纷纷叩头痛哭，都请求治罪。朝廷下令诛杀西阳王司马羕，以及他的两个儿子司马播、司马充、孙子司马崧和彭城王司马雄。陶侃与任让有旧交，为他求情免死。成帝却坚定地说：“他杀了我的侍中、右卫，罪不可赦！”于是下令处死任让。司徒王导进入石头城，让人去取自己过去的符节，陶侃打趣道：“苏武所持的符节，可不像你这个样子。”王导顿时面露羞愧之色。丁亥日，朝廷宣布大赦天下。
张健怀疑弘徽等人对自己怀有二心，就将他们全部杀掉，随后率领水军从延陵出发，准备进入吴兴。乙未日，扬烈将军王允之与张健交战，大败敌军，俘获男女一万多人。张健又与韩晃、马雄等人率领轻装部队向西逃往故鄣，郗鉴派部将李闳追击，在平陵山追上他们，将张健、韩晃、马雄等人全部斩杀。
此时皇宫已成一片灰烬，朝廷暂时将建平园作为临时宫殿。温峤提议迁都豫章，三吴地区的豪门士族则请求迁都会稽，两种意见争论不休，无法决定。司徒王导说：“孙权、刘备都曾说过：‘建康是帝王的居所。’古代的帝王，不会因为都城的繁华或简陋而迁都。只要我们致力于节俭，开源节流，还担心什么衰败凋敝！如果不重视农业生产，就算是肥沃的土地也会变成废墟。况且北方的敌寇还在窥伺，等待我们的可乘之机，一旦我们示弱，逃到偏远的蛮越之地，无论是从声望还是实际利益来看，恐怕都不是好计策。现在我们更应该用安定来镇抚人心，大家自然会安定下来。”于是朝廷不再讨论迁都之事。朝廷任命褚翜为丹杨尹，当时经过战乱，百姓流离失所，物资匮乏，褚翜四处收拢逃亡的百姓，京城地区才逐渐安定下来。
壬寅日，朝廷下令将湘州并入荆州。
三月壬子日，朝廷论功行赏，评定平定苏峻之乱的功劳：任命陶侃为侍中、太尉，封为长沙郡公，加授都督交、广、宁三州军事；任命郗鉴为侍中、司空，封为南昌县公；任命温峤为骠骑将军、开府仪同三司，加授散骑常侍，封为始安郡公；陆晔晋爵为江陵公；其余立功人员被赐予侯、伯、子、男等爵位的有很多。卞壸和他的两个儿子卞眕、卞盱，以及桓彝、刘超、钟雅、羊曼、陶瞻等人，都被追赠官职和谥号。路永、匡术、贾宁都是苏峻的党羽，苏峻还未失败时，他们就离开苏峻归附朝廷，王导想赏赐他们官爵。温峤反对道：“路永等人都是苏峻的心腹，是率先挑起叛乱的人，罪行极大。他们后来虽然悔悟归降，但也不足以赎回之前的罪过，能保住性命已经是万幸了，怎么还能再加以褒奖宠爱呢！”王导这才打消了念头。
陶侃认为江陵地处偏远，于是将镇守之地迁移到巴陵。朝廷商议想留温峤辅佐朝政，温峤认为王导是先帝任命的重臣，就坚决推辞，请求返回自己的藩镇；又考虑到京城荒凉残破，物资供应不足，便留下自己的物资储备和器具，之后才返回武昌。
晋成帝逃出石头城时，庾亮拜见皇帝，跪地磕头，哽咽不止。成帝下诏让庾亮和大臣们一同登上御座。第二天，庾亮又以泥涂首，再次叩首谢罪，请求辞官归隐，想带着全家逃到深山大海之中。成帝派尚书、侍中拿着亲笔诏书安慰他：“这是国家的危难，不是舅舅的过错啊。”庾亮还是上奏自我陈述：“祖约、苏峻肆意发动叛乱，灾祸都是由我引发的，就算把我碎尸万段，也不足以告慰皇室七庙的神灵，弥补天下人的损失。朝廷又有什么理由把我当作正常臣子看待，我又有什么脸面跻身于人伦之中！希望陛下即便宽恕我，保全我的性命，也该抛弃我，任我自生自灭，这样天下人才能大致明白劝善惩恶的纲纪。”成帝下优诏不同意。庾亮又想逃往山海，从暨阳向东出发；成帝下诏让有关部门扣下他的船只。庾亮只好请求到外地镇守，为国效力，最终出任都督豫州、扬州长江以西、宣城诸军事、豫州刺史，兼任宣城内史，镇守芜湖。
陶侃、温峤讨伐苏峻时，曾发布檄文通知各地军政长官，让他们各自领兵前来救援。湘州刺史、益阳侯卞敦却拥兵不前，又不提供军粮，只派督护率领几百人跟随大军凑数，朝廷内外没有不责怪、惊叹的。等到苏峻之乱平定，陶侃上奏弹劾卞敦阻碍军事行动，坐观成败而不赴国难，请求用囚车将他押解到廷尉治罪。王导认为战乱之后应当宽容，就调卞敦任安南将军、广州刺史；卞敦称病不去，朝廷又征召他为光禄大夫、兼任少府。卞敦最终因忧虑愧疚而死，朝廷追赠他原来的官职，加授散骑常侍，谥号为“敬”。
对此，司马光说：“庾亮以外戚身份辅佐朝政，率先引发祸端，导致国家残破、君主危难，自己却逃窜以求幸免；卞敦身为地方重镇长官，兵力粮食都充足，朝廷被颠覆时，却坐观胜负。作为臣子的罪过，没有比这更大的了！朝廷既不能依法严惩他们，反而用恩宠俸禄回报，晋朝治国无方，由此也能看明白了。承担这个责任的，难道不是王导吗！”
朝廷改封高密王司马纮为彭城王。司马纮是司马雄的弟弟。
夏季四月乙未日，始安忠武公温峤去世，安葬在豫章。朝廷想在晋元帝、晋明帝陵墓的北边为他修建大墓，太尉陶侃上奏说：“温峤的忠诚显扬于圣明之世，功勋道义感动人神。倘若他