辛卯日，和突迎击，大败柔然军队，社仑率领部落远远逃到漠北，夺取高车的领地居住。斛律部首领倍侯利攻打社仑，被社仑打得大败，倍侯利投奔北魏。社仑于是向西北攻打匈奴残余部落日拔也鸡，大败对方，随后吞并各部落，兵力强盛，在北方称雄。其疆域西到焉耆，东接朝鲜，南邻大漠，周边小国都被其控制。社仑自称豆代可汗，开始制定规章：以一千人为一军，军设将领；一百人为一幢，幢设主帅。作战时冲锋在前的人，赏赐战利品；怯懦退缩的人，用石头砸头处死。
秃发傉檀攻克显美，抓获孟祎后责备他，怪他不早点投降。孟祎说：“我受吕氏厚恩，手持符节镇守一方；若明公大军刚到，我就望风归附，恐怕会获罪于您麾下的主事者。”秃发傉檀释放并礼遇他，迁徙两千多户人家后返回，任命孟祎为左司马。孟祎推辞说：“吕氏将要灭亡，圣朝必定夺取河右地区，无论聪明还是愚笨的人都知道这一点。但我守城未能保全城池，再担任显要职位，内心实在不安。若蒙明公恩惠，让我到姑臧接受死刑，我死而不朽。”秃发傉檀赞赏他的忠义，就放他回去了。
东部地区遭受孙恩之乱后，又发生饥荒，漕运中断。桓玄封锁长江水路，商旅往来断绝，官府和民间物资匮乏，只能用麸皮、橡果给士兵充饥。桓玄认为朝廷正忧患繁多，必定无暇讨伐自己，得以积蓄力量等待时机。等到朝廷大军即将出发，堂兄太傅长史桓石生暗中送信告知桓玄。桓玄大惊，想集结兵力固守江陵。长史卞范之说：“明公的威望震动远近，司马元显还是个乳臭未干的小子，刘牢之已大失人心，若我军逼近京畿，向他们指明祸福，朝廷军队土崩瓦解的局面很快就会到来，哪有把敌人引入境内、自取困窘的道理！”桓玄听从他的建议，留下桓伟镇守江陵，向朝廷上奏表并传递檄文，历数司马元显的罪状，起兵东进。檄文传到京师，司马元显十分恐惧。二月丙午日，安帝在西池为司马元显饯行，司马元显登上战船却迟迟不出发。
癸丑日，北魏常山王拓跋遵等人抵达高平，没弈干抛弃部众，率领几千骑兵与刘勃勃逃往秦州。北魏军队追击到瓦亭，没能追上，缴获没弈干府库中的全部物资，以及四万多匹马、九万多头牲畜，将他的部众迁到代都，其余种族分散逃亡。北魏平阳太守贰尘又侵犯后秦河东地区，长安震动，关中各城白天关闭城门，后秦挑选士兵、训练部卒，谋划讨伐北魏。
后秦王姚兴立儿子姚泓为太子，大赦天下。姚泓孝顺友善、宽厚温和，喜爱文学，擅长谈论吟咏，但性格懦弱且多病。姚兴想立他为继承人，却犹豫不决，过了很久才正式册立。
此时，姑臧发生严重饥荒，一斗米价值五千钱，出现人吃人的现象，饿死的人达十几万。城门白天关闭，打柴的路被阻断，请求出城当胡族奴婢的百姓，每天有几百人，吕隆厌恶他们动摇人心，将这些人全部活埋，尸体堆积在路上。沮渠蒙逊率军攻打姑臧，吕隆派使者向河西王秃发利鹿孤求救，秃发利鹿孤派广武公秃发傉檀率领一万骑兵救援。还没赶到，吕隆已击败沮渠蒙逊的军队，沮渠蒙逊请求与吕隆结盟，留下一万多斛粮食后返回。秃发傉檀抵达昌松，听说沮渠蒙逊已撤退，便迁徙凉泽段冢的五百多户百姓后返回。
中散骑常侍张融对秃发利鹿孤说：“焦朗兄弟占据魏安，暗中与姚氏勾结，多次反复无常，如今不攻取他们，日后必定成为朝廷的祸患。”秃发利鹿孤派秃发傉檀讨伐焦朗，焦朗反绑双手出城投降，秃发傉檀将他押送到西平，把他的部众迁到乐都。
桓玄从江陵出发，担心事情不能成功，常做向西撤退的打算。等经过寻阳时，没见到朝廷军队，心中十分高兴，将士的士气也振作起来。庾楷的密谋泄露，桓玄将他囚禁。丁巳日，朝廷下诏派齐王司马柔之持驺虞幡（象征停止战事的旗帜）宣告荆、江二州，命桓玄停止进军；桓玄的前锋部队杀死了司马柔之。司马柔之是司马宗的儿子。
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丁卯日，桓玄抵达姑孰，派部将冯该等人攻打历阳，襄城太守司马休之环城固守。桓玄的军队截断洞浦，焚烧豫州的战船。豫州刺史谯王司马尚之率领九千步兵在浦上列阵，派武都太守杨秋驻守横江，杨秋向桓玄军队投降。司马尚之的部众溃散，他逃到涂中，被桓玄抓获。司马休之出城迎战失败，弃城逃走。
刘牢之一向厌恶骠骑大将军司马元显，担心桓玄被消灭后，司马元显会更加骄横，又怕自己功劳名望越来越大，不被司马元显容忍；况且他自恃勇武，拥有强兵，想借桓玄的力量除掉执政者，再等待桓玄的破绽夺取权力，所以不肯讨伐桓玄。司马元显日夜沉迷饮酒，任命刘牢之为前锋。刘牢之多次上门求见，都见不到他，直到安帝出城为司马元显饯行时，才在公众场合与他相见。
刘牢之驻军溧洲，参军刘裕请求攻打桓玄，刘牢之不同意。桓玄派刘牢之的族舅何穆劝说他：“自古以来，手握震慑君主的威势、身负难以封赏的功劳却能保全自身的人，有谁呢？越国的文种、秦国的白起、汉朝的韩信，都侍奉明君、为他们尽力，功成之日仍不免