率领南匈奴的一万多精兵，与北单于在稽洛山交战，最终打败了北单于的部队，北单于落荒而逃。汉军就乘胜追击北匈奴各部，一直抵达私渠北鞮海，斩杀北匈奴一万三千多人，俘虏了大量人口和一百多万头牲畜。各部落的小王率众投降的，前后共有八十一部二十多万人。窦宪、耿秉出塞三千多里，最后登上燕然山，并命令中护军班固刻石记功，记载的是汉朝的威德，然后班师回朝。窦宪还派军司马吴汜、梁讽带着金银布帛去见北单于。当时的北匈奴内部已经陷入了混乱状态，吴汜、梁讽最终在西海见到了北单于，向他宣示了汉朝的威信，并以皇帝的名义赏赐他。北单于叩首接受了赏赐。梁讽就趁机劝说北单于效仿呼韩邪单于的故事，让他归顺汉朝。北单于对此那是相当高兴，立即就率领部众与梁讽一起返回。到了私渠海后，北单于听说汉军已经入塞了，就派他的弟弟右温禺鞮王带着贡品入朝侍奉皇帝，并让他随梁讽一起到京城去。窦宪因为北单于没有亲自来京城朝见，便上奏皇帝，将单于的弟弟遣返回去了。
秋季七月，会稽山发生了山崩。
九月，皇帝就任命窦宪为大将军，中郎将刘尚为车骑将军，又封窦宪为武阳侯，食邑二万户。面对皇帝的赏赐，窦宪就把封爵的这点给推辞了，皇帝也下诏允许他辞让。按照旧制来说，大将军的地位是在三公之下的，但这次皇帝下诏，规定窦宪的地位在太傅之下、三公之上；他的长史、司马的俸禄为中二千石，耿秉被封为美阳侯。此后，窦氏兄弟行事就更加骄横放纵了，尤其是执金吾窦景，他的奴仆和缇骑都敢强夺百姓财物，私自释放罪犯，霸占妇女。这把商人们都吓得不敢出门了，躲避他们就如同躲避强盗一样。窦景还擅自征调边境各郡的精锐骑兵，有关部门觉得他位高权重的都不敢举报。看到他们行事目无法度，袁安就上奏弹劾窦景“擅自征调边兵，惊扰百姓；二千石官员不等待朝廷的符信就听从窦景的命令，他们的这些行为应当受到严惩。”他还上奏说“司隶校尉和河南尹阿附权贵，不举报窦景的罪行，请求免去他们的官职，追究他们的罪责。”但这些奏章都被搁置了，没有回复。驸马都尉窦瑰则是喜欢读书，生活节俭，很是注重自我修养。
此时的尚书何敞就给朝廷上了封密封奏章，奏章里说：“从前郑武姜宠爱叔段，卫庄公宠爱州吁，对他们宠爱却不加以管教，最终导致他们犯下大罪。由此可见，像这样宠爱儿子的行为，就像是给饥饿的人喂毒药一样，恰恰是害了他们。我看到大将军窦宪，在皇帝刚去世的时候，公卿们就纷纷上奏，希望他出面主持国事。那时的窦宪行为谦逊退让，坚决推辞这样的高位，他的言辞十分恳切，天下人听说后，无不感到欣慰。然而还不到一年，先帝的丧礼尚未结束，窦宪却突然改变了自己的行事态度，开始上演兄弟专权的桥段，窦宪掌握三军大权，窦笃、窦景控制宫廷卫队，他们开始虐待百姓，生活更是奢侈无度，又喜欢诛杀无辜之人，说话做事更是肆意妄为。如今朝野上下议论纷纷，都说叔段、州吁又出现在汉朝了。我看现在的公卿们心怀两端，都不肯直言进谏，这是因为他们认为如果窦宪等人能够保持对国家的忠诚，那么他们就会像吉甫赞美申伯那样受到褒奖；如果窦宪等人犯罪，那他们就会像陈平、周勃顺从吕后那样，掌握大权，最终不会因为窦宪等人的命运而担忧。我何敞真心希望朝廷能够采取两全其美的方法，断绝祸患的根源，堵塞祸乱发生的源头。臣上不希望皇太后失去文母的美名，陛下也不愿有誓泉的讥讽；下希望窦宪等人能够长久保持富贵之身。驸马都尉窦瑰，曾经多次请求退隐，愿意抑制家族的权势，可以让他参与朝政，听一听他的意见，这才是国家的长远之计，也是窦氏的福气呀！”当时的济南王刘康地位尊贵，行事骄横无比，窦宪便建议皇帝任命何敞为济南太傅，去管一管他。刘康要是有违法行为，何敞就直言进谏，刘康虽然不能完全听从这些谏言，但他一向敬重何敞的为人，所以也没有与他发生冲突。
冬季十月，阜陵质王刘延去世了。
这一年，全国有九个郡发生了大水灾。
公元90年正月，朝廷宣布大赦天下。
二月，天象发生了日食。
五月，皇帝封皇弟刘寿为济北王，刘开为河间王，刘淑为城阳王；封已故淮南顷王刘建的儿子刘侧为常山王。
就在这时，窦宪派副校尉阎盘率领两千多骑兵突袭驻守伊吾的北匈奴军队，并重新占领了伊吾。车师国对此感到十分震惊，前后王就各自派儿子入朝侍奉皇帝。
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而月氏国就请求与汉朝和亲，想迎娶汉朝的公主，但是班超拒绝了他们的请求，并遣返了月氏的使者。月氏因此就对班超怀恨在心，然后就派副王谢率领七万大军进攻班超。班超的兵力很少，他的部下都非常恐惧。面对数倍于己的敌人，班超就鼓励士兵们说：“月氏兵虽然多，但他们从数千里之外越过葱岭而来，军队又没有后勤补给，这有什么好担心的！我们