派部将梁臣在新安拦截他，在车中将他掐死，并杀了他的三个儿子。
辛丑日，任命中书监温羡为左光禄大夫，兼任司徒；尚书左仆射王衍为司空。
己酉日，将惠帝安葬在太阳陵。
刘琨到达上党，东燕王司马腾就从井陉东下。当时并州发生饥荒，多次遭到胡人的劫掠，郡县不能自保。州将田甄、田甄的弟弟田兰、任祉、祁济、李恽、薄盛等人以及士兵百姓一万多人，都跟随司马腾到冀州寻找粮食，号称“乞活”，剩下的民户不到两万，贼寇横行，道路阻断。刘琨在上党招募士兵，得到五百人，边战斗边前进。到达晋阳，官府房舍被焚毁，城乡一片萧条，刘琨安抚慰劳、招徕百姓，流民逐渐聚集起来。
公元307年
春季，正月，癸丑日，大赦天下，改年号。
吏部郎周穆，是太傅司马越的姑表兄弟，他和妹夫御史中丞诸葛玫劝司马越说：“皇上当初能成为皇太弟，是张方的主意。清河王原本是太子，您应当拥立他。”司马越不答应。他们又反复劝说，司马越发怒，就把他们杀了。
二月，王弥侵犯青、徐二州，自称征东大将军，攻杀了俸禄为二千石的官员。太傅司马越任命公车令东莱人鞠羡为本郡太守，让他讨伐王弥，王弥进攻并杀了鞠羡。
陈敏执政没有章法，不被有才能的人依附；他的子弟凶恶残暴，所到之处都带来祸患；顾荣、周玘等人对此很担忧。庐江内史华谭给顾荣等人写信说：“陈敏非法占据吴、会地区，性命如同早晨的露水一样危险。各位有的在名郡担任要职，有的身为朝廷近臣，却去屈辱地在奸人的朝廷里做官，屈身于叛逆的团伙中，不也感到羞耻吗！吴武烈帝孙坚父子都凭借英杰之才，继承大业。如今以陈敏的凶狠狡诈，加上七个弟弟的顽劣平庸，想追随桓王孙策的高迈足迹，踏上大皇帝孙权的非凡道路，从长远来看，各位贤士恐怕也不会认可。如今皇驾东返，贤才充满朝廷，将要发动大军清理建业，各位有什么脸面再见中原人士呢？”顾荣等人本来就有除掉陈敏的想法，收到信后，心里十分惭愧，就秘密派使者报告征东大将军刘准，让他发兵到长江边。他们愿做内应，并用剪发作为信物。刘准派扬州刺史刘机等人从历阳出兵讨伐陈敏。
陈敏派他的弟弟广武将军陈昶率领几万士兵驻扎在乌江，历阳太守陈宏驻扎在牛渚。陈敏的弟弟陈处知道顾荣等人有二心，劝陈敏杀掉他们，陈敏没有听从。
陈昶的司马钱广，是周玘的同郡人，周玘秘密让钱广杀了陈昶，接着宣称州城已杀了陈敏，敢乱动的人诛灭三族。钱广领兵驻守朱雀桥南；陈敏派甘卓讨伐钱广，把精锐部队都交给了他。顾荣担心陈敏怀疑自己，就故意去见陈敏。陈敏说：“你应当四面出镇防卫，怎么能到我这里来呢！”顾荣于是出来，和周玘一起劝甘卓说：“如果江东的事情能成功，我们应当共同完成它。但你看现在的形势，会有成功的道理吗？陈敏本是平庸之才，政令反复无常，计谋不确定，他的子弟各自都很骄横，他的失败是必然的。而我们却安然享受他的官禄，事情失败的时候，让长江以西的各支军队把我们的头颅装在匣子里送到洛阳，题上‘逆贼顾荣、甘卓之首’，这是万世的耻辱啊！”甘卓于是谎称生病，接回女儿，拆断桥梁，把船只收在南岸，和周玘、顾荣以及前松滋侯相丹杨人纪瞻一起攻打陈敏。陈敏亲自率领一万多人讨伐甘卓，甘卓的士兵隔河对陈敏的部众说：“我们当初努力追随陈公，正是因为有顾丹杨、周安丰（指顾荣、周玘）；如今他们都变了，你们还为他干什么！”陈敏的部众犹豫不决，顾荣用白羽扇一挥，众人都溃散离去。陈敏独自骑马向北逃跑，在江乘被追上抓获，他感叹说：“众人耽误了我，才到了今天这个地步！”又对弟弟陈处说：“我对不起你，你没有对不起我！”于是在建业斩杀了陈敏，诛灭了他的三族。接着会稽等郡也都杀了陈敏的各个弟弟。
当时平东将军周馥代替刘准镇守寿春。三月，己未朔（初一），周馥把陈敏的首级传送到京城。朝廷下诏征召顾荣为侍中，纪瞻为尚书郎。太傅司马越征召周玘为参军，陆玩为掾吏。陆玩是陆机的堂弟。顾荣等人到达徐州，听说北方更加混乱，就迟疑不敢前进，司马越给徐州刺史裴盾写信说：“如果顾荣等人犹豫不决，就用军法押送他们！”顾荣等人害怕，就逃了回去。裴盾是裴楷哥哥的儿子，也是司马越妃子的哥哥。
西阳夷人侵犯江夏，太守杨珉召集督将商议对策。众将争相献上计策，只有骑督朱伺不说话。杨珉说：“朱将军为什么不说话？”朱伺说：“众人用言语攻打贼寇，我只凭武力罢了。”杨珉又问：“将军前后攻打贼寇，为什么总能取胜？”朱伺说：“两军对阵，只应当忍耐；对方不能忍耐，我能忍耐，因此取胜。”杨珉认为他说得很好。
朝廷下诏追复杨太后的尊号；丁卯日，改葬杨太后，谥号为武悼。
庚午日，立清河王司马覃的弟弟豫章王司马诠为皇太子。辛未日，大赦天下。
怀帝亲自处理国家大事，关心各