，对王导说：“不听我的话，几乎导致家族覆灭。”
王敦因为太子有勇有谋，被朝廷内外所拥戴，想诬陷他不孝而废黜他。他大规模召集百官，问温峤说：“皇太子凭什么德行着称？”语气和神色都很严厉。温峤说：“太子能探取深远的道理，大概不是浅薄之人所能估量的。从礼义方面来看，可以说是孝顺了。”众人都认为确实如此，王敦的计谋于是受挫。
元帝在广室召见周顗，对他说：“近来的大事，两宫（皇宫和东宫）安然无恙，众人平安，大将军固然符合大家的期望吧？”周顗说：“两宫确实像陛下所说的那样安然，臣等的命运还不知道呢。”护军长史郝嘏等人劝周顗躲避王敦，周顗说：“我身为大臣，朝廷衰败，难道能再在民间苟且偷生，到外投靠胡、越异族吗！”王敦的参军吕猗，曾经做过朝廷的郎官，本性奸诈谄媚，戴渊担任尚书时，十分厌恶他。吕猗劝王敦说：“周顗、戴渊，都有很高的名望，足以迷惑众人，近来他们的言谈，竟没有一点惭愧的神色，您不除掉他们，恐怕必定会有再次起兵的忧患。”王敦一向忌恨这两个人的才能，心里很赞同吕猗的话，他不动声色地问王导说：“周顗、戴渊是南北众人所仰望的人物，应当登上三司之位是毫无疑问的吧。”王导不回答。王敦又说：“如果不能担任三司，只该担任尚书令、仆射吗？”王导还是不回答。王敦说：“如果不能那样，就该杀掉他们！”王导仍然不回答。
丙子日，王敦派部将陈郡人邓岳拘捕周顗和戴渊。在此之前，王敦对谢鲲说：“我会任命周伯仁为尚书令，戴若思为仆射。”这天，又问谢鲲：“近来人心怎么样？”谢鲲说：“明公的举动，虽然是想尽力保全国家，但众人的议论，实在没有理解您的高深道义。如果真能起用周顗、戴渊，那么大家的情绪就会安定了！”王敦发怒说：“你太粗疏了！这两个人不适合任用，我已经拘捕他们了！”谢鲲听后惊愕不已，不知所措。参军王峤说：“‘人才济济，文王因此安宁。’怎么能杀戮名士呢！”王敦大怒，想杀掉王峤，众人没人敢说话。谢鲲说：“明公发动大事，没有杀戮一个人。王峤因为进献忠言违背了您的旨意，就要被杀掉祭鼓，不也太过分了吗！”王敦于是放了王峤，把他贬为领军长史。王峤是王浑的同族孙子。
周顗被拘捕时，路过太庙，大声说：“贼臣王敦，颠覆国家，枉杀忠臣。神灵如果有灵，应当赶快杀掉他！”拘捕他的人用戟刺伤他的嘴，血流到脚跟，他的神态举止依然从容自若，看到的人都为他流泪。周顗和戴渊一起在石头城南门之外被杀死。
元帝派侍中王彬犒劳王敦。王彬一向和周顗交好，先去哭吊周顗，然后才去见王敦。王敦见他神色悲伤，就觉得奇怪，就问他原因。王彬说：“刚才哭吊伯仁（周顗），感情上控制不住。”王敦发怒说：“伯仁是自找杀身之祸；况且一般人对待你，你为什么要这么悲哀地哭他？”王彬说：“伯仁是忠厚长者，是兄长您的亲友；他在朝廷上虽然不是直言敢谏的人，也不是结党营私之辈，大赦之后却遭到极刑，所以我感到悲伤惋惜。”接着愤怒地数落王敦说：“兄长你举着旌旗冒犯朝廷，杀戮忠良，图谋不轨，灾祸将会连累家族了！”言辞十分慷慨，声泪俱下。王敦大怒，厉声说道：“你狂妄悖逆到这种地步，以为我不能杀你吗！”当时王导也在座，为他感到害怕，劝王彬起身谢罪。王彬说：“我脚痛不能下拜！而且这又有什么可谢罪的！”王敦说：“脚痛比得上颈痛吗！”王彬毫无惧色，最终不肯下拜。
王导后来整理中书省的旧档案，才看到周顗营救自己的奏表，拿着它流泪说：“我虽然没有杀伯仁，但伯仁却是因我而死，幽冥之中，我辜负了这位好朋友啊！”
沈充攻克吴国，杀死内史张茂。
当初，王敦听说甘卓起兵，非常害怕。甘卓哥哥的儿子甘卬是王敦的参军，王敦派甘卬回去对甘卓说：“您这样做自然是尽臣子的气节，我不责怪您。我是因为家里的急难，不得不这样做。希望您能撤回襄阳的军队，我们还能重新结好。”甘卓虽然仰慕忠义，但性格多疑，缺乏决断，驻军在猪口，想等待各方一同出兵，滞留几十天不前进。王敦占领建康后，就派朝廷使者拿着驺虞幡（象征停止军事行动的旗帜）让甘卓停止进军。甘卓听说周顗、戴渊被杀，流着泪对甘卬说：“我所担忧的，正是今天这种情况。况且只要圣上平安，太子无恙，我驻守在王敦的上游，也不敢轻易危害国家。如果我径直占据武昌，王敦形势危急，必定会劫持天子来断绝天下人的期望，不如返回襄阳，再考虑以后的计划。”随即下令撤军。都尉秦康和乐道融劝甘卓说：“现在分兵截断彭泽，使王敦上下不能互相救援，他的部众自然会离散，一次战斗就能擒获他。将军发动义兵却中途停止，我私下认为将军不该这样做。况且将军部下的士兵各自追求利益，想要西撤，恐怕也未必能如愿。”甘卓不听。乐道融日夜哭泣劝谏，甘卓还是不听；乐道融最终忧愤而死。甘卓本性宽容温和，突然变得强硬固执，径直返回襄阳，神情烦躁不安，举动失常，有见识的人知道他将要败亡了。