丈夫共事，应当始终如一，怎么能中途改变，这样谁还能容我呢！”于是起兵奔赴建康。宗正卿虞潭因病回到会稽，听说后，在余姚起兵讨伐沈充，明帝任命虞潭兼任会稽内史。前安东将军刘超、宣城内史钟雅都起兵讨伐沈充。义兴人周蹇杀死王敦任命的太守刘芳，平西将军祖约赶走王敦任命的淮南太守任台。
沈充率领一万多部众与王含的军队会合，司马顾飏劝沈充说：“如今发动大事，可天子已经扼住了我们的咽喉，我军锐气受挫、士气低落，相持时间长了，必定招致灾祸失败。现在如果决开栅塘，凭借湖水灌淹京城，趁着水势，派水军进攻，这是上策；凭借刚刚到达的锐气，合并东、西两路军队的力量，分十路进军，兵力超过对方一倍多，按道理必定能攻破敌军，这是中策；转祸为福，召见钱凤商议事情，趁机杀了他来投降，这是下策。”但沈充都没有采用，顾飏只好逃回了吴郡。
丁亥日，刘遐、苏峻等人率领一万精锐士兵到达，明帝连夜召见他们，慰劳将士，赏赐各有差别。沈充、钱凤想趁北方军队刚到疲惫时袭击他们，乙未夜，沈充、钱凤从竹格渚渡过秦淮河。护军将军应詹、建威将军赵胤等人带兵抵抗，失利，沈充、钱凤到达宣阳门，拔掉栅栏，准备交战，刘遐、苏峻从南塘横向出击，大败他们，跳入水中淹死的有三千人。刘遐又在青溪打败沈充。
寻阳太守周光听说王敦起兵，便率领一千多人赶来。到达后，请求见王敦。王应以生病为由推辞。周光退下后说：“现在我远道而来却不能相见，王公大概已经死了吧！”立刻去见他的哥哥周抚说：“王公已经死了，哥哥为什么还要和钱凤一起做乱贼！”众人听后都很惊愕。
丙申日，王含等人烧毁营帐连夜逃跑。丁酉日，明帝返回宫中，大赦天下，只有王敦的党羽不被赦免。随后命令庾亮督察苏峻等人到吴兴追击沈充，温峤督察刘遐等人到江宁追击王含、钱凤，分别命令众将追击他们的党羽。刘遐的士兵多有掳掠行为，温峤责备他说：“天道帮助顺应天意的人，所以王含被剿灭，你怎么能趁乱作乱呢！”刘遐惶恐地道歉。
王含想逃奔荆州，王应说：“不如去江州。”王含说：“大将军平时和江州刺史的关系怎么样，却想要去投奔他？”王应说：“这正是应该去的原因。江州刺史在别人强盛的时候，能坚持不同的意见，这不是常人能比得上的，现在看到我们处境困厄，必定会有怜悯之心。荆州刺史遵守条文，怎么会做出意料之外的事呢！”可王含不听，于是逃奔荆州。王舒派兵迎接他们，把王含父子沉入江中。王彬听说王应要来，就秘密准备船只等候；但王应没来，王彬深感遗憾。钱凤逃到阖庐洲，周光杀了他，随后带着钱凤的人头到朝廷赎罪。沈充逃跑时迷了路，误进了过去的部将吴儒家里。吴儒引诱沈充进入夹墙中，趁机笑着对沈充说：“我要得到三千户侯的爵位了！”沈充说：“你如果讲道义保全我，我家必定会重重报答你。如果为了利益杀我，我死了，你也会被灭族。”吴儒最终杀了沈充，把他的首级送到建康。至此，王敦的党羽全部被平定。沈充的儿子沈劲应当被处死，同乡人钱举把他藏了起来，这才得以幸免；后来沈劲最终灭了吴氏家族。
随后，有关部门挖开王敦的坟墓，挖出尸体，烧毁他的衣帽，让尸体跪着斩首。又把他的首级和沈充的首级一起悬挂在南桁。郗鉴对明帝说：“前朝诛杀杨骏等人，都是先施加官府的刑罚，然后听凭私人安葬。我认为王法施加于上，私人道义实行于下，应该听凭王敦的家人收葬，从道义上来说更为弘大。”明帝同意了。司徒王导等人都因讨伐王敦的功劳受到封赏。
周抚和邓岳一起逃亡，周光想资助他的哥哥而抓住邓岳。周抚发怒说：“我和邓岳一起逃亡，为什么不先杀我！”恰逢邓岳到来，周抚出门远远地对他说：“为什么不赶快离开！现在亲骨肉尚且想互相危害，何况是别人呢！”邓岳掉转船头逃跑，和周抚一起进入西阳蛮人中。第二年，诏令赦免王敦的党羽，周抚、邓岳出来自首，得以免死但被禁锢。
前吴内史张茂的妻子陆氏，拿出全部家产，率领张茂的部曲作为先锋讨伐沈充，为她的丈夫报仇。沈充失败后，陆氏到朝廷上书，为张茂未能打败沈充而谢罪；诏令追赠张茂为太仆。
有关部门上奏说：“王彬等人是王敦的亲族，都应当被除去名籍。”诏令说：“司徒王导以大义灭亲，尚且要宽恕他百代子孙，何况王彬等人都是王导的近亲呢！”全部不加追究。
诏令说：“王敦的主要属官除去名籍，僚属被禁锢。”温峤上疏说：“王敦刚愎自用、没有仁爱之心，忍心施行杀戮，朝廷不能控制他，骨肉亲人不能劝谏他；在他朝中任职的人，常常害怕危亡，所以人们闭口不言，在路上相遇只用眼神示意，实在是贤人君子走投无路、顺应时势隐藏自己的时候。推究他们的私心，哪里有空闲安享太平呢！像陆玩、刘胤、郭璞这类人常和我说起，我全都知道。如果他们确实帮助引导王敦做凶恶悖逆的事，自然应当用典刑惩处；如果是被冤枉陷入奸党之中，我认为应该施加宽恕。我因为陆玩等人的忠诚，让圣上知道了，应当受到和叛贼