慬进城后，就马上派人去接段禧和赵博，三支队伍合起来有八九千人。结果龟兹的官员百姓还是造反了，还联合温宿、姑墨的几万大军，把它乾城给围了起来。梁慬他们出城迎战，结果把敌军打得大败。经过好几个月的战斗，敌军终于退走了，梁慬乘胜追击，杀了一万多人，抓了好几千俘虏，这才把龟兹的局势稳定下来。
到了冬天十月，又有四个州发了大水，还下了冰雹。此时的清河孝王刘庆病重，就给朝廷上书，说自己死后想埋在樊濯宋贵人的墓旁边。十二月甲子这天，刘庆就去世了。乙酉日这天，朝廷下令取消了鱼龙曼延戏，这是一种又花钱又铺张浪费的宫廷娱乐活动。
此时的尚书郎南阳人樊准看到学习儒家经典的人越来越少了，就给朝廷上书说：“我听说当皇帝的不能不学习，当年光武皇帝复兴汉朝，就算天天忙着打仗，也没忘了研究学问。孝明皇帝处理政务那么忙，还是特别喜欢儒家经典，每次举行完仪式后，都是亲自给大家讲学，读书的人都会认真听讲，全国各地的人知道了都很高兴。现在愿意学习的人越来越少，这种现象在偏远地方尤其严重，就连博士都不怎么讲课了，读书人都喜欢追求表面的东西，而忘了忠诚的本分，只知道讨好别人。我觉得应该下诏书，多多寻找那些有学问的隐士，推崇真正有学问的人，好让皇上能跟着学习。”太后觉得他说得有道理，就下诏书说：“三公、九卿，还有俸禄中二千石的官员，都要推荐有学问的隐士和大儒，一定要选那些品德好的，这样才能激励年轻人。选拔博士的时候也要严格把关，一定要选到合适的人。”
公元107年正月初一，朝廷宣布大赦天下，很多犯人都被赦免了。在蜀郡边界外，一些羌人部落也决定归顺汉朝。
到了二月丁卯日这天，朝廷就把清河国的部分土地分封出去了，皇帝的弟弟刘常保被封为广川王。庚午日这天，司徒梁鲔去世了，朝廷又少了一位重要大臣。
三月癸酉日这天，出现了日食现象。己卯日这天，在永昌边界外，僬侥种夷的陆类等人，带着手下一大帮人前来归附汉朝。甲申日这天，清河孝王就被安葬在了广丘，司空和宗正负责操办丧事，葬礼规格跟当年东海恭王的差不多。
自从和帝去世后，邓骘兄弟就经常住在宫里帮忙处理事务，但邓骘不想一直待在宫里，于是就多次向太后请求回家，太后最后也是无奈的同意了。到了夏天四月，朝廷就给很多大臣封了侯，太傅张禹、太尉徐防、司空尹勤、车骑将军邓骘，还有城门校尉邓悝、虎贲中郎将邓弘、黄门郎邓阊都被封为了列侯，每人都能得到一万户的食邑，邓骘因为在拥立新皇帝时有功劳，就额外增加了三千户食邑。邓骘和他的弟弟们推辞了好几次，但最后还是接受了封赏。
五月甲戌日这天，长乐卫尉鲁恭被任命为司徒。鲁恭向朝廷建议说：“按照以前的规矩，立秋之后才开始处理一些不太严重的刑罚案件。但从永元十五年开始，就改成初夏就处理了。现在很多刺史、太守就借着这个由头，在农忙的夏天把农民叫去审问案子，结果耽误了种地。应该按照月令里‘孟夏断薄刑’的规定，小案子马上处理，大案子等到立秋之后再审。”朝廷觉得他说的有道理，就采纳了他的建议。丁丑日这天，北海王刘睦的孙子、寿光侯刘普被封为北海王。随后，九真边界外和夜郎的蛮夷部落也选择归附汉朝。
而西域这边呢？都护段禧等人虽然守住了龟兹，但因为通往汉朝的道路被阻断，所以消息都传不出来。朝廷的大臣们讨论后觉得：“西域离得朝廷太远，还老是造反，我们在那儿驻军、屯田，花了太多钱。”于是在六月壬戌日这天，朝廷就决定撤销西域都护这个官职，还派骑都尉王弘带着关中的士兵，去把段禧、梁慬、赵博，还有在伊吾卢、柳中屯田的官吏和士兵都接了回来。
想当初，烧当羌的首领东号的儿子麻奴，跟着父亲投降了汉朝，住在安定。那时候，投降的羌人分散在各个郡县，还经常被官吏和豪强欺负。所以，心里就积攒了很多怨气。王弘向西去接段禧的时候，就征调了金城、陇西、汉阳等地的羌人骑兵上千人一起走，郡县的官员还催着羌人赶紧出发。羌人害怕被派到远方后回不来，等走到酒泉的时候，就有一些人逃跑了。郡县派兵去阻拦，甚至还把羌人的村子给毁了。看到汉军的这行为，勒姐、当煎部落的大首领东岸等人都被吓坏了，于是就纷纷带着人逃跑了。麻奴兄弟就带着族人往西跑到塞外，还和先零部落的分支滇零、锺羌等人一起到处抢劫，把陇道都给阻断了。这些羌人已经归附汉朝很久了，手里没什么兵器，有的就拿竹竿树枝当武器，有的背着木板当盾牌，但郡县的官府根本管不住他们。丁卯日这天，朝廷就宣布赦免那些参与叛乱的羌人，希望能平息事端。
到了九月庚午日这天，太尉徐防因为出现的灾异现象、国内又有贼寇作乱，所以就被罢免了官职。从徐防这儿开始，就开启了三公因为灾异被免职的先例。仅仅过了一天，司空尹勤也因为水灾丢了官。
这时，仲长统在《昌言》里就吐槽当前的现象，言辞很是犀利。他说光武帝当年因为看到前面好几代皇帝大权旁落，被权臣欺