相比，应当入朝辅佐皇室，朝廷怎么会用不信任的态度对待您呢！圣明的朝廷封爵必定依据功劳，比如尹纬、姚晃，是辅佐创业的大臣，齐难、徐洛，是一时的猛将，他们的爵位都不超过侯伯，将军您凭什么要比他们先得到更高爵位呢！从前窦融恳切坚决地辞让爵位，不愿位居旧臣之上，没想到将军您会突然提出这样的问题！”沮渠蒙逊说：“朝廷为什么不就近封我为张掖侯，却要远封我为西海侯呢？”梁构说：“张掖，将军您已经自己占有了，之所以把西海封给您，是想扩大将军您的国土啊。”沮渠蒙逊很高兴，于是接受了册封。
这时，荆州刺史桓伟去世，大将军桓玄任命桓修接替他的职位。从事中郎曹靖之劝桓玄说：“桓谦、桓修兄弟独自掌控朝廷内外大权，权势太重了。”桓玄于是任命南郡相桓石康为荆州刺史。桓石康是桓豁的儿子。
刘裕在永嘉击败卢循，追击到晋安，多次打败他，卢循乘船向南逃走。
何无忌暗中前往刘裕那里，劝说刘裕在山阴起兵讨伐桓玄。刘裕与当地豪强孔靖商议，孔靖说：“山阴距离京都路途遥远，起兵难以成功；况且桓玄还没有篡夺皇位，不如等他篡权之后，在京口谋划讨伐他。”刘裕听从了孔靖的建议。孔靖是孔愉的孙子。
九月，北魏君主拓跋珪前往南平城，规划测量灅水以南地区，准备修建新都。
这时，东晋侍中殷仲文、散骑常侍卞范之劝说大将军桓玄早日接受禅让，暗中撰写九锡文和册命文书。任命桓谦为侍中、开府、录尚书事，王谧为中书监、兼任司徒，桓胤为中书令，加授桓修抚军大将军。桓胤是桓冲的孙子。丙子日，朝廷册命桓玄为相国，总领百官，封给他十个郡，封为楚王，加授九锡，楚国内设置丞相以下各级官员。
桓谦私下问彭城内史刘裕：“楚王功勋德行卓着，朝廷上下的心意，都认为应当举行禅让大典，您觉得怎么样？”刘裕说：“楚王是宣武公（桓温）的儿子，功勋德行超过世人。晋朝皇室衰弱，百姓的期望早已转移，顺应天命举行禅让，取代晋朝，有什么不可以的呢？”桓谦高兴地说：“您说可以，那就可以了。”
新野人庾仄，是殷仲堪的党羽，听说桓伟去世、桓石康还未到任，便起兵在襄阳袭击雍州刺史冯该，将冯该赶走。庾仄拥有部众七千人，设置祭坛，祭祀晋朝七代祖庙，声称要讨伐桓玄，江陵地区人心震动。桓石康抵达雍州后，调兵攻打襄阳，庾仄战败，逃奔后秦。
高雅之上表给南燕君主慕容备德，请求讨伐桓玄，说：“即便不能平定吴郡、会稽地区，也能夺取长江以北的土地。”中书侍郎韩范也上奏疏说：“如今晋朝皇室衰败混乱，长江、淮河南北地区，人口没多少，军队力量单薄。再加上桓玄叛逆作乱，朝廷上下人心离散；凭陛下的英明神武，出动一万步兵、骑兵进逼晋地，他们必定土崩瓦解，军队不用受阻就能前进。夺取并占据那些地方后，后秦、北魏都不值得我们对抗了。开拓疆土、建立功勋，就在今天。错过时机不行动，等晋地的豪杰诛杀桓玄，再整顿德政，到那时不仅建康得不到，长江以北也没希望夺取了。”
慕容备德说：“我因旧国（前燕）覆灭，所以想先平定中原，再扫荡荆州、扬州，所以才没向南征伐。还是让大臣们共同商议这件事吧。”随后他在城西操练军队，共有步兵三十七万人、骑兵五万三千匹、战车一万七千辆。大臣们都认为桓玄刚得势，不能图谋，这件事就搁置了。
冬季十月，楚王桓玄上奏表请求返回封国，却暗中让晋安帝写下亲笔诏书坚决挽留他。他又谎称钱塘县临平湖湖水干涸（古人认为湖开是祥瑞）、江州降下甘露，让百官聚集庆贺，把这些当作自己接受天命的征兆。
又因前代都有隐士，他耻于自己在位时没有，便找到西晋隐士安定人皇甫谧的六世孙皇甫希之，供给其生活物资，让他隐居山林；随后征召皇甫希之任着作郎，再让他坚决推辞不就职，之后下诏表彰礼遇他，称其为“高士”。当时人都称皇甫希之为“充隐”（凑数的隐士）。
桓玄还想废除钱币，改用谷物、布帛交易，又打算恢复肉刑，政策制定混乱，想法反复不定，最终没有一项实施。他生性贪婪鄙陋，只要有人有精美的书法作品、好的绘画或优良的园林住宅，必定通过赌博的方式夺取；尤其喜爱珍珠宝玉，手中从未离过。
十月乙卯日，北魏君主拓跋珪立他的儿子拓跋嗣为齐王，加授相国之位；立拓跋绍为清河王，加授征南大将军；立拓跋熙为阳平王；立拓跋曜为河南王。
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十月丁巳日，北魏将军伊谓率领两万骑兵袭击高车族残余部落袁纥部、乌频部；十一月庚午日，大败这两个部落。
随后，东晋朝廷下诏让楚王桓玄使用天子的礼仪音乐，他的王妃改称王后，世子改称太子。十一月丁丑日，卞范之撰写禅让诏书，让临川王司马宝逼迫晋安帝抄写。司马宝是司马曦的曾孙。
十一月庚辰日，晋安帝亲临殿前，派兼太保、领司徒王谧捧着皇帝印玺绶带，将皇位禅让给楚王桓玄。十一月壬午日，晋安