秦王统一天下后，自认为自己德行超越三皇，功绩超过五帝，于是改称号为“皇帝”，命为“制”，令为“诏”，自称“朕”。追尊庄襄王为太上皇。他下诏说：“死后根据行为定谥号，是儿子议论父亲，臣子议论君主，毫无意义。从今以后，废除谥法。朕是始皇帝，后世以数字计算，二世、三世，直到万世，传之无穷。”
齐国在齐威王、齐宣王时期，邹衍提出了“五德终始”的理论；秦始皇统一天下后，齐国人将这一理论上奏给了秦始皇。秦始皇采纳了这一学说，认为周朝是火德，秦朝取代周朝，应属水德。于是改年号，朝贺从十月初一开始；衣服、旌旗、节旗都以黑色为尊，数字以六为纪。丞相王绾等人建议：“燕、齐、楚地偏远，如果不设王，难以镇守。请大王立诸子为王。”秦始皇将这一建议交给群臣讨论。廷尉李斯说：“周文王、周武王分封了许多同姓子弟，但后来关系疏远，互相攻击如仇敌，周天子却无法制止。如今四海之内统一于秦，皆设为郡县，诸子和功臣可以用赋税重赏，这样更容易控制，天下人不会有异心，这是安宁的办法，设立诸侯不利。”秦始皇说：“天下苦于战争不休，正是因为诸侯王的存在。依赖宗庙，天下刚刚安定，又设立诸侯国，这是自找战乱；想要安宁，岂不是非常困难！廷尉的建议是对的。”于是将天下分为三十六郡，每个郡都设三个职位，分别为守、尉、监。
然后收缴天下的兵器，集中到咸阳，熔铸成钟鐻和十二个金人，每个重千石，放置在宫廷中。统一度量衡和车轨宽度。将天下豪强十二万户迁到了咸阳。诸庙和章台、上林苑都在渭南。秦军每攻破一个诸侯国，就仿照其宫室，在咸阳北阪上建造，南临渭水，从雍门以东到泾水、渭水，宫殿、复道、周阁相连，将缴获的诸侯美人、钟鼓都安放在其中。
公元前220年，秦始皇巡视陇西、北地，到达鸡头山，经过回中。在渭南建造信宫，后改名为极庙。从极庙修建道路通往骊山，建造甘泉前殿，修筑甬道连接咸阳，并在全国修建驰道。
公元前219年，秦始皇东巡郡县，登上邹峄山，立石刻碑颂扬自己的功业。同时召集了鲁地的儒生七十人，到泰山下讨论封禅的礼仪事情。儒生们有的说：“古代封禅时，使用蒲草包裹车轮，以免损伤山上的土石和草木；扫地而祭，用草席。”儒生们意见各不相同。秦始皇认为这些礼仪难以实施，因此疏远了儒生。于是开辟车道，从泰山阳面登上山顶，立石刻碑歌颂功德；从阴面下山，在梁父山举行禅礼。礼仪多采用太祝祭祀雍上帝的仪式，但封禅的具体细节保密，世人不得而知。封禅结束后，秦始皇继续东游海上，祭祀名山大川和八神。他南登琅邪山，非常喜欢，停留了三个月，建造琅邪台，立石刻碑歌颂功德，表达自己的得意。秦始皇通过祭祀名山大川、先贤圣王，强化政权的合法性，确立秦朝受命于天。
起初，燕国人宋毋忌、羡门子高等人自称有仙道和形解消化的法术，燕、齐两地的怪诞之士争相传播。齐威王、齐宣王、燕昭王都相信他们的说法，派人入海寻找蓬莱、方丈、瀛洲三座神山，据说这三座神山在渤海中，离人不远。但当船靠近时，风会将船吹走。曾经有人到达过，见到仙人和不死之药。秦始皇到海上后，方士徐市等人上书请求斋戒并带领童男童女入海寻找神山。于是秦始皇派徐市带领数千童男童女入海求仙。船在海上遇到大风，徐市说：“未能到达神山，但已经远远的看见了。”
秦始皇返回时经过彭城，进行斋戒祈祷，想从泗水中打捞周鼎，派了千人下水去寻找周鼎，但都没有找到。于是向西南渡过淮水，到达衡山、南郡。乘船到湘山祠时遇到大风，风吹的几乎无法渡江。秦始皇问博士：“湘君是个什么神？”博士回答说：“据说是尧的女儿，舜的妻子，死后被葬在这里。”秦始皇大怒，派三千刑徒砍光湘山的树，将山涂成红色。然后从南郡经武关返回咸阳。秦始皇自己作为功盖三皇五帝的人，竟然被地方神灵冒犯，岂不可笑，于是下令砍光树。楚人崇拜湘君，秦始皇通过这种行为摧毁楚人的精神象征，这也反映了秦王朝以暴力镇压一切不服从的人，成为了其速亡的缩影。
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韩国人张良的一家五代都是韩国的相国。韩国灭亡后，张良散尽家财，想为韩国报仇。公元前218年，秦始皇东巡，到达阳武博浪沙时，张良派力士用铁椎袭击秦始皇，但误中副车。秦始皇大惊，下令搜捕刺客，但没找到；于是下令全国大搜捕十天。秦始皇登上之罘山，刻石立碑；然后返回琅邪，经上党进入关中。汉初三杰的之一的张良在这一年登上了历史舞台，他又会展现怎么样的智慧来辅助刘邦建立汉王朝呢？咱们接着往下看。
公元前216年，朝廷命令百姓自报田地面积。次年，秦始皇巡游到达碣石，派燕人卢生寻找羡门，并在碣石门刻石。拆除城郭，疏通堤防。秦始皇巡视北部边境，从上郡返回关中。卢生从海上返回关中后，上奏了一份《录图书》说：“亡秦者胡也。”秦始皇于是派将军蒙恬率三十万大军北伐匈奴。
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