才安定下来。刘亮是刘怀慎的曾孙。
殿中御史吴喜曾以主书的身份侍奉世祖（刘骏），逐渐升迁至河东太守。到这时，他请求率领三百名精兵，前往东部拼死作战。明帝任命吴喜为建武将军，挑选羽林军中的勇士配属给他。议论的人认为“吴喜是掌管文书的官吏，从未担任过将领，不可派遣。”中书舍人巢尚之说：“吴喜过去跟随沈庆之，多次经历军旅之事，性情既勇猛果断，又熟悉战阵；如果能任用他，必定会有成效。众人对此议论纷纷，都是不能识别人才罢了。”于是派遣吴喜出征。吴喜先前多次奉命出使东吴，性情宽厚，所到之处的百姓都感念他。百姓听说吴河东（吴喜）前来，都望风而降或四散逃离，因此吴喜所到之处都能取胜。
永世县人徐崇之攻打孔景宣，将其斩首，吴喜任命徐崇之代理永世县事务。吴喜抵达国山，遭遇东部叛军，便立即发起攻击，大败叛军。从国山进军驻扎在吴城，刘延熙派遣将领杨玄等人抵御。吴喜兵力十分薄弱，而杨玄等人兵力强盛。吴喜奋力出击，斩杀杨玄，进逼义兴。刘延熙构筑栅栏截断长桥，据守郡城自保，吴喜修筑营垒与他对峙。
庾业在长塘湖口两岸修筑城池，拥有七千兵力，与刘延熙遥相呼应。沈怀明、张永与晋陵的叛军相持不下，久战不决。外监朱幼举荐司徒参军督护任农夫勇猛果敢有胆识，明帝配给他四百人，让他协助东部讨伐叛